HsaINT0118691 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000079156 | OSBPL6
Description
oxysterol binding protein like 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16388]
Coordinates
chr2:178394313-178402891:+
Coord C1 exon
chr2:178394313-178394435
Coord A exon
chr2:178394436-178395450
Coord C2 exon
chr2:178395451-178402891
Length
1015 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTAAGT
5' ss Score
8.07
3' ss Seq
TGATGTTTATATTTTCACAGAAA
3' ss Score
7.4
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTTTGGAAGAAGGAAATTTAGAAGCTGCAGCATCAGAGAAGCAAAGAGTAGAGGAACTCCAGAGATCTCGGAGACGATATATGGAAGAAAACAATCTTGAACATATACCAAAATTTTTTAA
Seq A exon
GTAAGTCAGTTAACTCCCATAGCAAGTTCATGTTTTGCAAATGGTTGCCACAGGCCATGAGAAACTCCAGTTAAATGAAAATAAAATGGGTAAATGGATTTTGGTATCTTTGCTTTTGGCAGTGAAAATATTGAATCGATTTTGCACTTATGAAAAGTTAGTAACTATAAAAAGAAATTTTTTCTACAGCTCTTCTCTTTTCATGGGCAGCAGAAAAGAGTGAGCATCCTGCCCAGAAGGCTCTTTGTCCTTCAGCTGCACTCTTTAGAATGGTGGAAACTGGTTCCCACTCCCTTAGCCAGGGACTGAACCAGACCCCACTGCCCACAAGATCATCCTGGCTTTTATTAGGATTTCATTTTATTTCTATCACACAAAGCTTGTGTGTGTTTAGATTTGGTCTCTCTGTGGTATGATAGTAGGTGATTATTACAGGATTATTTGCAGGATTATATATACATCACACAGATTAATCTGAGGTTTCCAAATGCATCTGTTGCCCTCCAGAGCCAGGACAAAAAGCTCAGGGTAACCTTATCTCCTTTAGACTTGTCCTGTCATTACTGCCCTGGGGTAGAAATGCAGCCTTGCCCTTCAGATGTCTAAAATGTGCTCCTTGGACATGGGCCCAGTAGGGGCTCTTAGAGCTACTGATATTGCATACTTTTAGTGAAGGAGAAAGGATTCTTGTGGGTCTGGGACCTGAAGCTCTTAGTTACAGTATTTGTATATGCTTTATTGGGGGCTATTTACTTTTTACCCCTGCCAGGAGGTAATTTGTTCCTGCCCTGAGTTCCTCTCCCCCTGGCCCTACCTACTTCCATTTCACACATTTAACAACAAAAATGACTTCACTTCCAGTCAAAAATAGTCACATCATCAGTAGCTAGCAGATAAGATACTAACTGGCTTACAAACACTGCTTATATGTCCATGTCTAATCTATAGGAGAGGGTCCTATTTAAGGTTACCTTGATGTGATTCATGACTAATGTTGATGTTTATATTTTCACAG
Seq C2 exon
AAAAGTTATTGATGCCAATCAAAGAGAAGCCTGGGTTTCTAACGACACCTACTGGGAGCTTCGAAAGGACCCTGGGTTTAGCAAAGTAGACAGCCCTGTTCTTTGGTAGACTGGGAATGTAGAGCTAGCCAACATATCACATTCTGAATGAATAAATAACTATGCACAATTATGTTTCTTATAGCTATGTGTGGTTTCTGGGTCAACTGAAAACCTACCATTTGCTTTTCTATTCATCTTTATAATGGACTTTCAGAAGTGCATTAGACAAGGCCCCTAACCACTTTGGGATCCTTTCTGTTTTGCTGCAACCATATTCCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCACACCGTCCTTGGAAAGCAGAATAAAAGGAGCAGAATATAAAATCCAAAGTCTGACCAGTTTGTAAAGAAAAACAAATGGTAACTGGTGCTTAAAGCTGATCAAGAAAGTTAACAACAACATAGAAACCACACGATTGTTCCACTGTCTGGAAGCACCATCCCCTATCGCAGGACTCCTGGGCCACAAGCAGTCGGTCAGTGCAGACTTCAAGTGTGTCTGTTTGATGTGGTGTGATTGTGCTGGCCTTGTCGAAAAAGATGTGATGCTTCTCAGAACCTGTTCCATCTGTATGCCATTGTTCATGCCTTAAGAAATGCAAAGATGTACAATAAATCATTTTTAAAATGTGTGCTCATAGGTTTATGTGAAGAACAGATTTTTTGAATCATGGCATGATTCACTTTCTCAATCAGGACAATTATGAGACTAACTTAAATGGGTTTTTTAAAAGTGAACAACACGTGCTTTACTCTGATAAGTCAGTTACCATATGGTATGTCTGAAGGGAAAGAAGGAAAAGACGTGCTAAGTAGATCTCTGTATTTACGTGGCTCGTTAATTTCCTGTCCTGCGTCCAGATAATAAACCATCCCTCTTCCACCTAACCTCACAGTGTGCCCTATTATTTGGAAAAATCTGTCTTTGATTTGGACATTTGGTCATCAGTGTTAAAACCTTAAAAGGAAATAACAAAAAGCATATGGAATTCCTGTGTGGGCTTAGTAGTACTATAAATGTAATTGTTTTTGAGTGAAGCACCATGTAATCCATGTCTCAATCCCATGCCCGCTCCACTGACACTAGTCGAATTCCACTGAGAACAGAAGCAAGAATAATAGTAGTTTATTTGCATTGTTTAAATGAATTCTATGCAAAATCATATTTCAAATTTTCATCAAGTGATTCCATATGGTACATGGCTACATATTAAGCATTTACCTTGCTATTGGCAGAGATATGAAACTTAAGCTAAGGAATGTATCCATCCCAAAGCAGGAAAGCAGAAGTGTGTTTTGCATACTTCAGGATTTGTTTTTCCTCCACTAATATACAGAGGCTTTTGCAGAAAACTTGCATCAGTATTCCTGTTTCTGCACGTAGGTGACTATATAAATGCCTGTATGTTTTTTTTAAAATATCTCCTCAGAGATTTTCCTAGGGAATTATAAAATTACATATATTTTATTGTTAGTTAGATGTTTATTCTTGGATTCTTACCATTAGAATTTAAGTGTTATTTAAAACTCTGATACAGTTACAGACACTTTACATTTTATTATGAGGTGTTGATTTTAGTGGTATTTCTCCTCAGCAAAGCATTCCTAATAATGGCTAATACACCATCAAATGAAAAACTGCTGATGAGAGTGTAAGAGAAAGCGCTAACGTTTCCACTAGATGGCGCAATATTTTATTTATCCAAAACTCCTCCCTTGCATCTGAGTTTTTATGTTATGTGTACAGTCTGCATTAGCTTAGAATGGAATTTCATTCTCAGGTAAATTTTCGAATCCATCACCAGATCTAAGCATTCTGCTTCAACAATACCCTCTCTATTCCTCTCATTCCCATTTTAAATCCATAGGTGGCTTGCCCTGCGGCAGTAAAATCTTCCCCTTGATATTGATTCTTTTTCTGCTCATTCATCTTGATGTTCTTTTTCTGCATCCTGAGATACATGTCGTTAATTTTAATAAGAATCCTATTGACTTCCTCACGGGAGTCTGTTCTCCTATGGTTGATAAAGCTTTAAATACTATTTAAAGTGGTTCTGGTCTGTACTTACTAGCACTTCCCTGAACAGTCTCAAAATAGCCTAAACATAAGAAAACAATCCTGCAAAGTAAAGGTTTTTACAAGCAGAGATGAAGGAAAGGGAGCAGCAGCTGACCATCAGATGTGGTATCAGGTAGCTGGAAGAGGATCCAGGACCCATCAGGGAAGCAACGACTGTACTTAGCAATTTGGGTTATAATTACAAAAAAGAAAAAATAGTAGAAAGGATCTTTACCAGACAGTAAGGTCATGGTACAAATCAGGTGAGTGAATGTTGGTCAGAGGTAGCCTGACACTCTGATGAGGACTTCAAGATGAGAATGAGAAAAATGTCTATTAAAATCACTACATTTGATAATATCTCAGATTTAGAATCTCTTTTGGGATTCAGATAGTCTGATTATTCCAATTCAAGTGTTCAGTTAAGTTTTAGTTACTATTCCTATAATACCCAATTCACTAATATCATATCTCCTGTGGAATATTCATTGGTGCGATGGCCTCATCCCCTTTTTTACTTTTTATTGACATGGTGGTTATAAAATGAAGAGACTTACTCTATTGGAATTTTCATCTACGTAGTATTTGGGCTGTCAAGACTAAATAGCAAAAGGGTAGAATATTAGATCATTCTCTTAATAAGACCTGATTTATTCCTTAGGATGTTATACAAACCTTTTTATTTCAGGCCTACTTTCTTGTTTTTTCCTAAAAGGATCTAGGATAGAGGAGAACATAATATGCCTGTATACTTCTCCCATGGTTTATTCATAAGCTGCTTCATCTCATTGGAGATGGTCATTGAGGAGAGCAGTAATAAGTGACGATGATTCTGAGGACTTGGCTAGACTGAGCGGATCAATGGCACACACCAGCACTGGTAGAGGCTGACCAGAAGCTCATCGATTCCATATGCTGTCACCCAGGGTGCAGATTTACTCTCTTTTGCTGTTATTTTATTGTTTTTCTTAAATTAAGCCATTGTTTTTCATGGATTATTTTTAAAATACCTACCCCATAATTTTCAGGCAATTGTAAAAATAAACCTTATTTAAGATAACTTTTAATGGTACATATCAACTATATGTGGGGAAAAAATGCAATTTTCTGGGCAAGAGAAACCAAAGGATTTTCAATATATGAGATGCCAGGTTGTCAATTTTCTAAACCTTTTCCTCTAGATTATTCTGGCCCTAGGCCTTTCAGCAACCCCACTAATCAATTATTAGATCCTGCCCCAAGGAGCAGTGGCTTGGGGGCTGGATTTAGGGAGGAAAACCTGATTAAACTGTTTTGCTTAGTACTGGTTACAGCTGTAGCTGGAGAAGAGTTTATAATCATAAAGTACATTTTTGTTATTACCTTGTGGATTTTAATTATCCATCTTGTCTAATCTTGTTCTCTGTCATCCTAGATAATGAGGTGTTTGTGGGAGCAGAGCTCTGCACACACCAGGGGATGTAATAAATGTTTGCACTTGGCCCAGTATATTATGAATGTGGCACAGTAAATAAAGTTTGTGTACAAAATACTAGTTTATTTCTATGGGAGCCATTATGTTCAGGATATATAAAATGTATCTAATTAAACAATTTTGAATCTATTTTGTGCTCTAGAAATGTTCTTTTGGGGAAAGATGGAAAGAAATGTATAAATGGAGTTAAGATTAAAGTATTTGGGGTTTTTTTTCCCCAAAAGCTTCCCAGTTGTTTAGAAATAATACTATCCAAAGTAGGATTCGGTCCTGTAAGTCCTAACTGAATTTCTTTTGTAAAACTGATACGTTTAAACTGTACATTGCATAATCATTCTGTTAAACTAAACCTTTGTTTAATACATAATTGTAAGAGCATATATTTGTTATTGAATTGAAAGACTTTTTTTGTAGCTTTTGCTTTTAAAGAAGATGGCAAATTATCTAAGAAAGACTTAGCTTTATTACGTCCAAAATGAGATCTAAAGAAGGAGGTCTTTAAAAATTGTTGTGATGGACCAACATGTCCAACATCTTAAGCAAATGAAGCTTCATGATTAAGGCAGCTTACAGATAAGTGGAAAAGAACTTACCTGTCATATGCATCCTTTTGTTTTCCAAAACAACATCTGATTTAGTTCATTTTCTCCAGCCTTGCTCCTAACATAGTGAAAGGCATAGATACACATGTATGTTCTTTTACACTGTGTCATTGTTTGTAAAATATACAGTATTTATGTACAGTTTCAGAGACATTCAATATTGAAAACCACTTCAGTTAGCCTCCTAGTGAATACTATTAATTTTTCATGGATTACATATTACCATATGACCCCATAAATACATTTTATTAGTTACTTTGGTATCTTCAAATTGGTAAGAAAAAAACATAAAACAAAAATGTTCTTATTTTCTGCAATTTTTTTTTCTAGCCATTCCTTCCTCCCAAATAGAAGTGAGGGCAATTGTAGAGAGAGGAATATTAAGTTTTCATAAAGCAAAGTATCATCTTATTTGTGTTCCACCTGTTTCTTCTAACACTTAATTCATAAAGTGAGCAATTGAACTTCTTAATACTGTTAGAGAATATGCTAGAACTATTACTTCTTTTATCTTAGACACCCACTTTCCCTTAATTCTCATCTATTTAGTTTTTTAATAAAATTGTTGCTAGAATTTTTTTGTCTTTTCAAGTTCTTTTTTTGTTAATTTTATTGATATTGCTGTACTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGAGTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGCGCAATGGCACAATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGGGATTCTTGTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGTTTACAGGCGTGTGCCACCCACCTAGCTAATTTTTGTATTTTAGTTAGAGACGGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTTCACCCGCCTCAGCCCCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCAACCGCGCCTGGACTCAAGTTCTTTTTAAAGCTTGATTAAGGTATAACCGACATATAATACACTTCGCATATTTGAACAGTACTTGATACAGTTTGATGTATGTATATACCCTTGACATAATCAAAATAGTGAACATATCTATCATCCCCAAAAGTTTCCCCTGCCCCTTTGTAATCCTTCCCCATCCTCTATCCTGAGGCAACCATTGATCTGCTTTTATTATTTTTAAAAGTTAGCGTATTTTCTTATATGTATTGCATATGGGATTTTTCTAGAAGGCCACGTGCATATGCACCCTCCCCTTCCATTACCCCAGTATCCGCCATCAAGTAGTAACATGTTGTAACAGAAAGAATCCCATTAAGTCCTAGTTCTGGTAGCCCGGTACAAATTTTAGATTTTCCCCCAAAAATGAAAAAAAATTATTTAAAAAATTTAGATTTGAAATGCTTAGAAAACAATCATTTATTTTTTTATGTCAAAATGTCCAAGTAAATTAATGGATTAATTTCCATGCTTCTGGTGATGTAACACCACTTGGTGGTGGCGCTGAGGAAACCCTGGGAAGTGTTTTTCTCTTCTGTGTAATGAAAGACTCACTGACAAAGCCGTCGGTATCCAGAATGACTGCTCTTGAAATGATATTTTGATGATGATGATCAGGGAAGTAGCCTATGCTGATTTATTTATCATCCCCCCACCCCAACCCCACTTTTGTGTCACAAACATTTGAAACACCCAGTGCTCAAGAATGCTGCTTTTCCAATTCTGCTAATATCCTCTCTCCCCATCTGGAAACAAAGTTACTAAACCTAGTTTTGAAAAAGCAATGGAAATGAAAGTGTCCAGTGAACTTACTGGCAGTTGTGCAAGTTGAAAGCTTATTCCTTACATCCTGAGCCTAAAAGCCTTATTCCTTATATCCGGAGCCTAAAAGTTTGCTCAAAAGTAGAAAACTTTCCAGACAAGATCACATACAAAATGGTTAACATGAAATGCTAATGAAGAAACAAGGCAAGAATGAATACAAGAGAAATGGAATCTGGGGAAAAAAGTAGGTTCTCTAACTGGGGCAGGGATCTTGCTTCTTGGGGGCATATGGTTGGATCCCAGGTGGGCCACGAAAATCATCTTGGATATTTGTTTACAGGCTGATTCCTGAGTTTCCCTCCAAAGATTCTGAGTCCACAGATCTAGGGTGTGGACCGAGAATCCTCATTGTAACAAGCACCCTCTGCCCCCGGGACATTTTAAGGTAGATGGAGAACTAAGGTGAGAGTGTGCCAGCTAAATACTCTTTCCTTTGTCCCTGTGCCTCAGTCTTTTTTGTTTGTTTTTTTTCATGTGACACTCAGTAGGAAAGTCTAGTTCAAGAACCGGAAACTGAGCCGGGCATGGTGGTGCGCACCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATGGCTTGAGCCTGACGCCCATGCCGCTGTGAGCTATGATTGCACCACTGCCCTGAGCCTGGACGACAGAGCAAGTTCCTGTCTTAAAAAAAAAAGTAATAAAAAAGACATTTAAAAAAAAATTAGAGCTCAGTGACCTGTGACTCACTTTGCCACTTTGTCATTTTCTTGACTTCTGTCCCAACGCCAGCCCTGTAATATGGAGATAAAGAGTGGGGAGGACAGAACTCTGAAACCTAAAAGGCAAGATTTTTGCTAAACCGGAGAACGTAAAAATACATTCCTAGAGGCAATCTAACCAGCCAGATAACCAGAAGTTTACTCTTCAAAGCCAAGAATCAGTACCCCCACCTCACCTTCCATTCTCTCTTAGGCTTTGTCTATGTCTCTAAGGGGAGTTTTTCAGTTGACTGATGAGGTCCTGACTGGTAGGGAAAGCCTGCAGGGAAATCCTGTGGCAAAGCACACTCTTGATCACCTACTTAACAAGAAGGTCTAGCAGGACATTCTTGATCCAGGTCAGCTTCTTCCCTGAAAATAATACATATTTTTAATTTCTGTTTGAAAAAACTCCACTGTGAAATTACTCTGCTTATATTAGAAGGTATGAAGACAGTAGTTATGTACTGTTCGTTTGCATACGGTCATTTTGAGATAGAAAAATTAAATTTTTTTAGGAAAAGAATTTCAAGCAACTTTCTACGAAAATACAGCTTGTGGTTAAATTTCCTAATGAAAGAGGAATTATTCACTGAAAAATTTGTCTAATCTGTGCCACCTCAAAATAAGAATTGTGCCTCTTCAATGAATGTTGTATATGAGAATGTTACATTTGTAACAGCACAGGAAACTCAATAAATTATAAATGAATTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000079156:ENST00000190611:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.071 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0123713=Oxysterol_BP=FE(11.7=100)
A:
NA
C2:
PF0123713=Oxysterol_BP=PD(5.7=54.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
AGGAACTCCAGAGATCTCGGA
R:
AAGTGGTTAGGGGCCTTGTCT
Band lengths:
356-1371
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development