MmuINT0130815 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026721 | Rabgap1l
Description
RAB GTPase activating protein 1-like [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1352507]
Coordinates
chr1:162654163-162663834:-
Coord C1 exon
chr1:162663660-162663834
Coord A exon
chr1:162654321-162663659
Coord C2 exon
chr1:162654163-162654320
Length
9339 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTAAGT
5' ss Score
9.07
3' ss Seq
AGATCCTTTTCATGTTTTAGGTA
3' ss Score
9.46
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCATAGACCAGTCAAGCAATGTGGAGATAGCATCTTTTCCAATTTATAAAGTGCTTTTCTGTGCACGTGGGCATGATGGGACAGCCGAGAGCAATTGCTTTGCATTTACAGAGAGTTCTCATGGCTCAGAAGAATTTCAGATACATGTTTTCTCCTGTGAAATTAAAGAGGCA
Seq A exon
GTAAGTATCATACAATGCAGCAATTTTCTACAGGATTGAATTAGGATAATATTTTTGAACTTTTGATTTTCCTGTCATAGAAAGACAGTATGTAAACTTGGATACTTTAGAGACCATGTTAATATTTGCAAGTAGTATGGAATTGAATATAGAACACTAAATAAGCCTGCTATATTGTGCATGAACATGCATGATATTGTAGGTACAACAGGTGTAATAGAAAATACCATTTGGTAAATTGTCCTTCTACCCTATGGTTACTGTACTATTTGTTTAGACTCTGAAACGATGATTATTTTTGTGCCTGTTATTATTTTACTTAAGTTCAGTAGTTCAAGTGGTTTTTAAAGATGTCTCTAGTACTCCCTGATTCTTTGCTGGGTCTGATAGTTGTTTAATGCTGTCACTTGTGTATCATACACACAGTGTTTCTTAGATCTGCTCATGGCACTGCTGATACTTTTTATCACTTTAAGCTTTGAGTTCATTCCTTTTTTTTTGGTTTTTCAAGACAAGGTTTCTCTGTGCGGCCCTGCTTGTCTTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCAGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCCGGCTTGAGTTCATTCTAAGTTGGCTTAGCTTAACATACAAATGTTCACACAGAGTTAGGGAACTTGGAATCCTTTAAAGATGTCAGTATATTCTTAGCAATTACTGTTAACTAGTGGTTTATTCTTTCATTGGAGTAATAGTTCAGAATCAAATGCTTGCATATACTCTCTTTTCTGAGTTTATTGACTTGTCCCCCCTCAAATTATATTAATTTAGTACTTGAAGCTATTTCAAAGGCTTTGAAAAGGAAGTTTGTACTTAGGAGGTAGAGGCAGATGGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTTACAGAGCAAGTTTTAGGACAGCTCGGGCTACACGGAGAAAACCTGTCTTAAAACACAACACAACACAACACAACACAGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACCCTCCAAGATCAACCAACCAAACAGAAAACAAAGAAAAGTGGGTTTGTGTGGGCAAATTTTCAGGTATGCTTGCTTTGGAAATTTAAATTGTCAATAGAAAATGCTGGAAGCAGCACCATTCTAGTCTTTATTTACCATGCAGGATGAACACATAGTTTTAATTATAGATGTTTTTATGACTACAACATGAGATCTTTCATTGAAATGTAGATCTTTGTGAGTTTAACATCAAGTACGATTAGCATGCTATTTCTTTGCTTTGGCAATTATTTTGCTTTGCACTAAAATGAACATGTTTGACAGCACATAATTTATACTGTAACTATAGAAATTTTCTGCCAGAATTCATGCCTTACATAGACTTCAAGTTGTGCTAATTTTTCAGATACGGCCAGTGTATCAGCCTGAACTGTATACTGACTTCTTTCTGAAAAGCTGTGATTGGAGAGAGTGAATGGGTCCACGTGTGCTGTCAGCATACTTGGTGTGTGGTAGTCATGAATGGAAGCATGTTGAAACAGTGCATGGGTTTTTGTGAACGTAGGACTATTTCTGGTCATTACGTGCTTCACTGCAGACATGGGGAAACAAATTGGTAGAGTCCTGGCACTTCATGTTGACAGCTGTCACTTAATATACCTGTATGGTTACCGGATCACTGGAGCTGAACAGTAAGGAGAACTCTGAAGAACTCAAGAACCTGCTGCTGTGAGATGGAAGTGCTGTCCTAGGAGGAAACGGAAAGGGAACCTTCTGCAAGCATTTCTGTAACTGATGGTATGTACCTTTCCTTTGGAATTACAGAATCTATTTATTTATGAATGGAGGAGTTGTTTATTGTTTAAGCGCTTTTAACAGTGGGTGAACAAAGGGGGGGGAATGGAAAATTCTTGACATAATTTTGTGGGTACTACTATTTATGACATTTCTAGGCAGTGTATTGCTGGTTGTGGGAAAGTAATTTCCATGAATAATTTTTTTTTGTAAGATTTATTTAATTATTTCATGTATGTGAATACACTGTCGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCCGATCCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGGTTGCTAGGAACTGAACTGAGGACCTCTGGAAGAGTAGTCAGTGCTTTTAACCACTAAGTCATCTCTCTAGCCCTATAAATTTTTAAAAAATACATGTTTTAGAGTGTTTTATTGTCAGTCACTATTGGTCAGAATATATTGTTTGAAAAAGGAGGTACACGGCATGGCCATTAAACCTTATTAAAGAGGGAACATTCCTAAATGTTGAGTAACCCACTATATAGAGAGCTTATGTCAGACACTATATGGAGCTTCTATTTGATTGATCCTAATAACATCCCATGGTATGGATAGGATTTATTTAATCAACTGACCTTATGTTTCTATTTGCCTGGAGCAACCTTAACTTGTGCCTGTTGTCTTATATTATTAATACCATTACATTTATTTTAAAAAATGTTCTGGTTTAGATGATAGTTTGTGTGATTCCTCTACCCATGTGTACAAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACACGGGGAGGGGGGGCGGGGAGGGGAAGGGAGTGGGACAACAGACAGGCAGAAAGACACACTGACACATAATATAAAGATCAAATTAAAAATATTAAAAAATAAATTTAAGCTTTTGTTTTTCATTGTTTCTTTGTAAGTGGGTTTATTAACTGCATAGCTTACATTTCAGTTATGTTTGTGGTTTACTCAAACATACTATGTAGTCTTTTCAGCATCTGTCAATATCTTCCTCACCTCATCAAAAATAAACTATAATTATACTTTGGGTTAATCTGAAATATTTTAGTTACATTTACTGGTCATCTGATTATTTTGTTTTCCAATTTTTCTGTTTTGTGGTGAAGGGATACCTTCTTGGTGGGCACAAGTAGCTTAGGGACTAAAGGACAGACAGACCATTCTTGTCATTTATGTACATTATATGGCAATGCCATTAATTAATTTTTCTTCTTAGAGTCCCTGGATGGTACTGGAAGGTTTTTCTACTAAAGGCAAGAAGACATTTTCTCAAGCAGTAACAGATGGCCCATGATGCTCTTATTTCACCGTGAATTCATCTCTTCAAGCAGCAGATAATGACAGTGGGAGAGGGAAAGCTCAGCCAGCGTGGGTGATGACTCTCTTGGACACTGTGATAACTGGATACATTTGGCTTTTTGACCTTGCAAACTTCTGTAACCCTATTGGACTGGATCTTTGTAATACATTGCAAAATAGTTGGGCAGTCCAACCAAATGTATCTTAATGTCTGTAATCTTTGTACAGGGAGAGTGATGTAAGGCTTCTGTTTAGGTATTGCAGACAAAAACGTAAAGACAGATAAGGAGGTAATCATGTCTCTTGTGTCTTTGTGGTACACGTAGCTTTAAAAGAATACTTTAAGGAATTTAGGTTATATTAAGATCTGTAAAAGTAACTTTTTCCCTATTTCAGTTGTGTCCTAGTCTTACTGCTTTGCTCTGTTGATCTAGGCTTCATCCTGGAAGCTTCTAGCCCCTGTACAATCTAATCTAGGCCGAATCTTTCCAGCTCTGAGACCTACTGCTGAATAAGCTTACCCCTTCCTAGTTCTCGCTGAACTCTGGTGGCCAGTCCGACTCAACTGTTCTGGCTCAAAATCCTCTCCTAGCTGATTCACTCCAACTGGGTTCTCTTAGCTTCTCTGAATTGCACTGCTTGGCCTCAAACTAACTCTGGCAGTATGTTCTGACCTTCTGGCTTCTCATTTTTCTGGCTTGTTCTGTCTTCACCTGTGTCTAGATTGTTCTCTCTCTGCAACTTGTCTCTGTACAACTCTCCCTGTAAAAACTGCCTCCTTCCTTCTTCTCTCTGCCTGCACTGCTCTCCTGTGTCTAGATTGTTCTCTCTCTGCAACTTGTCTCTGTACAACTCTCCCTGTAAAAACTGCCTCCTTCCTTCTTCTCTCTGCCTGCACTGCTCTCTTAAATATCTTCCTTTTCCCTTCTCTTTCCCTGGGAGTTGAGCATATCCTATTCTGTCACATCTTTCTCTGATTCATCAGTTTGTCTGCCACTCAATTAGACATCACTTTCAAACAGGGTGCTTCCTTCTACAAACTAACTTTACCTTCATTGTTTGGGATTTAAGTTATATACTAAAGGCATGTCTGTATTCCAGCCAGAGGGATTAAAGGTGTGTGCTAAGGGTGAGCCACACTACAACTAGAAACACAATCTTGGGATTCACAAGGTAAACACAAATATCCTGCAACAAAGCTTCCCTCACCCCTCATTTGTGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTTATGTGCACCTGTAAGTATTTATTTGTGTCTGTGTGTGTATGAAGGTGTGCATGTACCTATAGTCTCCCGAGTTTAGGATTTACAAGACTGAACCACCATGCCCTTCTGGACAGTAATTTTTTCTTTATTTTTTCTTTTTCTCTTCTTTTTTCTCCTTTTTCCTTCTCCTTCCCCTTCCCCCCTCCCCCTCCCCTCCTCCTCCCCTTCCCCTCCCCTCCCCTTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTGAGACAAGGGTTCTTTGTGCATTCCTGGCTGTCCTGGAACTTGATCTATTGGACAAGATGGCCCAGAACTCAGAGATCTGCCTGCCTTTGGCTCCTGAATGTTGGGATTAAAGGCAATACTGCCTGGCCAGTATTATTTTTTTAAACTATTTTGGTTATTTTTAATGATAATGCATTCAAGCAAGTTGTTCACTTAAAAAAATTA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Seq C2 exon
GTAAGCAGAATTTTATATAGTTTCTGCACTGCATTCAAACGTTCTTCCAGACAAGTGTCTGATGTTAAAGACTCAGTCATCCCGACTCCCGACAGTGATGTGTTTACCTTCAGTGTTTCCTTGGAGGTCAAAGAAGATGATGGAAAAGGAAACTTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026721-Rabgap1l:NM_013862:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.075
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064018=PID=FE(46.4=100)
A:
NA
C2:
PF0064018=PID=PD(13.6=32.1),PF124733=DUF3694=PU(1.5=3.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: