RnoINT0107841 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000022162 | Pbx3
Description
PBX homeobox 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1307198]
Coordinates
chr3:13277411-13288615:-
Coord C1 exon
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Coord C2 exon
chr3:13277411-13277601
Length
10772 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGC
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000022162:ENSRNOT00000029600:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF037928=PBC=PD(31.0=95.3),PF040917=Sec15=PD(61.0=73.4),PF0004624=Homeobox=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]