MmuINT0111284 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000050836 | Ntng1
Description
netrin G1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1934028]
Coordinates
chr3:109644428-109654709:-
Coord C1 exon
chr3:109654683-109654709
Coord A exon
chr3:109644494-109654682
Coord C2 exon
chr3:109644428-109644493
Length
10189 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTAGTAAGT
5' ss Score
8.01
3' ss Seq
ATTTTTCCTGATGCATGCAGCTC
3' ss Score
5.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCCCCAGCATTTCCAGTATCGGTA
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCCTCCAAAGTTTAATAGGATATGGCCGAATATTTCTTCCCTTGAGGTTTCTAACCCAAAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000050836-Ntng1:NM_133488:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: