DreINT0110761 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013615 | pbx3b
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000405-3]
Coordinates
chr8:33943486-33949512:-
Coord C1 exon
chr8:33949271-33949512
Coord A exon
chr8:33943677-33949270
Coord C2 exon
chr8:33943486-33943676
Length
5594 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGATT
5' ss Score
5.95
3' ss Seq
AAACTTGTCTTTCTCCACAGGCA
3' ss Score
11.34
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTAAGTATCCGCGGGGCTCAGGAGGAGGATCCACCAGATCCACAGCTGATGCGTCTGGACAACATGCTGCTGGCGGAGGGTGTAGCCGGACCAGAGAAGGGTGGAGGATCAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGCAGCAGCGGCTGGCAGTCCCACTGACAACTCCATCGAGCACTCCGACTACAGGGCCAAACTCTCCCAGATCAGACAGATCTACCACACCGAGTTGGAGAAATACGAGCAG
Seq A exon
GTGATTGACAATATACACTACAGTCCAGTAAGGCCTTAACAGCTTACAACAAATACTGTCATACTGAACTCCTCTGCGCTTTCTTCCCCATACATTTAACCCAAAACCAATGTTGTTTTAGTATCTCTGAATAGTTATTGTGGTGGATTTTTATCACTTCAGTTCAGAATATATTAGATTTGGATTTCATTTTAATTGTAGAAAAGGTTGTATTATATATTTTTTTGCTGTGTGTTTGTATACACTATTATTCATTTTTATTTACGTTTTTTTTTCATTTTAAACTGAATGAAAATTCTTTGGCCACTAGCTGAAATCAAATATGTTTTTACTAGTTCATTTTATTAAAAATTATATATGTTTTTTTACTTGTATAGTTTAAGATTTCCATAGGAAATGACATTTTTTCTCAGCCCCCTGTGTTCATGTTGAGTTATTTCACTTTAAAGACCATGAGAAGAACTTACCCTGTGCCATAAAAGTGAACTTACTGAACCTACACATATGACCCTTCAAACTATATATTACAGGTTCACCAAGCAAATTTTGATATTTAAAAACACCAAACACGCCAATTTATCTTTCATCTTAAGGCATTGCCCCTTTTTTGAAATCTCTGTTATCATTACTAGATGCACCACTTACTACTGATTGGCTGCGGGTGTTTTGGGTCGAACACTTTAAGCATTTTTTAAAATTTTACTTAGTCCAGGAGTTCCCAAACTTTTCAGTGAACGACCCCCAAAATAACAATGCCAGTGACTCATGACTCCCACATTAATATTAACAACACAAAAAGTGCAACAGTCTAACAACCATAGACTATCTTTTATATAGTCATTAGTTAATTTTATTAACCTGGTGTCAGTGGGTTGGTGGTGCAGTGGGTGGCACGATCGCCTCAAAGCAAGAAGGTCACTGGTTCGAGCCCCAGCTGGGTCAGATGGCAGTTCTGTGTGAAGTTTGCATGTTCTCCTTGTGTTCGCGTGAGTTTCCTCTTGGTGATCCTGTTTCCGGTTTCCTCCACAGTCCAAAGACATGCGCTATAGAGGAATTGAATAAGCTAAATTGGCCGTTGTGTATGTGTGTGAAAGAGTATGTATGGGTGTTTCCCAGTGTTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCTGCTATGGCGACCCCTAATTAAGTAAGAGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAAAAATATTAACCTCGCCTAATGAGACTGGTGGGCACAATGTTTTTAGCACTTGGTTTCTATTCTTGGTTTAATTTTGGAGACTCAGAGATCAATGCTCAGTTGTGGCCTATATTTATTTCAGTGTATTTGATTGCCATAAAGGTGTCAGAAAGTTTAACCTGTTGCTATAAAATCAATCTGCTGCAGATGACGGTATTGCTATGCTGTTAATCTAACGTAAACACACAATCAAACAAAAAATATTGCAAAGCTCATATGTTAATGCTTTTTATGTTACTATTAACTACTATTTTTTTATGTTTTAAATTTATTTGACTTTTGGAAATCACCAAGCGGCCCCCTGTCATTGTCCTGCGAGCCCCCACTTTGGGAACCACTGAATGGTGCACCTATTTATCCCCAAAAAAAAGTCTTGCTGCCTTTTTTAAGTTAAATCTAATTAACCTTTTAAGTCATCTCAACTTATTGCAATCAAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAACTAATAAAACAATAATGAGTTAGACTTTGCATAACTTACTTGAAACCTGATTAACTTATTAAAATTACTTCAATTTCTTTACAGTGTAGAACATTTATAATTGAAAATCTAACCGGTTACACTAGTGCCACTTCAGTAGTTCTGTGCAATATTGTGATCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTCCTGCAAACAGATTTTATTTTTGTTCTGATTATGATGACAGTACTAGGTTAATTTTAGGCAAAAGCAAATGATGTTGCATTTAATTATGAAGAAAAAGGCCCTAAATCCTTTTCCAGCTTTGAAAACGAAAATCTACAGTAGTAATGTTACAAAGCGTAGCATAATTGTATGGTGCAGAGCCAAGAATACTACAAAAGAGCTTTGCATCTGCATCCACACATTTGCATCGATCCCATAAGCGTGAATAATCCCAGCTTGCTGTTCTGTCTGAATAGATATTTTTTCACTGGCGCTTCGTGACAGGTTTAAAGGGAGACCTGGAGGCCTTCGTCTGAACTGAAGGTGTCAGAGGTCTAAACCTGAGCAAGCATTTTGCATTTTACAGTCCTGTCTATCATGATTACGACTGAGAGCAGATGTGATTTATGGTGGTATTCAGGCATTAGGACATCTTCAACTTACCTGACCCCTGTACAGCGGTAGTCTAGACATCCTCTTATAAATATTGAGCAGACGCTTTTAGTTACAGTGTGGAGAGCAGCCTCTGATTGCGTAGTACATTTGAGAGTGTGGCTATGCAGGATGCGCTGCTTCATTGAGGTCATGTATTGATTCTTTAATGGAGCTGACATTAATTTTTGATTCAGCGCTTTAGTTATTTTCCCCATAATCAAGGACGAGTTGAACGAGGGCCTTTCCATCATTTTTGTTTTCCCAGGTGTAGTTAAAGTGGTGGGGGTTTTGAGGAAATCCTTAGGATAAAAAATAAATAAACGTAAAGCAAATACATTAAGTTCATTTCTAAAAACTCAATTGATAACACTTTACAGTAAGGTTCCATTAGATAACACTCTCAGTTAGGTTGTAAGGTTTTTTTAGGAGCACTGGAGAAGCATTGGCATGCCTTGAAGATTGTTATTTTTTTTCAATTTCTTATAAATATATTAAAGGCTAATGTGGGATGACACTGTATTTAGCACTAACTGTGGTAAATAATATGCAAACAGCATATATGTATGATGTTGTATTTTGAGAAAAAATATTAATAAAGCGCTTCAATTTTTTCCACATTTTTAATTTTTTGTTACAGCCTTATTCCAAAATGGATCAAATGAATTTATTTCCTCAAAAGTTTACACACAAAACCCCATAATAACGATGTGAAATTTTTTTTTTTTTGAAATTGTTGCAACTTTTATTAAAAATAAAAAACCTGAAAAACCAAATGTACATAAGGGTTCACAGCATTTGCTGTAAAGCTCTAAATTGAGCTCAGGTACATTCTGTTTCCACTGATCATTCTTGAGATGTTTCAGCAGCTTAATTGAAGTTCACCTGTGGTAAATTCAGTTGATTGGACATGATTTGAAAAGGCATACGCTTGACTAAATAATGTCCCAGGGTTAACAGTGCATGTAAAAGCAAAGACCAAGCATGAAGACAAAGGAATTGTCTGTAGACCTCTGAAACAGGATTGTCAGGGGGGCACAAGAGATCACTAAGCTGTGTGATCGTGGGAGAAGGGCCTTTGTCAGGGAGTTGATCAATAACCCTATGGTCACTCTGTCTCAGCTCCAGCGTTCTTCTGTAGAGAGAGGAAACCTTACAGAAGGACAACCATCTGTGCAGCAATCCACCAATCAGGCCTGTATGATAGAGTGGCCAGATAGAAGCCACTCCCTCTCATGCAGTGAGGATGTTTTTCAGTAGCAGAAACTGGATGAATAGTCAGGATTGAGGGAACGGTGAATGCAGCAATGTACAGAGACATCCTGAATGAAAACCTGTTTCAGAGTGCTCTTGACCTCAGACTGGGGCGAGGTCTTTCAGCAGGACAATTACCCAAAGCACACCACCAAAATATCAATGGAGTGGCTTCACAACAACTCGGTGAATGTTTTTGAGTGGCCCAGCCAGAGCCCAGACTAAATCATACTGAATATGGCTGTACACCGTCACTTCCCATCCCACCTGATAGAGCTTGAGAGGTACTGCATAGTGGAATGGGCAAAAATACCCAAAGACAGGTGTGCCAAGCTTGTGGCATCATATAAAAAAGATTTAAGGCTGTAATTGCTGCCAAAGATGCATCAACAAAGTACTGAGCAAAGGCTGTAAATACCTATGTGCATGTGATTTTTTATTTTATTTATTTATTTTTTTTTAAATTAGCAACAATTTAAAAAAAAAAAAATTACATTGTCATTATGGGGTGTTGTGTGTAAAATTTTGAGGAAATAAATTCATTTAATTCATTGTGGAATAAGGCTATAACATAAAAAAATGTGGAAAAATTGAAACGCTATGAATACATTTCGATGCACTGTATATATGAAGCTTTGGCTAACTACTTGATAATGGTTAGAGTTTATGCCACAAAATATCACTGTTTACTTATTTACTTTAAACAATATCGATTTACATTTAGTAAGATGCATGTTTTGTTTAACAGACAGTATGTCAATGTATTTACTATCATGATCAAACAATGAACAATAAGTATGTCACAGTATTTATTAATCTTTTCAAGCGTTAAAGAAAATAAAGCTGTTCAATGTTGTTCTCATCTCAAAGTAAGTTATCTAATGTTACACAACTTTTGATTAAAATAATGCACTAGTAACTGTTGGACTATAATAAATAAATGCTGTACAAGTAGTCTGGGTTCATATATATTAACTTACTGTACAATAACCAGTGTAAGCTTATTTTAAAGTGTGAACAATTTTGTAATGCTTTTCCTTGTCTTGATTCACGGTCACTCTTATGTCATTGACCTGCTGTAGAGTGCACTTACACCGTAAACAATCAAGAATGTTCTGTGGAGCACTTTTATTTGTAAATAATAATCCTTTTATTATGATATGGAAGTTGTTTAGCTAATGGCTTTGCCAGAGAATGGGCTAAATTAGCCTGATTACTTGCAAGCGTTTAAAAAGAAAGCATGCGGAAAAGGTGGCTCAACCCTTCACCCGGAGTAAATGCATCTTTCTTAAGGGTGTTCCCCGTTTTTAATTATCTAAATGTAAATACTTAACAAATTTTACTCCGAGTAATGAGCTAAAGTGAGCACTACCTAAATGAGTTATTCTAATTAATCATGTATGAACCACTGCTTTAACGAAAAGCTGTTTAAATTCTACGGGCGCTGGGCAGGTGCCAAATTGCAAATCGGCATTTGCATTCATAGATGACTTCACCTATTAAGCCGTTCAAGTGCTCAGCAGCACTACAAACAGTATATGGATGGTGTTTTTTCCCAGCTTTCAAGAGCAGCAGCTTTGAACTTGCTTCAAATATTGCTGATTGCTGCTCCGGAGAGCTTCAAACGAATGCAGTTGAACTGATGTGCTTCTTCTGCGGAATAACGTCAAAGAGCATTTCTGTCATTTCTGAGTCGAGACTATATAGCGATTTTAAAAGGAGGGTCGATCTCTAGGAAGTTTTTTTGGGGGGTTTAAGTGAAGATATGATGAATTGTAGATTCAGAAATTATTTATTGCACGTAGCTGCTGAGTCTCGGTAGTGGGTCCTAAAGACTTTGGAATGATTTGATTTTTTACACCTACATCCTCAGTCGGAATTAACGCTGCAGTCTTAAACTCAAACTTGTCTTTCTCCACAG
Seq C2 exon
GCATGTAATGAGTTCACTACCCACGTAATGAACCTGTTGAGGGAACAGTCTCGCACACGGCCCATCTCGCCCAAAGAGATTGAACGCATGGTCAGCATCATTCATCGCAAATTCAGCTCCATCCAAATGCAGCTTAAACAGAGCACCTGTGAGGCTGTCATGATCTTGAGGTCCCGCTTCCTTGACGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013615:ENSDART00000105204:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.646 A=NA C2=0.227
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=FE(50.3=100),PF0044324=UCH=PU(16.2=48.1),PF070286=DUF1319=PU(36.0=38.3),PF040917=Sec15=PU(33.7=34.6)
A:
NA
C2:
PF037928=PBC=PD(31.0=95.3),PF0044324=UCH=FE(22.1=100),PF070286=DUF1319=PD(55.9=81.2),PF040917=Sec15=PD(63.4=81.2),PF0004624=Homeobox=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]