HsaINT0135755 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198218 | QRICH1
Description
glutamine-rich 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:24713]
Coordinates
chr3:49114142-49129889:-
Coord C1 exon
chr3:49129830-49129889
Coord A exon
chr3:49114472-49129829
Coord C2 exon
chr3:49114142-49114471
Length
15358 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
TGACTTCTGTTTATTTCTAGGAA
3' ss Score
11.07
Exon sequences
Seq C1 exon
AATATTAGAAGTCTTAAGAACTCAGGACAAGCAGCAGAAATACATGCAACATGGTGACTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAACCCTAAGGACTCTGCAATATGAATAATTCCCTAGAGAACACCATCTCCTTTGAAGAGTACATCCGAGTAAAGGCACGGTCTGTCCCGCAACACAGGATGAAGGAATTTCTGGACTCACTGGCCTCTAAGGGGCCAGAAGCCCTTCAGGAGTTCCAGCAGACAGCCACCACTACCATGGTGTACCAACAGGGTGGGAACTGCATATACACAGACAGCACTGAAGTGGCTGGGTCTTTGCTTGAACTTGCCTGTCCAGTCACCACCAGTGTTCAGCCACAAACCCAGCAAGAACAGCAGATCCAGGTTCAGCAGCCGCAGCAGGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198218-QRICH1:NM_017730:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.252
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0061916=CARD=WD(100=47.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)