HsaINT0120503 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000102699 | PARP4
Description
poly(ADP-ribose) polymerase family member 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:271]
Coordinates
chr13:24459972-24469110:-
Coord C1 exon
chr13:24469024-24469110
Coord A exon
chr13:24460137-24469023
Coord C2 exon
chr13:24459972-24460136
Length
8887 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTATGG
5' ss Score
8.44
3' ss Seq
GTCATATGTTTCTGTTTCAGGAC
3' ss Score
12.16
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTAAAGAGAAGGAAGAAGCCCAGCAAGAGTACCTAGAAGCCGTGACCCAGGGCCATGGCGCTTACCTGATGAGTCAGGATGCTCCG
Seq A exon
GTATGGCTTGGTGTGCATGCCGCATGCATACAGGAGAGGGAAAGAGAGTTAGAACAAGATATGAAATACGAATTTCATGCTAGAGGCTAAGATAATTTGCACTGTTGTAGGCCCCAGAGTTCCACTTGGTCTGAGTAAGGGGAAGCCACGCCAGTCAGACCCATTTGACTTAACAAAGGAGGAAACAGCATCAGTAGTTCCAGACAAACAAGAAGAGCTAGGCCTGTCATTGGGAACTGAGTTTCCCAGAAGGAATGACAGACAAAAAGATAACATTTGAGGTATATAACTTTCATCTTCTGATAAGAGTGTGATATACTGGCTGGGCGCAATGACTTATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCATATCACCTGAGGTCAGGAATTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCCTCTTACTAAAAGTACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCAGGTACCTGTAATCCCAGCTACTGGAGAGGCTGCAGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGGGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAAATTGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAGTGTGATATATTTACAATTTTCCTGAAGTAAGCTCACCTAGCAGATGGTCCAATCATAAAGCAGGGAGGCATTTCTGCCGGGTCCTCCTTGGGCCAGCTCCTGTGCTTTTAGGTGATTAGCTTTAGCAGGGACGTGACGTGGACAGTGTGGAAGAGGGAATAGCTGGCAGGTCCACTAGACTACTTTCCTTAAATACCAGGTGTTTTCACGAGGCCTCTGGCAGGTGCTAGATTGTGTGTAGTCAGCGTCTAACTCTAGTGCAGGTATTTTAGTTATTCTTGCAGATGGGGCCATATGTTTGAGTATCGCCTCTGAGGGTGACACATGGCCATGGTGTTTTGAAAATTTAATGTTTGCTGGGGCTAGGGGCACATTCAAGATTAATATAGACAAAGGGGTAAATTATTGCTCTTGACATCTAAGATATCCACCTGCAGGATGGGAATAAGTAATGAAGAGGTGATTATTGAACAGTTAAGAATGCTGGCTCTATGTATGGCCAAACTGTATGTATAGAAGCCTGGGGTTCATTTGAGAGGCTGCCACTTAATATTATCAGGTTATCCTCCTACGTGTGTTGGTAAATGTTTCCTCCTTAATACTTACATATTTCCCTAGGAATAGGGTCCACAAGAAAACAGCCTTCACAGAAGGTATTACCTATGGGTAAAGTCTGATCAGAACTATTGCTAACCCAAGCCTTCAGGTCTCCCAGAATGTATTGACATCTTGTGACTATAATGTTCTCATATCATAATATATGGTATTCATGCATTGTTATATAAATACCATATATACCAGGTGCAGTGGCTCATACCTGTAATCCCAGCACTTTTGGAGGCCAAGGCGGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTCGAGGCTGCAGTGAGCTCTGATAATACCACTACACACCAACCTGGGCAACAGAGCAAGATTCTGTCTCTAAACAAACAAACAAGTCTTAGCTTAGGAATCCCTCCATCTAAGCTTTTCCTGCCTTCCCCCGGAAAGACCCATGGCTTCATTTTCCCATGGCAACCTGGACATATTTGTCTTATAACTCTTAATATACTGTTTGTAAAGATAGAGGTCTAGCTCGTAATCCCCAATATTTAAGTGTGGAAGTAACAGAAAAGGATAGTTAGTGGTACAATAAAGAGAAAATTGTGGTGCCGAAACCAAGGATGAAGACAGTGCCCAGCCTAGGACGACTTATGTCCTCCTCATTGCCAGATTAAATGGCAGTGTTTCCAAGACTTCAATTTATGTGACCATTTGATGGTTTTCTCCTTTTCAAAACATCTAGACTGACTGACTTGTCACTATAACCCTATACTACTTAGATAGCGTACTGTTGAATTTTGCTGCTTTATCCAATCTGTGAGTTTCTGCACTTTGTATTGTTTAGGTCATTTTTATTTAATACAATTATTGATCTGGTCAGATTTATATCTACCCTCTTGCTAGTTGTTTTCTATTTGTACCATTTGTTCTTTGTTCCTTTCCCTCGCTTTTCCTGCTTTCTCTTGTATTGTTTTTTAAATGATTCCATTGTATCTCCATTATTGGCTTATTAATTTTATCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATTTTGGCTCACTGCAACCTAACCTCTGCCTCCCAGTTTGAGCGATTCTCCTGCCCCAGCCTCCCAAGTAGCTAGGACTAAAGGCACATACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACCGCTAACCTCAAGTGATTCTCCTGCCTCTGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGACGTGAGCCACTGCGCCCAGCCAGTTCTCTCTCTCTTAAAAAGTTTTGATTGTTGGCCAGGTGTGGTAGCTCATACCTGTAATCCTAACACTTTGGGAGGCTGAGATAGATGGATCACCTGAGCCCAGGAGTTCAAGACCCCTTGGGCAACATGGTGAAACCCCAGATCTACAAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGATGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGAGGGGCTGAGTTGGGAGGATCACTTGAGCCTGAGAGGTGGAGGCTGCAATGAGCCATAATGGCGCCACTGCACAGCCTGGGCAACAAAGCGAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAAAAATTAAGTTTTGATTGTTGCTCTAAAGCCACATGTTAAATATGTGTTAAATATGGTAGCCACTAATTACATGTGTATATTTACATTTAAATATAAAATAAAATGTTTTATGTGGCCAGTGGCTATCTTATTACTTAGTGCATATGTAGAGCATTTTTATCATCATAGAAAGTTACATTGGTCAGCACTGCTTTAGGGTTTACTACTATATACATCTGTAACTTACCACATACAGCCTACAATATTATACTACTTCATATGTAAGAACCTTACAACCAGAATACATTACATTACAACCAGTATACGTTCGTTTCTTTTTTCCCATATCCTTTGTGATATTGTTGTCGTGTGTTTTATTTCTTCATATATTATAAATTCTACAATGTGTTGTTATATATTCAACTATCTTTTTTTTTTTTAAAGTTCTGGGATACATGTGCAAGACATGCAGGTTTGTTACATAGGCAAATGTGTGCCATGGTGGTTTGCTGCACCTATCAACCCATCACCCAGATATTAAGCCCCACATGCATTAGCTATTTATCCTGATGCTCTCCCTCTCCCTGCCTCCGCTACAGGCCCCAGTGTATGTTGTTTCCCTCCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAGCTCCCACGTGTAAGTAAGAACATCCTGTGTTCAGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGTGAGGATAATGGCTTCCAGCTTCATTCATGTCCCTGCAAAGGACATGGTCTGCATGGTATTCCATGGTACATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCATTGATGGGCATTTGGATTGATTCCATGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAACGAACATACACATGCATGTATCTTTATAATGGAATGATTTATATTCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATTGGTGGGTCAAATGGTATTTCTGGTTCTAGGTCTTTGAGGAAGACCCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAATTTACACTCCCACCAACAGAGTAAAAGCATTCCTATTTCTCCACAGCCTTGCCAGAATCTGTTGTTTCTTGATTTTTTAACTATCGCCATTCTGACTGGCATGAGATGGTGTCTCATCGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTAATGATCGGTGATGTTTAGCTTTTTTTCATATTTTTTTGCCACATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTAATGGGGTTTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTAAGTTCCTTGTAGATTCTGGATATTAGACCTTCATCAGATGGATAGATTGCAAAAATTTTCTCTCATTCTCTAGGTTGTCTGGTCGCTCTGCTGATAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTTGCTTTTGCTGCAATTTTTGATGTTTTCCTCATAAAATCTTTGACTGTGCCTATGTCCTGAATGGTATTGCCTAGATTTTCTTCTAGAGTTTTTATAGTTTTTGGTTTTATATTTAAGTCTTTAGTCCGTATCGAGTTATTTTTTGTGTAAGTTTAAGGAAGGGGTCCAGTTTTAATTTTCTGCATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTCATTAAATAGGGAATCTTTTCCCCATTGCTTGTTTTTGTCAGGTTTGTTGAAGATCAGACAGTTGTAGATGTGTGGTGTTACTTCTGAGATCTCTATTCTGTTCCATTGGTCTATGTGTCTATTTTTGTACCAGTACCATGCTGTTTTGATTACTGTAGCCTTGTAGTATAGTGTGAAGTCTGGTAGTGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTTGCTTAGGATTGTCTTGGCTCTACAGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAACCTAGTTTTTTCTAATTCTGTGAAGAATGTCAATGGTAGTTTAATAGGAGTAGCATTGAAGCTATACATTACTTTGGGCAGTATGGGCATTTTCACGATATTGATTCTTCCTATCCATGAGCATGGAATGTTTTTCCATTTGTTCGTGTCCTCTCTGATTTCCTTGAGCAGTGGTTTATAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACTTCCCTTGCTAGCTGTATTCCTATGTATTTTATTCTCTTTGTAGCAATTGTGAATGGGAGTTCATTCATGA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Seq C2 exon
GACGTTTTTACTGTAAGTGTTGGAAACTTACCCCCTAAGGCTAAGGTTCTTATAAAAATTACCTACATCACAGAACTCAGCATCCTGGGCACTGTTGGTGTCTTTTTCATGCCCGCCACCGTAGCACCCTGGCAACAGGACAAGGCTTTGAATGAAAACCTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000102699:ENST00000381989:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084875=VIT=FE(23.7=100)
A:
NA
C2:
PF084875=VIT=PD(20.3=43.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development