HsaINT0128612 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000130653 | PNPLA7
Description
patatin like phospholipase domain containing 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24768]
Coordinates
chr9:137467317-137478152:-
Coord C1 exon
chr9:137478034-137478152
Coord A exon
chr9:137467474-137478033
Coord C2 exon
chr9:137467317-137467473
Length
10560 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TGTGTCCCTGGCTGGTGTAGAGG
3' ss Score
6.07
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGAGATGTACAAGCATGTCTTCCAGCGGCCCCCGGACCGACACTCAGACTTCTCCCGCCTGGCGAGGGTGCTGACGGGCAACGCCATTGCCCTGGTGCTTGGGGGAGGGGGAGCAAG
Seq A exon
GTGAGTCCCCCCGCTTCCTACACACTCCTCACTGGTGTGTGTGGTGACAGTCGCCCCCTCGGGTGCTAGGAGGTGCTGGGTGCGGGGGACAGGGGGTGTCACCCGCAGACGAGACCCTCAGGCCGCCTGTCCAGACCCAGCCTCCACCCCGGCCTGTCCTCTGAGCAGGCCCTGCAGACCCTGGCACATGCGGTGTGCCCACTGACACCCAAAGTGGCCCTGGTTTTATTAGGGCCAGTTTAGTAGAAGACATATCTCGTTTTGACTGTCTTTGCTTAGAAGTGGTTGCTTGGGCCGGGCGCGTGGGTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACGAGGTCAAGAGATTGAGACCATCCTGGCCAACGTGGCGAAACCCAGTCTCTACTAAAAATAGAAAAATTAGGCGTGGTGGCGCGCACCTGTAGTCCCAGCTGCTTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATGCAGGAGGCAGAGGTTGTGGTGAGCCAAGATCGTACCACTACACTCCAGCCTGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAGAAGCGGTTGCTTGTTGGCCCTTTGCACCTCCTCCTCTGAAACCTCTGCTCTTTCCTTAGCCGGTCTTTCCCAGCATCTGGTGAGTTTCCTTCACTCCAATACTTGATAAAGAATGATCTGCTTTGCCCAAACTGAGTCCTTCAGGGACTTTAAACCCAGATACCTCCTCCCCTGCCTTGTCGTCAGACACCACCTTCTCCTGAACTTGAATAAATACCCTTGGAACAGAGATGGAGCCTGGGAGCCACGAGGAGGGTGGGACAGGCATGTGCCCCTCTGCTGAGCCAGGTGCGTAAGGGGCAGGGCGGAGCCTCCTACCGCTGCCCCCAAAGGAAGGGAGGACATCGAGGGGTGCCTGGGCGGGGGTCCAGGCCAGGGCTGCCTTCTGGGGTGGGGCCTCTCCGGCAGCCCCTCCCATCTCCCACGGAGTGCCAGCACTGCTACCCCGGGAAAAGCTCGGAGGTGGCCCCAGGGCCTCGAGGATGCTTCTGCTGGCCCCAGGGCAGGGCCCTGTCAGCCTGGGGCTGTTCTAGGTGATGAGGTGCCCACTGCATCCTTCTGTCTAAGGGACTTTCCACCTTGTCTTGTGCCACATTTTCTCTTGAAAGCTGCGGAAGTTGGCCTACAGCAGTTCAATGGCTTGCCTGAGGTTGCCAGGCTGGGGACAGGACCCAAGTCTCTTTCTGTGGGTCTGGGACAGTGCAGGGACTTGGAGCAGTTGAGCCCAGGCCACATCAGCAGCATTTTTAATGAGAAAGTAGCTTTGATCAAGGTAATACTTAGAAGCCATACGGTTCTGTAAGGCACGTAACTGCAGTCCTTTGCCTTCCTTCCAGCACCACCTCCAGAGTTATCCCAGAAATAACCATGTCCAGTGTTTTGAGCTGTCTGCTTGTCTGTATTTCTAAATCATATTCCTATTCTACTAAGTTTTTGGTTTTTTTTTTAGTTTTAGATTGTTGACTTCTTAACCCCCTTCAACACCCGCAATCAGAGTCTGCTAACTATTGATTAATCACTCATCTATGCATCTGTCTCCCTCCTTTCCACTCAATCCCAGTGTGGTCCCATCACTAGTTAGCCAGCACTCACTGTCTGTGTTGTTATGACACTGTGGGTGTCACTCAGAACTAAGTCACATCCTATCCTATCCTATGATTGAAGTTCCTTCCTTGGAGTTAATAATTGTCACATTTGTTCAGTTTTCTGGGTATCCTTAATTTACCCGAAGACACTGAGGCAGGCATTAACCTCCTCTCGGTATGTTCGGACATACCACTCATCTCTGTTTACTTTTCAGGAGTCATCCTCCCGAAAGCCCTCTAGCCTCTTCGTATCTCTACTGGTTGTTTTCTAACATGCTGCTGAGATGTTGGCCTGGAATTTTCTTTCACCACCACCCTGGAAACTGCCTTTGTTTCTCTCCTGTGTTCAATTCCATTTCCTGTAATTTCATGTCTTCTTTATTGGTTTATTCCTCATTTTGGTGGATATATGTTCTAGAAATCTCCCTAGGAGAAGACGCATGGGGAAGTAAACATTTTAAGACCATGCATATCAGCAAGTGTCCTCATTCTATTCCCATACTTCAGTGATAGTTTGGCTGGGTATAGAATTCTAGATGGAAATAAATTTCCCTGAGAATTTTAAGGCATGGTTCCATTGTCTTTTTAGTTTTTTGTATTGCTGTTGAGAAATTTAATGCTATTTTTATTCACAGGGCCGTTTTTTCTTCTGGAACCTCGTAGGAGATTCTTTTTTTTTAAAAAAAAAACAGGTTCTCAGCCAGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACAAGGTCAGGAGTTTGAGAGCAGCCTGGCTAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCTTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCGCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCGGGGGGATGGAGCTTACAGTGAGCTGAGATTGCGCCACTGCCCTCCAGCCTGGGAGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAACAAAAACAAAAAACAAAACAAGGTCTCGCTTTGTTGCCCAGGCTGGCGTGCAGTGGCAATCATAAGCTCACTATAGCCTCAACTCCCAGCTTCAAGCAATCCTCCCCACTCAGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCTGAGACTCTGCACTCTTGGTATTCTGAAAGTGCATGATGGGCCTTCATGTGGCTCTTTTTGCATCCACTGACACTGGATTCCCAGTGGACCCTTTCAAATTTGGAAACTCACAGACATCAACTCTGGGAAATTTTTAATTTTTCTAAATGAAAATGTTTACCTCCCTCTTATCTGTGTTCTCTCTTCCTGGAGCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCAGAGTCTTGTTCTGTCGCAGTGAGCGATCTCGGCTCGGCTCCCTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACTGTGTTAACCAGGATGGGCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCTTCCTGGAGCTTCTGATGGTCAGATTTGGGGCATCTTAGATGGATCTTCTAATTTTTAGTCTTTTCTCTCCCCTATTCTTCATCTCTGTCCTTCTGTTCCACTTTCTGGAAGATTTTTCTCAAATGTACTTGCAGTTGATCTTTTCTGCTAAAACATCTCTGAGGTCCGCGTGCGTTTCCCCACGGCACTCCGGTGTCCTCCAGGGCTGCCTCGCGCTCCTGAGAATGCTCGTCGCCTTCCTTGTGCCCTCCTTGCTTGCTCAGATTTTCCACGAGGCGCCTGTTGGTGTCTGGCGTTGATCACGCGACATAACGTGCCTGAGATTTGTCTGCACTCCTGACTCTCAGCAGTGGCAGTGCCGGGCCAGCTTCCATGGTGCCCTCCCCACGCTTTGCTTATCCCCCTTCCTGTCGATGCACAGTTGGTTGGTTTTCTGGTTTTGGTTATTACAAACAAAGCTGTTATCACCAATTCTTTTGTTTGTTTGTTTTGAGACGGGGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTACCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGGTTACAGGCACCCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGCTTTCACCATGTGGGCCAGGCTCGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCCACCTCGGCCTCACAAAGTGCCGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCACCCAGCCCCAACTCTTGTTCAAATCCTTCTGTGGACACATTTCCTTTCCTCTTGGGCAAATGCCTAGGAGTGTAAGTGCCCGGTCGTGGGGCAGTTGTATTGTTTTACACTCCCACCAGCAATGTCTGAGAGTTCGAGTGACCCACATCCCCACCGACCCTTGGTAATGGCAGTATTTTAAATTTTGCCCATTCTAATGGTCTGCAGTGGTGTCTCACTGTGATTCTAATTTGCATCCCTCCGATGACTGATGACGTAGAACACCTGTTCATGAGCTTGCTGGCCATTTGTGTGTCTTCTTTTGTGGAGTATCCATTTAAGTTCTTTATTCCTTTTGTAATAGGTTTTTGTCTTTTACTATTGTATCGAAGGAGTTCTTTATTCTGAACACGAGTCTTTTGTAGATACATTTATTACTGATATTGTCCTCAGTCTTGGCTTTTCTTCTCATTTTCTTAATGGCATCTTTGGATGAACCATTTAAAATTTTGAAGTGTGATTTTCCAGTTTTTTTATGGTTATTAATTCCAGTGTTCTGAGAGCTTCAGCCTATCCCAAGGTCACAGAGGTACTCTTCATCTTCTTCTAGAAGATTTTCTATTCTATCCTGTATGCTTAAGTCTGTGAGCCACCTCAAATTGATTTTCATGACTGGTGTGAGGTGGGAGTTCACTTTTCCCATGTGGTGTCTGGTTGCTCTGAATGATATGGTTTGGCCATGTCCCCACCCAAATCTCACCTTGAACTATAACTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTGAATCATGGGGGCAGGTCTTTCCTGTACTCTTCTCGTGATAGTCTAACGGGATCTGATGGTTTTACAAAGGGCAGCTCCCCTGCACATGTGCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGATGTGCCTCTGCTCCTCC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Seq C2 exon
AGGCTGTGCCCAGGTGGGCGTTCTCAAGGCCTTGGCGGAGTGCGGCATCCCTGTGGACATGGTGGGAGGCACGTCCATCGGGGCCTTCGTGGGTGCCCTGTACTCTGAGGAGCGGAACTACAGCCAGATGCGGATCCGGGCCAAGCAGTGGGCCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000130653:ENST00000406427:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0173417=Patatin=PU(4.8=20.0)
A:
NA
C2:
PF0173417=Patatin=FE(31.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development