HsaINT0120866 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000167081 | PBX3
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:8634]
Coordinates
chr9:128677965-128692124:+
Coord C1 exon
chr9:128677965-128678206
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr9:128691934-128692124
Length
13727 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGC
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7.16
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000167081-PBX3:NM_001134778:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
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A:
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C2:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)