MmuINT0115821 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038718 | Pbx3
Description
pre B cell leukemia homeobox 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:97496]
Coordinates
chr2:34213252-34224646:-
Coord C1 exon
chr2:34224405-34224646
Coord A exon
chr2:34213443-34224404
Coord C2 exon
chr2:34213252-34213442
Length
10962 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGC
5' ss Score
7.16
3' ss Seq
ATTTTTTTTCCCGTTTATAGGCA
3' ss Score
10.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTCAGCATCAGAGGAGCCCAGGAGGAAGACCCTCCCGACCCCCAGCTAATGAGACTGGACAATATGCTTTTGGCAGAAGGGGTTTCAGGTCCTGAGAAAGGTGGGGGATCGGCGGCAGCAGCTGCAGCCGCGGCAGCCTCTGGAGGTTCTTCAGATAACTCTATTGAACACTCAGATTACAGAGCCAAATTGACCCAGATCAGACAAATCTATCACACAGAACTGGAGAAATATGAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCATGTAATGAATTCACAACACATGTGATGAACCTTCTCCGAGAACAGAGTAGAACGCGTCCCATTTCCCCGAAAGAGATCGAAAGGATGGTGGGCATCATCCATCGGAAATTTAGTTCCATTCAGATGCAGCTCAAGCAAAGCACGTGTGAAGCAGTTATGATTTTGAGATCAAGGTTCCTTGATGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038718:ENSMUST00000040638:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.715 A=NA C2=0.236
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=FE(40.6=100)
A:
NA
C2:
PF037928=PBC=PD(31.0=95.3),PF0004624=Homeobox=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types