GgaINT0034800 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001896 | NTNG1
Description
NA
Coordinates
chr8:941710-963980:+
Coord C1 exon
chr8:941710-941847
Coord A exon
chr8:941848-963653
Coord C2 exon
chr8:963654-963980
Length
21806 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
5' ss Score
10.74
3' ss Seq
CCTCCCCCGCTGTCTTGCAGCAA
3' ss Score
9.46
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGTTATTGTAACCCTTTTGGTTCAGTCCATGATCGCTGTAATGACAGAGGATTTTGTGAGTGTAAGGAGGGAGCATCAGGGCCTAAATGTGATAAATGTCTGCCGGGATATATCTGGCACAGCTTGGGCTGTCAAC
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001896:ENSGALT00000002932:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PU(91.8=95.7),PF079748=EGF_2=PU(5.6=4.3)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(6.1=3.9),PF079748=EGF_2=PD(91.7=43.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]