BtaINT0092589 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000014530 | MGC139448
Description
Bos taurus netrin G2 (NTNG1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001080369]
Coordinates
chr3:35969787-36039592:-
Coord C1 exon
chr3:36039527-36039592
Coord A exon
chr3:35971036-36039526
Coord C2 exon
chr3:35969787-35971035
Length
68491 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
CCCCCTCCCTCGTTCTGCAGCGA
3' ss Score
11.39
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCTCCAAAGTTTAATAGGAAATGGCCGAATATTTCTTCCCTTGAGGTTTCTAACCCAAAACAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CGAATGTCTGCGACAACGAGCTCCTGCACTGCCAGAACGGAGGGACGTGCCACAACAACGTGCGCTGCCTGTGCCCAGCCGCGTACACGGGCATCCTGTGCGAGAAGCTGCGGTGCGAGGAGGCGGGCAGCTGCGGCCCCGACTCCGGCCAGGGCGCGCCCCCGCGCGGCTCCCCCGCGCTGCTGTCGCTGCTGGCCGCTCTGCTGGGGACAGCCGGCCCCCTGGGCATCTAGGCGGCGCACCCAGCCACCAGACGGGCCGTGCTCTGGGGAAGCAAACACAGCCCCAGCATTTGCTACTAACATAGGAAACCCGCTCTCAGACACTCCCACTCAAACACAGTGTACAAAGAAGGCCTAACTGAACTAAGCCATATTTATCAGCCGTGGACAGCACACCTGAGTCAAGACTGTTAATTTCTGACTCCCAGAGGAGTTGGCAGCTGTTGATATTATCACTGCGAATCACATTGCCAGCTGCAGAGCTTACCACCCATCGGAAAGGCTGTGACAGCCCCCCAAAAGGAAAGAACAACAGCAACAACAAATCAACCAACCTAAAAACATTTGCTACTGGCACGTGGTGTGCCCCAGCACCACCTGGCCCTGTGTGTGGACCAACCAAATAGAAGCATCTTTTGCTGGCAGTGCTTGGTGGGTCTAAGGAAGTCTGTTACAAGCTGCCATATTGGCCTGCTTCAGCCCCTGAACCCCCTTCCAACCTGTGCTTTAGTGAACCGTTGCTCTGTAACCCTTGGTTGAAAGATTTCTTTGTCTGATGTGAGTAATGCACACGTGTAACAGCCCCCTCCAAAAGCTCCAGCCAGTCATACCCTGTGTATCTTAGCAGCACTGAGTCATCCCAGTGCCAGCACACATCCACTGTCCCCAAGAGTGGCTACAGGAAAAAAGAAAGTGTATCTATCCTTTTGTATTCAAATGAAGTTATTTTTCTTGGAATACTGTAATATGTAGATTTTTTGTATTCTTGCCAATTTGTGTTACCAGACAATCTGTTAATGTATCTAATTCGAATCAGCAAAGACTGACATTTATTTTGTCCTCCTTCCGTTCTGTTTTGTTTCATTGTGCAGAGATTTCTCTGTAAGGGCAACAAACTTGCTGGCATCAAAGAATATCAGTTTACATATATTAACAAGTGTAATAAGATTCCACCAAAGGACATTCTAAGTGTTTTCTTGTTGCTTTAACACTAGAAGATTTAAAGAATAAAAATTCCTGCATAAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000014530:ENSBTAT00000019313:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.065
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF079748=EGF_2=WD(100=39.7)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]