RnoINT0103723 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000031136 | Ntng1
Description
netrin G1 [Source:RGD Symbol;Acc:1563465]
Coordinates
chr2:212696624-212746658:-
Coord C1 exon
chr2:212746524-212746658
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr2:212696624-212699499
Length
47024 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
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3' ss Score
10.52
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTAATGTCTGCGACAATGAGCTCCTGCACTGCCAGAATGGAGGGACCTGCCACAACAATGTGCGCTGTGTGTGCCCAGACGCCTACACCGGCATCCTCTGTGAGAAGCTACGGTGCGAAGAGGCGGGCAGCTGTGGCTCCGACTCTGGCCAGGGAGCACCCCCGCGGGGCTCCCCTGCACTGCTGCTGCTGACCGTGCTGCTGGGGACTGCCAGTCCCCTGGTTTTCTAGGGGTCACACCCAGCCCTCCGACAGGCCTGTGCTGTGGGGGAAGCAGACACAACCCAAGCGATTGCTCCCGACATAGAAAACACGCACACCCACTCCAACACAGTGTATAGAAGAAGAGGGCCTAACTGAACTAAGCCATATCTCTCGGAACTGGACAGCACAGCGCGCATCATCGGAGTCAAGACTGTTCATCACTGACTCCAGAGGAATTGGCAGCTGTCGCTATCGTCACTGCAAATCTCATCGCCAGCTGCAGAGCTGATTGCGGATTAGAAAGGCTGCGAGAGCGCCCCCCAGAAGGAAAGACAAACAAACAACAAACTGATCAACCAACCTAAAAAACATTCGCTACTCTACCGTGGTGCACCCGAGTACCGCTCTGCCCAGTGTGTGGACCAACCAAATAAGAGCATTCTTCGCTGTCAGGTGCATTGTGGGTATAAGGAAATCTGTTACAAGCTGCCATATTGGCCTGCTTCAGCCTCCCCCTTCCCCCCAAATCCCTTCCAACCTGTGCTTTAGTGAACGTTGCTCTGTAACCCTTGTTGGTTGAAAGATTTCTTTGTCTGATGTTAGTGATACACATGTGTAACAGCCCCCTCCAAAGCGCAAGCCAGTCATACCCCCTGTATATTTTAGCAGCACTGCGATCCCAGTGCCAGCTCCCATCCACTTTGCAAGAGTGGCTAGAGGAAAAGAGAAAGTGTATCTATCCTTTTGTATTCAAATGAAGTTATTTTTCTTGAAATACTGTAATATGTAGATTTTTTGTAATATTGCCAATTTATGTTACCAGACAATCTGTTAATGTATCGAATTCGAATCAGCAAAGACTGACGTTTGATTTTTTTGGTCCTCTTTGGTTTTGTTTCGTTTCGTCGTGCAGAGATTTCTCTGTAAGGGCAACGAGCGTGCTGGCATCAAAGAATATCGGTTTACATATAGCAAGTGTAATAAGATTCCACCAAAGGACATTCTAAATGTTTTCTTGTTGCTTTATAACACTGGAAGACTTAAAGAATAAAATTTCCTGCAGAAATGATATCAGGAAATTGTATGGCCGTTTCTTGAGATGAAAGGAGAAACCACCCACAGTTTTCCAGTCAAGTCACTGATTTTGTGTGGACTGAACACAGTCGGCCGACAACTTTAGTAACCCAGGAAGATGGATGGATGGTCACTAGCTTGGACAACGTCTGCAAAATATGAGACTATTTTCCACCTGGGAAAAAATTATAACCACAAAAACAGAGAGAAAGAAGTATCTAAGTGATTGCCAAGATTATGCCAAAGCCTGTTGGCAGAGCACTAAGAGACTTTTATTTTTAAGTCATGCTATTTTCACAGATTTATGGTGATCATGTGACTCTAGGGATGCCGATCTATGTATCCTTCCAAATACAGTGTTTACATGGAGTATCATAAGAGGCCACCTGGGGAACCAGGGCAGCAGCAGGGAAATTGAGTGATTAGCAATTTGACTTTGAATATATTCTAAGTATTTAAATGAAATATCAAAATATAGAGCAGCAAGTAGACATAACTGCTGTTCCTGGAAATAAAGTCTGTTTCAAGTACTGCCCAAGGTGTAATAAATTCTTGTTTCTGCCTTTTATTAGGCCAATTACTGTACAAGACAGCAGAGGGAGCTGGGCGGGGGTGGAGGGGTGGAGAGAGAGACACTGTGAAGTTTTGGAGGGGGCTGAAACCGTGTATGTTCAATCCCAGCATACTGCCACCCTGCAGGTGACAAATGTGTGGGCAAGGGCATCTCTTGGAATCAGAAATAATTATGAGGCCAAACCAGAAGATTAAAGACAATGAAGTCCTACATGACTTGGTGGGACAATAACCTATGACAGTATTAGGTCAGAAGCCTCATTCCAGGCTGAATTCTCCACCCTACTGCCAGTCTCGGCTGAACCGCGGGGGGAGGACTGTCTTCTGATAAATAACCTGAGTCAAAACTAGATGAAGGAACAGCGTGTCTTATTGGTTTTGTTCCCAGAAAAGCCAATTCAAAGAAGGCAATAAAAGGTAAGCAGGTAATTCCTGCTCTGCCTGCCACCCCACGTCCGAGTCGATTGAATGTTTGTTATTCAAACCAACATCCTCTTTTGATATAAGAAATAGGGAAAGATGGAGATAAATTAGTGCTTTGGCTCAGTGCCAGAGTAGCCAACTAGAAATGACAGATTTACATAAGAAGCATAAATAGAAAATTATATTCCCGGCTCACCAAAGAACACACATGAAAATTCTAATAGCATCCAGAGTGTGAGATTACTTCTAATGAGGTGGATTTCTGATATTAAAATGGAGTTTAAGTTGTCTTATAGTTTATTAGCACAAACCAAAGGCAGACCGTGTTATTTCTGGCAATGGTGCACTTTACCATTATCCGGTCACAGCTTTGTCACAATGATCAGGAATCAGACACTGCACAATTCAATATGTGGGATTCCAAAAGCTAATTCTGAAGTTTAATGAAGGCCTGATTTAAATCAACTCATCTGCATTTTATCTCTACGAGGCTATAAAAATCTAAATTGATGAGGAATATCTTGCATTCAGTATATTTAGATATAGTTCTCTGAATTTCTTGAAGTGATGTGATCTGCTTTTAATAAAAATTCACTTTTAGGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000031136:ENSRNOT00000066218:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PU(88.0=95.7),PF079748=EGF_2=PU(5.6=4.3)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(10.0=6.5),PF079748=EGF_2=PD(91.7=42.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]