HsaINT0136417 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000152061 | RABGAP1L
Description
RAB GTPase activating protein 1-like [Source:HGNC Symbol;Acc:24663]
Coordinates
chr1:174210621-174219770:+
Coord C1 exon
chr1:174210621-174210795
Coord A exon
chr1:174210796-174219612
Coord C2 exon
chr1:174219613-174219770
Length
8817 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTAAGT
5' ss Score
9.07
3' ss Seq
TTCCTTTTTTATTCTTTTAGGTA
3' ss Score
11.64
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTATAGACCAATCCAGCAATGTGGAGATAGCATCTTTTCCAATCTATAAGGTGTTATTCTGTGCACGTGGACATGACGGAACAACAGAGAGCAATTGCTTTGCATTTACAGAGAGTTCCCATGGTTCGGAAGAATTTCAGATACATGTTTTCTCCTGTGAAATTAAAGAGGCA
Seq A exon
GTAAGTATAATATAGTATAGCAATTTGCTATAGAGATGAATTAGGGTAATATTTTTGAGCTCTAATTTCACTGTTGTATAAATATGTTACATAAATTTGGAGTATGTTTCTAAAGACAAAATTAATATTTGTAATGACATAGAACTGAATGTGGAAAGCCAAGTCTGGTATATCTGCATAGGTAGGGCACTCTCACAGCTTAGCAGTTGTCGTAGAAAAATACAACTGGATGAGTTGCCTTTCCACCTTACCATGGTAGTAAATTGCTTATGCTCAGAAGGGAGACTATTTTTGCAGCTCTCTTATTATTTTGCCCTAGTAGATTGGTCCATGTGATTTTAAAAAGTGCCTATAACGATACCTGTTTCTCTGATGGGCTTGATAGTTGCATATTGCTTTCATTTAGATATTGCATTAAGATTATTTTATCAATCTCTGTGGTTTTCATTGATGATTATTTGTTTTGTGCTTTCTTGCTCAGAGGCTATATTTTGCTCCAGAGAACTGGCTTAAATAAAATTACAAATGCTCACTTAAAGCAGGTATAACAACTTGTAGTCCTTTGAAAATGCTAGTAAGTTTTTTTATAGAAATTACTAATTGGTAGATTATTGTTAGGAGAAATGGTTTAGATTAAATGCAGTTAATTACATAGGGAAATCTTTTCTACATCTATTGAATTATCCCCAATTTTAAAATGTTGCACTGTTAGACACTTAGTACTTAAAACCATTTCAAAGGCATTCATAAATGGGTGTGGATGGCAATGTCTCAGGTATGTTTGCTTGTGACAAAATAAATTATCAGCAGAAAATGCTGAAAGCAATAGTTATTCTAGCCTCTATCATGAAACATGAATAAATCATTCTATTAACAGGAGTTTTGAGTTTATTTCTGGCGACAAAATGGGAATTAATGGAAATATGGATTTCTGTGAGTTTGATACAAAGCATGATGGCTATGTCAGTTCTTGTGCCCTGGTGATCAGTTTGCTTTACACTAAACTGAACATGCACAGACACATATAATTTAGATTGTAACTGTAGAAATTCTCTATCAGAACCCATGCCTTCTGAAAGAAGTTGAAGTTTTGTGTTTTGTTTTTTAGATAAGGCTTTATCTATTTTTTTCCCAGCACTTACATATCTATGTGTATACTGACTTCTTGTTCAAAATGGTCTGATAGACAGGAGAGTGAATGAGTATAAGTATGCTGCTAGTGTGCCTAGCATATAGTAGACAGTGAATATAAATATGCTGAAGGAATATGTATGTTTCTGTGAATGAGGGGGGCTATTTCTGATCCTTACGAACTCCACTACAGAGGTGGGGAAGCAGATGGTAGAATCCTGGCATTTCATGTTGGCAGCCATCATTTAACCCACCTGTGTGATTTCCGAATCACTGGAGCTCAACAGCAAGGAAATGAGCTTTGAAGACCTGGAAAATCTGCTGCTTGGAGAGAGAGAAATGCTGCTGCAGAAGGATACTGAATTGCTGCAAGAAGTTTCCATAACTAATGGTATGAAACTGTCTTTTGGATTGTAGCATTCACTTGGGTTTAGAGTAGGGGAAGTGTTTATTTTTGAGAGCTTATCATGGTAGGTAAGTAGTGGAAGAAACCCTGGGAAGTTCTTGGCCAGACCATTTTGGATATAGTATTAAATAAATGCTGTTTCTATAGAGCATATTTTTTCCATTGCACGTTGTAAGAAAGTTATCTCCATCTATTATTTAATTTTTTGAGTGCATTTTAGAAAGTATTACATTATGGGGGCATTAGTGGTAAAATATATTGTTTGAAGGAGAAATACATGACAGTGGTCATTAAACCTTATTATGAGACATTATTTCTTTTTAAAAAAAATTTTAAAAATCCTCCTCCAGGTAATGAATGACACATCAGTTCTAAATGAGGAATAACCCAATATAAATAGAGAGCTTATGCCAGGCACTGTGCTAAGCGTTCATTTGATACTCATAACAGCCCGTGACCAGGTTGGACTTATTAGACAAGTGACTTTATGTTTCTCTTTGCCTGGAGCAGTTCTATTTTATGCTTATTGTCCAGGTTTTTACTAATACCCTCATTTTTATTCTCAAAAGTGTTGTGGTTTGGATGATAAATTGTTTGGTTACCCTTTGTTTATCCTGTGGCTAAGAGACTGGGTGATAGAGCTGGGTTTTAAGTTGAAGTCTTTGACTTTGAAGAGCCATACAGTTTTCAGTAACAACTTTCCTGTTGCTTACATATTATAAAACACAAATGTGGATTTTTGTATTTTAGTTATGTTTTATAAAGGGATTTATTGGTAACATAGCTTGCATTCCATTTACGTTTTGTATTTTACCTGGCCCTTTTGCAGAAGATGTCCAACATCTTCCTCTCTGCCCTACAAAATAATTATGGTTGTAATTAATCTGAAGTCTTCTAGTTACATTTACTGGTCATCCGGTTGTCTGGTTCCCAGAAGTTTTCTGTTCTTTGATAAACACCTTTAGTCGTTAGTATTTGAGTGCCTCTTGATGGGCACAAACAGTTGGCAGATAGTTCAGGAACCAGCTGACAAACATTCTTACTGCTTAAGTATGTACTGTGCAGCAATGCCACAAATTTATTTTTTATTTTTATTTTCGCAGAGTTCGTGGATGAGAGCTGAAGAGGTTTGTCGTTAAAGGAAGATTTCTGAAGCAGGAGTAGCAGCATGGCTGCCACTACTGTCACTGTGATGCTTATTTCACTATAAAATCCCTCAAACTGCAGGCATCAACAATGGTAGAAGGGAATCCCAGTGAGGGTGATGGCCCTCTTGAACACCTGTGACACAAGGATTGGGAGGTCCCACAGAAGGGTTAGGACACATTTGACTTGCAACACTTGGATGTGCTTCTGCAGGACTGTGCTTTAGTAGATTTCAATAATCTATGGCAAAAGAGTTGGACAATCCAACCAGAAGTATCTTGAGGTCAATGATCTTTGTATAAGGAGAATGATATGCTAGGCTTCTGCTGAAGAATTGCAGACCAAGCAAGGTATCAGAAAGTGTAGTGAAAAAAATACAAGGAGGCACCTGTTCTTGTCACATCTTTTTGGATATATTATATAAAACTTTCAAAAGATACTTTTAAAGTGTTAATTGAGTCTTTCTAAGATTTTATTTCTACTAGCCAGTGTAACCATTCTATGCAAAGCAGATTTTGATGATATTTGTGTGTTTTAGGATACTATTCAGTATTAGAAACTCTGTTACATTATGGAAGCATGTTTTTTGTCATCTGGTGTTAAAGGCATTCAGAGATACTTCTTGATAAATATCAAGGGCATCATTGGGAAGATACTTATTCTTATTGCATTGTTTTTTCTTGGGGTTGCAGATATGACACTGTATAAAAGAAAACGTGTTCCTTGCATGGGAAAATTTCTTTTTCTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGTTGTCAAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTCGGCTTACTGCAACCTACACCTCTTGGGTTCAAGTGATTCTCCAGCCTCAGCTTCCCAAGTAGTTGGGATTACAAGCATGCATCACCACACCTGGATAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTGCACCATGTTGGTCAGGCTGCTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTGGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACACCCAGTGGAGAATATCATTTCTAAACAAGTATTTATTTAATTGTTATGTTAGCTAAATGCCTCATTTTGGAAGATAATTCGAAGTTATCTTGTTAGTGTTTTCCTTAAATCAATTGATTTTTATGATTTTAAAAAAGTTTCCTGGTAGTGTGCCTCTTATTTTAGCTCCTTCCCATGAATAATGTATTTGAGCTAGCTGTTTTAAAAATTTTAATACATACCTTTCAAGGTGCCTTTCATAGAATGATTTTTCACATTTATTTCTTGGGTGAACTTTTTATTTTTTTTTTTGAGGCAGAGTCTCACTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTATGATCTCCACCTCCTGGGTTCAAACGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGCGTTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCTTGACCTCAAATGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCTTGGGTGAACATTTTCTTGATATATGGTGTTTCCAAAAGAGTGAGTTATCTTTCACCAGTATTAATGAAAAGACTTCATCTTGGAGAAACTAGCTATGTTATTTATTTTAAATAAATACCTTTGTTACTTAATAACAGTGTTTGGACTTTTAAGATGTAATACATATTTGAGAATTTGGAAAATATTGAAATAAAAAAGAAAATAAAAGGTGCTTAAAATTCCGCCGCAGTTAAGATTTTGGTGTATCTCCATTCCAGATATCTACATGTGCTCTCCTCCCTGCCTCTTCAAAAACAACAGCAACAAACTCAAACAGATATACAGTTTTGTGTTTAGTATTTTCTATAGATACTGTTTTCTGGAGAAAGATTGTATTATTTATCAATAAACCTTTTCCTTCTGCAAAGAAATGCCCATTCAAGACTATTTGTGTGTATGTGTTTTAATAAGTGTGACATGTATTGAAGTGTTTGCCATGGTATGTGTTTTTAATTTCCTTTCTTGATGTACAGTTAGCCCACTATATTTGTGGATTCTACATCCATGGAGTCAACTAACCATGGCTTTAAAATATTTGATAAAAATGTATGGTTTCATCTGTACTGAATATCTATAGCCTTTTTTCCTTGTCATTAGTCCCTAAAAGATACAGTATAAAAACCATTCACATAGCATTTATATTCTATTAGGTATTATAAGTAATTTAGAGATTAAAGTATATGGAAAGATGTGTGTAGGCTATATGGAATATTACACAGTTTTATATAAGGGACTTAAACATCTATGCATTTTGGTATCTGGGAGTTTTGGGGGGTCCTAGAAACAATTCCCCATGGGTACCAAAGGACAACTGTAATTGGTTATCCAGTTTGTTATAAGATACTGATAGTCATTGTTTCTGAAGTTTATCTTGTTAATTCTTGGATTACTGTTTCAGCTTATTCACAGACTCTAGAATTCACAATATATTTTAACTCTTTTGGTAGAAATGGCAGCTTGTAAGACATAGTATTAAATGCAATTTGATTGCTGTTAATGAAATTAATGTACTGTCGTGTTCTTTCTCCAAAAGAGAGATAGATGGAATCTTATTTTTTTTTCTCCATCATTCTGTATCACTCTGGCTCAGCTCCATACGCTTAACCTTTCTATAAAGAATTTTTTGAAGCCTTGCCAGATGCTTTAGAATTTGCCAAGTTCTTTGACTTTTTTTGATATGGCCTTCTGATGTGACAAGCTGGCTGATCTGACATAAAGAATGTGAAAAAGAAGAGATGAGAAAGGGGAAAAAAGAATAAATATGGCTGGGGTTTAACTACCAATGTATGCAAAATTACATACAGGTGTTCTCCTGTTTTCACATACAGTGCTTTCTTAAAAATACGCTTAAGTCCGGGAGTAGCCAGAAAGAGTCATGGCCCAAAACCCCCTAACAGCAGTTAGTGTGGCATCTCCACAGTGGGGAATGTTGTAGGAGTTATTAAGAAATTATTTTAGGCATATAGAGATGAAAAGGGATCCTTGGGAAATTTTCATTTTTTAAAGCATCTCTGGAAAAGTTTCTTGTAAAGCCCCAGCTCTTAGAGCCAGGCCAGCAACCTATAATATACAAATGGTAGCCATTAGAAACCGGGTCCACCCAACATGGCAATTCCCAGGGCCTTCTTGCCCTTGCCCCACATGTTCCTGGCAACATGGCTGCCCACACATATCCTTGCGTGTGGAGAGCATCATGGTGCCCTGCATTTGCATATGAAAAGCTAGGGTGGGAGGGCCAGCTTTTTCCACCTGCTACGTGAATTGCATGCCTAGTCAAACCCATCCCATGAGCCCTATGCAAATCAGACATCACGTCCTCCAGCCTCTGCATATATACCTGGTTAGTATGCATGGCAGGTGGTGTTCTGTCTCTTGGCTTTGGAGCCCCTCTCCCTCTGTCTCTGTATGGGGAGCCGCTTTTTTTTTGCCCTTGTTTCTTGCCTATTAAACTCCCTGCTCCTTAAAACAAAACTAAATATACACTGAAGTTAAATGTATAAAAATCAGACAGTAGACTTTATATTTCATTTAGGAGTAGGAAGTGGAGAATACCCAGAGAACTAAAAGTAGTTTAAAGTCTCTATTTACACTTGACCTTGTAGGCATAGTCTTCAATGACATATTTCTAGCATATTCTTTGGTTCTGTTTTCCTCTATAAACACTTGAATTATTGGGCTAAATCCAGTAACTATCCAGCTGAGGCTGAACCTTTCTGTTTTTAGCTTATCTAATGATTCCCTCTCATCCATCCCCAAGCACATTCAACTTAATATTTGCTGGAGTACAGGCTGTATGTTCTCTCTTGTATTTCTGGCACCTAGACTAATACTTGGTATGCAGAAGGTGCTCAAATAATATTTGTTGAATGAATGAGTTTATTGTCTTAATTATATAAGTTTTGAGGCCTACAGTTCTTATTAGCATCAATCTTTTGCTGCTTTTTTAATTTTTACTCATATAAGATTAAAATGGGGATAGCATGGTAAAATAATGAAGAAATTTTGGGAACATTATGATATAAATATGGTGCTACTGCAGAAGTTGAACTTTAGACTGGCAGGTAGGATTTCTGTATAGTTGTTAAAAGTTAAAACTGTTAATTTGGCATTGAGAAGGCACTTTAGGGTAATCATTGGTTAATGGGTATAAATGTGGCATTCGGAAGTTTTTGAATGTGTTAGACTGTGTGTGCTTGTACAAGAAAAAGTGGCAGAATATGTGAATAAAACAAAGGAAAACAGAAGACCTCATACTTTAACAGACTCTTCTGTTATAGGGAGTATTCCTGTTTCAAGCAAGTTACAAATATTGTATTCCTAGACTAATACAGTTCAAGAAGTACTTTGAATTCACTTTATCTAAAGTGAGGGATTTATTAATGTTCACAGCATTCTTCTTATCTGTACTTCCCAATGTGACACATTGAAAATATTTTTTTAACCCTTCACATTTCACCTTGTTTTCTTTGTCAACCTATGCGTGGGCTGAGAGATTTGGAGAATCTTTGGTGCTTCAAGCTCACAAGTTTGTGATGATCTGATGCTTCTTTTGGAACCAAGAAGTAGAATAACTTCTGGAGAAGTGTTGGATTTAGAGTACTTCTTCACTTTAAGGAAAGAATATGAGCTATACACACAAATACACACACATATGTATATACATATATATGTATATATGTATGTATAAAAGTAGTCACTAGAGTGGCCTAATACCAATAGAATAGATAAGAATAAGACCATTTCAGCATTCATTCTGGGAACCCAACACTTATAGCACAACAACATTGAGTAAAAATACTGGTAGCTCTTTATGTTACTGACTGTATTGCTAAAGCCAGTATTTGCCTTATTCTATGGTTCTGTATCTAGCCCCTGAGGCTGAGGGAAGTGAAGAGAGAACTTGGAGACTTGGCCAAAACCTTGTTTGTGAGAGTGTGTTGGGAAGATTCAGATACCAATATCATTTTAGTAAATTATCTTAGGATACATTCAATTTCTTGTATATTTTGAAGCCTAGAAATATCTATAAATAAATACAGTTTATTTTGTGAACTTAAATTAGTTCAATATCTTTATCACCATGTTTAAATGTCAGAGTTGTGAGAAGCAAATATTTGAAAGATAGCTTTTTTTTTTTTTAAAGTAAAAGGAATTCCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCGGTGGTGCAATGGCTCACTGCAACCTCCACCTGCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCGAGTAGCTAGGATTACAGGTGTGCACCACCATGCCCTGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGCTGGCCAGTCTGGTCTTGAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGGAGCCACTGTGCCCGGCCCTCTTGCCCTTCTTCATTCTTAAGATGCTCAGATCCTAGTTGCAGCTCCTAAATCATAGTTCTCTTCTGGTCTCCAGTATGTATGCTGGTGGTGCTTAGTGTTGAACTTTATCTGTATATATTTGAAAACCCTCCTCAGATTTGAACTTAAGTTTCCATGAAGTGAAATGTACCCCATTATTAATTTCAAAGTAAAAAATTCTGTTAATTTACTTCTTAAGCGATATTTCTTCAATATTTCCCTTCTTGGACTTCACATTGATGATAGTTTTTAGGTTGTAATAATTTAGAGTTTGGATGGTCTACATTTACCATCTACAGTTGTTTACTCCCTCTTTTTTTAATGCACAAGTGATGAAAATGTTGTCATGTAATATCTAAACAATGATAAATACTTAGACTATATATAAAAATATATATTCTGCCAAAGAAAATTGTCATGGAAAATTGTAGATTCAAGAGTTAGGAGAGAAGGATATCAGAATGCAATTAAAACCTTTGCCTAATGGTATTTCCTTTTTTATTCTTTTAG
Seq C2 exon
GTAAGCAGAATTTTGTACAGTTTCTGTACAGCATTCAAACGTTCTTCCAGACAAGTGTCTGATGTTAAAGACTCAGTTATTCCTACCCCCGACAGTGATGTGTTTACCTTCAGTGTCTCCTTGGAGGTAAAAGAAGACGATGGAAAAGGAAACTTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000152061-RABGAP1L:NM_014857:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.057
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064018=PID=FE(46.4=100)
A:
NA
C2:
PF0064018=PID=PD(13.6=32.1),PF124733=DUF3694=PU(1.5=3.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)