HsaINT0117836 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000122417 | ODF2L
Description
outer dense fiber of sperm tails 2-like [Source:HGNC Symbol;Acc:29225]
Coordinates
chr1:86826109-86836836:-
Coord C1 exon
chr1:86836701-86836836
Coord A exon
chr1:86826220-86836700
Coord C2 exon
chr1:86826109-86826219
Length
10481 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTA
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
ATCTATATCTTTTTTGCTAGACT
3' ss Score
5.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAAATCATTAATCTTTTGGAAGATCTGAAGAAAATGGAAGACCATGGAAAAAATTCATGTGAAGAAATTCTTAGAAAAGTTCACTCAATTGAATATGAAAATGAAACTCTGAATCTTGAGAATACAAAATTAAAG
Seq A exon
GTACTATGTATGAGTGTTTGAGCAGGCATGTATTGTGTAATGACCATAGTCTACTTAGTAGAAATAGCTTGAAGAAAGAGTATGTTTAGAGCAGTGCTCTTGTATAATTCTGTCTTCTATGCTTGTCAGGATATTATGTTTTCAGCAGTACTAAATAATATTTATGAAGTTGACTGTCTCTTTGCCTCAACTTTTAAAATAAACTACTATGCATTTTTGCAGTTAAATGAATCATCCAAATTACATTAACTTTAGTACATAAGATTATTTCTAGATGTCATGGTTACAATAGGATATAACCTCAGGCCTGGTCTGTTTGAAACCAGAAAGTATGTTCTTGGCTGCTTCATAACCAGAAAGAATTTTCCAACTTACTCATATCCAAGGGGTAATTGCTTTCCATAGGTACCAGAGGAGAGACAGGGGAGAAGCTTTTGAATTTTCTGAGAAAAAAAGATATTTGAGTTCTCAGTCAACCAGAGATACATACAACCAGATGGAACTTGAAAGATGATGGCATCATTTTCACTTCCATAATAATACTTTTAGAGGACAGAAAATAGAAGACAGAAAAGAACCTTTTAAAACCATGAAATAAAGTTTATGTGCACAGGATAAATAATATATTAGTAGCATAGAGTACATTTTAGAGAAACTTGTAATATAAGCATCTAACATTGTTTTGTTGTATTTATAACAGTTTAATTCTATTTAGAATTAACTAAATGATATTTAGAATTAACTAAATGATAATACATTTATTCTATGTATTAAGATGTCCTTAAGACATGTTAAATTCCTAAGAGATATTGCAGATATATTCTGTGGTCCTTGAGAGAAAAGATCTTTAATATTAAAAGAGAAGTGAAGGTCTAAGGCTTTTTTTTTTCTTGATTTAAGGTTTGTTTTTCTTTGTTTGTTTTGCATTAGAAATGCACTTGTTTCTTGGAAACATAATTACTGGCTGTTTAGAATTATGCATTATATAAAGCTTGCAGTGGGTTTTTAAAAATGAGTATGTTTATGAGAAAAAATATACACAATTTAAAAATCATCACCAAAGGAAATTATTTTAATAAAATGATAGCATTCCAGGCTTTAAGGTTCTGAATTGTTATTTTAAAAGATTATTTTTCTGATGGAAACTTGAGATACATCCAAATCTCTTTTACCCTTTCTAAACCCTTCTTTCTATGTAGGTCTAAAATGTTGTGGCCTGAAAAGAGAATTTTATCCATTGTAGGTCTTAGCATATTTTCTCAGGAGCCAATCTGTTTGCTACGTACTGATCTGTCTTTGTGGGAGATACATAGTGTTATGCAGTACAGTGTATAGTAATTAAAGCTTGTGTATTATATATTACAGAAGGCAACAGATTGCCTAAGCCAAAAAGATTCTTTCCCTTTGTAGGTTTACAAAGTTGTAACTTTTCTCATCTTGATGTTGAGTTTCAGTCTCCTTTAGACCAATGGGACAAAGCTAGGCTCACAAATCTCAAGTCTGTTTTGTTCCAGGTGGAAAGACTCGATTGGTTTCAAATGCAGGACTTGAAATTGCCAGTCCTGTTGGCTGTGGTCATTCAGAGTGAGTGGAGGAAATAGGAATCTAAGTGATATACGTTATAGGAAGTAGCAAGGTCTTCTTTTCTCACCTTTAATGTATTTAGTAATGCACTTATTTCGGCTACTTTTTGTTAAGAAAGATTTTAAAAAATCAAAATTGCAGTGTACCTTAATACCATTTTTTTTTAGCAGTGACATTGTGATATTCTGAATTAGAATTTTTTCCTTCAAGAAATTTTGTAAGTCCTTTATGGTTCTTCAAGCAATATGAACTACTCATGTTTTCTTAATAAAAGAAGTTCAGTTATTCAGTGAACATAGTTCTTCCAACTTCTGACAATTTATTCAGTATTATCTTTTGAGTGAAGAATATATACTCATTACAGTAAAACTGGAAACTATAGAAATATAAAAAGAAAAGAACTGAGTGATCATTGACCTCACATTCCTTGGAGATAACTATATTTTGTAATATTTCTGTTTTTTCGTAGTTGTTATTAAAATAATATCTTGCTTTGTTCACTTTAAAATGGAAACAGATTTATGTATATAACATATAAATTCTTTATAAGCATCCTTTTAAATTACTTTGTAATATATAGTCAACGTAGAAGTGTTAGGTGATTCCCTATTTGTTGGACATTCAGGTTATTCCCAATGTTTTTAACATTTAATAATAATAATGCTCTGATGAACATTTTCATACATAAACTTTTTGTTGTATTGTCTTTAGCTTAGATTCCCATGTAGAATTACTGAGTCAAAGAATATGAACATTTTGATTGTTCTTGATATGCTTTGCTACATTTCTTCTGAAAAGGTATTTTATTACTCATACTGCCATTAGTTCTCTATACCTCATCAGCACAGGAAATAAAATGTGTTTTTGATTTGTAGTGTTTGCTAATTTGGCAGGTAAAAATGTTATCTATGGTTTTAATTTGTAACTCTTTGAGGAGCTAGTTTTAAATTTCTAAACAATTTCTATTTTTATTCTTCTGATAGTTATCTGCATATCTGTAAATTATATATTATACTCCTTGGTTTATCAAATTTAGTCAATTATATTAACCTTCTAATTAGTCGAGCACTAACATAATTGATAATATAAATACTAATACAACTAAAAGACATGTTAAATTCCTAGTAAATAATACAACAAACATATAACTTTATACTTTCAAAAAAATAAGTGAAGGTAGTTTGATAGAGGAAGCTAAAAGAGTTAAGGTTTTTATGGACATAAGATATGAATGTTAAGGGCAATATACAATAAGCACTTCCAAGATAGGGCTCATGATCAAAGAGAAGAAAGAGGAGGAGAAACTTCCCTAGTGCTGCTAGTGTATTTTGGAGTATATGGGCTTTATGTAGAGTGCTGTGTACCTCTGTGGCTTGCCGTGTTCAGCTGTGTTTGTGCACTTTGTATTCAGCTGATGTTTTTTACATGGTTCAGACAATTAATGAGCTAGAAAAAATGGCATCTGAACAAAAGTTGCTTCTTTGTTATACATCATTCCCCTGCTTACCAATACTAAGATGAGGTTCACTTGACAGAAATGTGAAACATAGGACAGATTATATATCTTCACCTTTTATTTGGAAAATAAGGATATTTTCTGTTCTTTGTCTGTTCTCCCCACGTTCACTTTGCCAGTGTTGTTAAATTGACAATTTGTTATATAACCTGAAGTGCTCTTTTTATAGATTGATTCTAAACATTAATAGCAATGACTTATAATTGCTCTTTCACTACACAGTCAAGTAATATGTTTATAAATGTTTTTTTCTTGTACAACTTTTAAATTTTTCCTGGAGTTTCCAAAAACCCTGCTTGTTGTACTCTTTGCCCTTATCATTGTCTTGTTTTTGTTTTTGTTGTTGTTTTGTTTTTTTTTTTCCCTTCTTGAAATTCTTCATCCTATCTCTATTCTCTGAAGAACCTATTTTCCCCAGATTTCTTCTACTTTGGGCCTTCTGTCTTCTTATTTCAATCTGAATGGGTTGGTCTCTAGGCCTGCTGCCTAGATGCCATGCTGGAATTTTCTTGACTGCTACCCTGGTTCCAATGTTTCCTTGAACCCACATCGTGTTTCCTTTTCTTTTTACTGGAATATATCTGCAACTAATATTCCCTTAAGACAGAGAAAATTAGAAGTAAACATTAAAATAGTCTTACATGTCTAAAAATGCCTTTATTCTGTCCTCATTATGATTAATGGTTTCAGCTGGGTATAGCAACCTAGATTGAAAGTAATTTTTACTGAGAACTTTGAAGGCTTTGCTCCATGGTTTTCCATAAGTCAGAGTTGCTAGGAGAGAAAATCTGCCACCATTCTGATACTTGTTCCTCTGTAGTGACATTTTTAATTTTTCTTGAAATTTTCAAGAAATTCCCCTTATCCTTGGTGTTTTGAAACTTCACACACATCTAGTTGTGTCTTCCAGTCCTTTGTGCTAAGTACTTTGTAGACCTTGTAAATCCAAAGACTCATGTCCTTTACCTCTGGAAAATTCTGTTATATTATTTCTTTGGTAATGCTCTCTCTCCTGCCCCTTTCTATTTTCTCCAGTCTCTCTGTCTGGGTGTACTGCTGATTGTATTATTGATTTGTTGGACCTCCTAGATTGATACTCTGTCTTCAATTTCTGGGTTTTGTTCAATTTTGGGGGCAGATTTCTTTGGTTTTTATCTCCTAATCCTTCGTTTAAAAGTTTAATTTTCAAGAATTTTAAAAAGTATTCCCCAAGTGTTCATTTCATCAAATATCTGAAAATACCTATAAGAATTTTTTCATTTTTTTTTTCAGTGTTTCAATTTATTGTTTCCAATTGGCACTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTTGCTGATGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCAGAACTCACTGCAGCCTTGACCTCCCAGGCTCAAGCAATCTCCCGCTTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACCACAGCCCATAGCTAATTTGTGTGTGTGAATGTGTGTGTATGTGTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGTGGGGTCTCACTATGCTGCCTAGGCTCCTGGGCTTTTGAACTCCTGGGCTCAAGCGATCCTCCCACCTTGTCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAACCCAATTTTTTTCTTCCTTTTTTTAATATAAAAAAATTTTAGATCTCTCTCGTGATACTCTTTTTCCGAAAGTCTGGTGACATTTAAAAATTTACAAATGAGACAATAAAAAGACTAACGAAACAGGAGAAAACTAAATGGATATGTGGATGGTTCTTGCCACTAGATTGGTTTCACTTCACTTTTCTCAACTGTTGGGAAACTAGCAGTTTACTGGTGGCTCCTAAAAATGCCAAAATACATGCGTCTTTGCTCT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Seq C2 exon
ACTACACTTGCTGCTTTGAAGGATGAAGTTGTATCTGTTGAAAATGAACTCTCAGAATTGCAAGAAGTAGAAAAAAAACAGAAAACCCTTATTGAAATGTATAAAACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000122417-ODF2L:NM_001184766:10
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0003816=Filament=FE(14.5=100),PF115593=ADIP=FE(32.8=100),PF131661=AAA_13=FE(22.0=100)
A:
NA
C2:
PF0003816=Filament=FE(11.6=100),PF115593=ADIP=FE(26.3=100),PF131661=AAA_13=FE(17.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)