BtaINT0092588 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000014530 | MGC139448
Description
Bos taurus netrin G2 (NTNG1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001080369]
Coordinates
chr3:36039527-36050479:-
Coord C1 exon
chr3:36050453-36050479
Coord A exon
chr3:36039593-36050452
Coord C2 exon
chr3:36039527-36039592
Length
10860 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTAGTAAGT
5' ss Score
8.01
3' ss Seq
ATTTTTCCTGATGTATACAGATC
3' ss Score
6.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCCCCAGTATTTCCAGTATTGGTA
Seq A exon
GTAAGTAAAAACAAAAACAAAAAATCACAAACCAAGTCTAGGCTAGCTTGGCTTTGTTGTTCAGCTCCTCAGATCTATTTTCCCAGTGTCCATTTCTGATGTAAGAGAGTATTTCCTTTGTGAATTGAATTGTTGTGTTTGTTCTCTGCACAGATATGGTGAAAGCACAGATGAAATAGTTACCTGTATAGAATTCCTCCATGGATATGGCAGTGCTACAGCTTTTCTGACTATTTTTGATGAAGGCTACCTTTACAGAGGTGCAATCACTTACATAACTGTAACTCATTTAGCAAAAATATGAACAGTCCTATTTACCCATACTTAGTAACCAGCAAACAAATGGAACTCTCTCCCGAGGACTGTATATGGATTTCTCCCATAATTTGGGAAAGCAGAGAATGAATGCCAGTGAATGCTTTAGGCATATTTGTTAGCCCAAAGAAATCACTATGAAACTAGGGAGAAGGAATTTTATTAATGCATTAAACTTTAGCCTTTGTGAAGGCCTGAAAGAGGTCGGTTTGTGATCATTAGTCTTTCTGGAGAAATGAAGGAAAGAAAATAATCAATATGTCCATTGCTCTCTCCTAAAATACAATGATCCATATTTTCCTGACTACTTAGGTTCAAGTTTGGTAGAGAAGGGATATAAAAAAAATACATGCAAAATTTAGGAATGGGGCTACTAGAAATTCCTGCAAGAAATGTTTTAGTAGAGATATCAGCAATTGAAAAGAGAAGTTCAACATTCTGTTGAACATTTCTCTAGTACCTTTACAAAGACATTCTACCAGATACCATGGGAGAACCAGGCTGTAGCTCCCTCTTTACATTTAAAGCAATGACATCCCAACACCAAGCTTAAAATGCTCACTAAGGAAATGTCCCATAACTTTTCAGAGCCAAATCTCACATATTTTTAAATATTGTTCCCTTTCTCTCTGATGGTTAAAACCTTTGAATAGCTACTGAATAAGTGATTTGAAATAAAGTACTGAGGGAGCCTAGACTATGAACTGTAAGTGAAAAGACGCATTTTCACTAGAGTTTAACCCAGTCTTTGTCATAAATGCTGGGCCACAACAGGGTGATGGAAGGGTAAAGAACAGCAGTAGGAGTATTCCAATATACAACAACCATTTAAAAAGCAATATCCTCATAATTTGGATAAAATAACTTCTTGCCTCTTATAAATGCACAGTCAGGTCTTCCAGTTTTTAAATCAACCCAGTTTACTTAAGCTTGTGAATAGGACTACACACAGATTTATTAATCACTAGACATGTTAAATGCAATGAACATCAGCCACTTTGTAAACAGAAATAGAACTAGTGTTCACGTTCATTTAGATACCAGCCTAATGCCACAGCTTCCTCTTTGTGATCTTGTTGAAATGACGTCAGTGGTACAAACTTGCAAGTGAAAGCTTCGGTTCTAATAGTCTAGTTTTTCTGCTGCCGTATCTCCCGTGGCATTTGCCTATCTTCATAAATACGCCACAACGTGCTCCTTTCAGGCCTTGACAGTTGTGTTTGTACATGCATTTTGGAGCAAAAGGAAACCAAACGGAAGCAAGCTGAGACAGATGGTGATCTGACCTGTCAAAGGTTTCAGAAATGGATGAACGGAAAGTAGTTCTTTGGCGTTGGGATGTGTTTCTGTTCCAAGTGTCAATTGTGTGTTGCATGGAATTTCTGACTGTTTTGCTCACTTGACATCTCATTCGGCCGCCTCCACCACATGCCCCATCTTTGAGCATCAGCAGATGTTGACCTTTTACACACTGAATCAGGAAATTCCAGTTTTATTTTGCTTTGTTTTATTTTGAAATCAGTGGTGACCTGAAAGGATGCTTTGTTGTGCCTTTGGAAAATGTATTAACCTTTATTCAGGAAACTAGGAAAATTTAACTCCTTAATGTCTAACCAAAACCCTCCAACAAACAAAGTGATAGCTTATTCTGTGCTTTCGTGATGCCTCTGGCTGTTCTGCTAGGAGTGCAATGGGTGTTTCCTCAGATTTCTCAGGCAAATGGTATAAGCACTTCCAGGGGTCACCCAGCATCACATATGGCTAGCTTGCTTATTGCCTGGCTTTAAAGTGAAGAGATTTGCCATAAAACCATCAAACATGATTGTATCTTCTAGCCTGCTTCAATGGCATTTACACATTCCTTATAAGGACTTATAAGGTGTTCTCTGTGTGCAATGGTGGATTCCTTTACTCTCCAGTGGGCAAGAATTCATACATAGATGACTCCCTGCCTATTCAAGAGGGCATAGAAATAGTTTCCAAGGTACAAGCCGGAAAAGAGAGATCCACTTGGATTTTCAACTAAGTTTGGGCATTTACCAGGGCTTTTCCCTTTATCTCAAGGAAGAAATCAATGAACGTAATTCCACCAAGTATGTAGAAAGATGCCATGATAATAGATATAACACTCATGACATTCCCATCATCAAGGACAATGAATGATGTATATTGTGACATAAATTATTGATTGATGTATGTAACCGTAAGTTCACATACATTTGCTGTATACACAGTGATTAAAGATTTTGGAGGCCTGATAGTTTTCAGTATAGATTTCAAACTGTCAACACCTATATTAAGGTTCAAATGCATGGACAGAGTGGTCATCCTTTCCGATCATCTGCTAAAAATGTTTTTGAAACAGATTTCCCATTAAGGTCATTTGTACCTGCTGTTGTCTGTTAGGAAATAGATTTCCCAATCATCCCAAAGGTACTTGATTTAAAACTCAGTCATTTTGATGTGCTTTGGCTGTGGCTGAAAAATTATTGGTGATATTGTCAGCAATTAATGAGTCCCAAAATAAATCTGTAGCCATTTGAGCCTATGAGCTCTGTTTTTTCTTTACTTGATGCAGTAGTAATTCATTAAAGTTTCATTTTTTCAATGTAAAATGTATCATGCGGTTATAAGTAAACATTCACAGTTTTATCCAAGTGAATGTTAGTTGATGCTGATGATCCAAATTAATATTTGTTTTGGTGTGGATGTTTTTGTTTAAGGGATAAACTAATCATTATAACATATATTATCTGATCTTTAGTCCTGAAAAGCAAGTGATTTCACAAATTACTCTGAACAGTTTATTATAAAAAATGGTAATTAGAATAACAAGAGTTGGCCTAATGTGCAAAGTAGCTTTGTGTGAGGGATTATCACCTAAAAAGCAAGTGATGGAGGTTAAAGATTAAAATGTCAGAGGTTAAAGGTAGATCATCCACTGAAAACTCATGTCAGGAAACACAACTTAAAAAAACTTGAAATTTTTTTAATAAACAAAGCCATTTCTTAGACTAGCAACAAAAGAAAAGATGTATGTTGACATTTTATGAACCCAAGCGTACATTGTTTCGTAAATTACCTTCAAATGATTGACATCATGTTTTATAAAGTGTAAAATATTGATGGAAGCATTTGGCTGTCTCCTCCTCTTCAGCTATTCAATTTGAAATAACAATTTACTTAAGATAAATATTCCACTTTCCTGTTTCTCTTATAGTGAGCATTGCCTTCATCACAGAGTTAAAAATTCATCTCTAATTTGATTTAATTGGTAGGACCATTAAACACGGGAAGTGGTACCTGCAGGGATCCATCAGCCTGTTGAGAAAGCTCAAAGATGCTTTCATACTTGAAAACATTTGATGCCAGTTGGAGACCTTATAAAAGTTGTTTCCCGTACAGCATCCAAATATATTTTGTTCAGTACCTATTTACTGTAGAAGCCTGGACTGTGAGGAAAATAACAAGGTTAATCATTTCCCCCCTCAAGGGTTATTAGTAATCTTGTTCATGCTATCCAGAGAGCTGCAGTGTTTGTTTGTTTTTTCCCTTTTCTTTAATACTTCTAAATCCCCCAAATAAAAGTTTCATTTGAATTGCCCTTTAGATAATTAGGTTTTATATAATGAAGAAAAAAATGATCTGACTAGAGAGGCTATATGGCAGATTGTATGGTGTGCTACATTAATTTTGATCTGTTTGCTGATGTTCTTGAAGGAAAGCTAAGGTCCCAGGTGAAATGCCTTTGGGACTTTATTATATCATGTATCCAGTATTCTCATCACAGATCCATTTCATATTTGTGTAACTAGCATTTCGCATTCATGAAACCTTTGTAGTTATCCTAAAATTGAATGAACATTAGGACATAGCTGCTTCTTTAATCTTGAATAAATTAAATATTCCAATGATGCAGGGGGTGGAGGAGTAGCACCTACCTTAAAAAAAATCTGAGAGGTTTAGTCATCTTTAGCAAACAGCAGTTGCCCACCTTTATCAGATCTGCCTTTCTTCATATATTAGCCTTTTCCCAGATGTCTTTAGAATGCCAAGCCACTTTTTAAGTGTGAGCTGATATCTATACCTTTGCTGTTATTTCCTTGTGGGGGCATCTGAAAATTCCTAGCTTAAGCAAAGATTTACCAAGATCTCTGAAAGGGCCTATAATGAACTTTCTCAAACTTGTAATTGTGAATGAAGAGTGGGGTATCACCAAAGTCTTCTTGGAATATCAGTAGGGAGCTGGCCAGCTAACTGTTCCACTTCCTGGGAGATGTCCCCACATGTCTACAGAATTCCATTTTACAAATGGTGACTCTCGGGCTCAAAGTGTCCGAGTAACTTGTCAGATATAATATGGCCAGGAAGGCCTGTCTGACTCCAAAGGCTGTTCTGGTAACGGTATACCAAATGGAAGAGGTTAGAAAGAGAATTTGTATATTTATTGACTCCGACCTCAGACTCTTTCCTGTCTAATACATTGGCCCGTTTCTGTGTGGGAAATTTTAGTGTTCTGAAGAAAAACAGACGTTCATTTTCGATGCCTTACTGTGTGGTCAACAGAAACCACATTAAAATGTGCCCTTCCTCTACCACCATCAATGATAAACATCCTCAAAAAGCTGAGGAAGAGGGGAAATGTGAGATGTTATTTATAGAACATGGGATAGTTCATGAAATTT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Seq C2 exon
ATCCTCCAAAGTTTAATAGGAAATGGCCGAATATTTCTTCCCTTGAGGTTTCTAACCCAAAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000014530:ENSBTAT00000019313:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]