HsaINT0136417 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000152061 | RABGAP1L
Description
RAB GTPase activating protein 1 like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24663]
Coordinates
chr1:174241483-174250632:+
Coord C1 exon
chr1:174241483-174241657
Coord A exon
chr1:174241658-174250474
Coord C2 exon
chr1:174250475-174250632
Length
8817 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTAAGT
5' ss Score
9.07
3' ss Seq
TTCCTTTTTTATTCTTTTAGGTA
3' ss Score
11.64
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTATAGACCAATCCAGCAATGTGGAGATAGCATCTTTTCCAATCTATAAGGTGTTATTCTGTGCACGTGGACATGACGGAACAACAGAGAGCAATTGCTTTGCATTTACAGAGAGTTCCCATGGTTCGGAAGAATTTCAGATACATGTTTTCTCCTGTGAAATTAAAGAGGCA
Seq A exon
GTAAGTATAATATAGTATAGCAATTTGCTATAGAGATGAATTAGGGTAATATTTTTGAGCTCTAATTTCACTGTTGTATAAATATGTTACATAAATTTGGAGTATGTTTCTAAAGACAAAATTAATATTTGTAATGACATAGAACTGAATGTGGAAAGCCAAGTCTGGTATATCTGCATAGGTAGGGCACTCTCACAGCTTAGCAGTTGTCGTAGAAAAATACAACTGGATGAGTTGCCTTTCCACCTTACCATGGTAGTAAATTGCTTATGCTCAGAAGGGAGACTATTTTTGCAGCTCTCTTATTATTTTGCCCTAGTAGATTGGTCCATGTGATTTTAAAAAGTGCCTATAACGATACCTGTTTCTCTGATGGGCTTGATAGTTGCATATTGCTTTCATTTAGATATTGCATTAAGATTATTTTATCAATCTCTGTGGTTTTCATTGATGATTATTTGTTTTGTGCTTTCTTGCTCAGAGGCTATATTTTGCTCCAGAGAACTGGCTTAAATAAAATTACAAATGCTCACTTAAAGCAGGTATAACAACTTGTAGTCCTTTGAAAATGCTAGTAAGTTTTTTTATAGAAATTACTAATTGGTAGATTATTGTTAGGAGAAATGGTTTAGATTAAATGCAGTTAATTACATAGGGAAATCTTTTCTACATCTATTGAATTATCCCCAATTTTAAAATGTTGCACTGTTAGACACTTAGTACTTAAAACCATTTCAAAGGCATTCATAAATGGGTGTGGATGGCAATGTCTCAGGTATGTTTGCTTGTGACAAAATAAATTATCAGCAGAAAATGCTGAAAGCAATAGTTATTCTAGCCTCTATCATGAAACATGAATAAATCATTCTATTAACAGGAGTTTTGAGTTTATTTCTGGCGACAAAATGGGAATTAATGGAAATATGGATTTCTGTGAGTTTGATACAAAGCATGATGGCTATGTCAGTTCTTGTGCCCTGGTGATCAGTTTGCTTTACACTAAACTGAACATGCACAGACACATATAATTTAGATTGTAACTGTAGAAATTCTCTATCAGAACCCATGCCTTCTGAAAGAAGTTGAAGTTTTGTGTTTTGTTTTTTAGATAAGGCTTTATCTATTTTTTTCCCAGCACTTACATATCTATGTGTATACTGACTTCTTGTTCAAAATGGTCTGATAGACAGGAGAGTGAATGAGTATAAGTATGCTGCTAGTGTGCCTAGCATATAGTAGACAGTGAATATAAATATGCTGAAGGAATATGTATGTTTCTGTGAATGAGGGGGGCTATTTCTGATCCTTACGAACTCCACTACAGAGGTGGGGAAGCAGATGGTAGAATCCTGGCATTTCATGTTGGCAGCCATCATTTAACCCACCTGTGTGATTTCCGAATCACTGGAGCTCAACAGCAAGGAAATGAGCTTTGAAGACCTGGAAAATCTGCTGCTTGGAGAGAGAGAAATGCTGCTGCAGAAGGATACTGAATTGCTGCAAGAAGTTTCCATAACTAATGGTATGAAACTGTCTTTTGGATTGTAGCATTCACTTGGGTTTAGAGTAGGGGAAGTGTTTATTTTTGAGAGCTTATCATGGTAGGTAAGTAGTGGAAGAAACCCTGGGAAGTTCTTGGCCAGACCATTTTGGATATAGTATTAAATAAATGCTGTTTCTATAGAGCATATTTTTTCCATTGCACGTTGTAAGAAAGTTATCTCCATCTATTATTTAATTTTTTGAGTGCATTTTAGAAAGTATTACATTATGGGGGCATTAGTGGTAAAATATATTGTTTGAAGGAGAAATACATGACAGTGGTCATTAAACCTTATTATGAGACATTATTTCTTTTTAAAAAAAATTTTAAAAATCCTCCTCCAGGTAATGAATGACACATCAGTTCTAAATGAGGAATAACCCAATATAAATAGAGAGCTTATGCCAGGCACTGTGCTAAGCGTTCATTTGATACTCATAACAGCCCGTGACCAGGTTGGACTTATTAGACAAGTGACTTTATGTTTCTCTTTGCCTGGAGCAGTTCTATTTTATGCTTATTGTCCAGGTTTTTACTAATACCCTCATTTTTATTCTCAAAAGTGTTGTGGTTTGGATGATAAATTGTTTGGTTACCCTTTGTTTATCCTGTGGCTAAGAGACTGGGTGATAGAGCTGGGTTTTAAGTTGAAGTCTTTGACTTTGAAGAGCCATACAGTTTTCAGTAACAACTTTCCTGTTGCTTACATATTATAAAACACAAATGTGGATTTTTGTATTTTAGTTATGTTTTATAAAGGGATTTATTGGTAACATAGCTTGCATTCCATTTACGTTTTGTATTTTACCTGGCCCTTTTGCAGAAGATGTCCAACATCTTCCTCTCTGCCCTACAAAATAATTATGGTTGTAATTAATCTGAAGTCTTCTAGTTACATTTACTGGTCATCCGGTTGTCTGGTTCCCAGAAGTTTTCTGTTCTTTGATAAACACCTTTAGTCGTTAGTATTTGAGTGCCTCTTGATGGGCACAAACAGTTGGCAGATAGTTCAGGAACCAGCTGACAAACATTCTTACTGCTTAAGTATGTACTGTGCAGCAATGCCACAAATTTATTTTTTATTTTTATTTTCGCAGAGTTCGTGGATGAGAGCTGAAGAGGTTTGTCGTTAAAGGAAGATTTCTGAAGCAGGAGTAGCAGCATGGCTGCCACTACTGTCACTGTGATGCTTATTTCACTATAAAATCCCTCAAACTGCAGGCATCAACAATGGTAGAAGGGAATCCCAGTGAGGGTGATGGCCCTCTTGAACACCTGTGACACAAGGATTGGGAGGTCCCACAGAAGGGTTAGGACACATTTGACTTGCAACACTTGGATGTGCTTCTGCAGGACTGTGCTTTAGTAGATTTCAATAATCTATGGCAAAAGAGTTGGACAATCCAACCAGAAGTATCTTGAGGTCAATGATCTTTGTATAAGGAGAATGATATGCTAGGCTTCTGCTGAAGAATTGCAGACCAAGCAAGGTATCAGAAAGTGTAGTGAAAAAAATACAAGGAGGCACCTGTTCTTGTCACATCTTTTTGGATATATTATATAAAACTTTCAAAAGATACTTTTAAAGTGTTAATTGAGTCTTTCTAAGATTTTATTTCTACTAGCCAGTGTAACCATTCTATGCAAAGCAGATTTTGATGATATTTGTGTGTTTTAGGATACTATTCAGTATTAGAAACTCTGTTACATTATGGAAGCATGTTTTTTGTCATCTGGTGTTAAAGGCATTCAGAGATACTTCTTGATAAATATCAAGGGCATCATTGGGAAGATACTTATTCTTATTGCATTGTTTTTTCTTGGGGTTGCAGATATGACACTGTATAAAAGAAAACGTGTTCCTTGCATGGGAAAATTTCTTTTTCTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGTTGTCAAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTCGGCTTACTGCAACCTACACCTCTTGGGTTCAAGTGATTCTCCAGCCTCAGCTTCCCAAGTAGTTGGGATTACAAGCATGCATCACCACACCTGGATAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTGCACCATGTTGGTCAGGCTGCTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTGGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACACCCAGTGGAGAATATCATTTCTAAACAAGTATTTATTTAATTGTTATGTTAGCTAAATGCCTCATTTTGGAAGATAATTCGAAGTTATCTTGTTAGTGTTTTCCTTAAATCAATTGATTTTTATGATTTTAAAAAAGTTTCCTGGTAGTGTGCCTCTTATTTTAGCTCCTTCCCATGAATAATGTATTTGAGCTAGCTGTTTTAAAAATTTTAATACATACCTTTCAAGGTGCCTTTCATAGAATGATTTTTCACATTTATTTCTTGGGTGAACTTTTTATTTTTTTTTTTGAGGCAGAGTCTCACTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTATGATCTCCACCTCCTGGGTTCAAACGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGCGTTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCTTGACCTCAAATGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCTTGGGTGAACATTTTCTTGATATATGGTGTTTCCAAAAGAGTGAGTTATCTTTCACCAGTATTAATGAAAAGACTTCATCTTGGAGAAACTAGCTATGTTATTTATTTTAAATAAATACCTTTGTTACTTAATAACAGTGTTTGGACTTTTAAGATGTAATACATATTTGAGAATTTGGAAAATATTGAAATAAAAAAGAAAATAAAAGGTGCTTAAAATTCCGCCGCAGTTAAGATTTTGGTGTATCTCCATTCCAGATATCTACATGTGCTCTCCTCCCTGCCTCTTCAAAAACAACAGCAACAAACTCAAACAGATATACAGTTTTGTGTTTAGTATTTTCTATAGATACTGTTTTCTGGAGAAAGATTGTATTATTTATCAATAAACCTTTTCCTTCTGCAAAGAAATGCCCATTCAAGACTATTTGTGTGTATGTGTTTTAATAAGTGTGACATGTATTGAAGTGTTTGCCATGGTATGTGTTTTTAATTTCCTTTCTTGATGTACAGTTAGCCCACTATATTTGTGGATTCTACATCCATGGAGTCAACTAACCATGGCTTTAAAATATTTGATAAAAATGTATGGTTTCATCTGTACTGAATATCTATAGCCTTTTTTCCTTGTCATTAGTCCCTAAAAGATACAGTATAAAAACCATTCACATAGCATTTATATTCTATTAGGTATTATAAGTAATTTAGAGATTAAAGTATATGGAAAGATGTGTGTAGGCTATATGGAATATTACACAGTTTTATATAAGGGACTTAAACATCTATGCATTTTGGTATCTGGGAGTTTTGGGGGGTCCTAGAAACAATTCCCCATGGGTACCAAAGGACAACTGTAATTGGTTATCCAGTTTGTTATAAGATACTGATAGTCATTGTTTCTGAAGTTTATCTTGTTAATTCTTGGATTACTGTTTCAGCTTATTCACAGACTCTAGAATTCACAATATATTTTAACTCTTTTGGTAGAAATGGCAGCTTGTAAGACATAGTATTAAATGCAATTTGATTGCTGTTAATGAAATTAATGTACTGTCGTGTTCTTTCTCCAAAAGAGAGATAGATGGAATCTTATTTTTTTTTCTCCATCATTCTGTATCACTCTGGCTCAGCTCCATACGCTTAACCTTTCTATAAAGAATTTTTTGAAGCCTTGCCAGATGCTTTAGAATTTGCCAAGTTCTTTGACTTTTTTTGATATGGCCTTCTGATGTGACAAGCTGGCTGATCTGACATAAAGAATGTGAAAAAGAAGAGATGAGAAAGGGGAAAAAAGAATAAATATGGCTGGGGTTTAACTACCAATGTATGCAAAATTACATACAGGTGTTCTCCTGTTTTCACATACAGTGCTTTCTTAAAAATACGCTTAAGTCCGGGAGTAGCCAGAAAGAGTCATGGCCCAAAACCCCCTAACAGCAGTTAGTGTGGCATCTCCACAGTGGGGAATGTTGTAGGAGTTATTAAGAAATTATTTTAGGCATATAGAGATGAAAAGGGATCCTTGGGAAATTTTCATTTTTTAAAGCATCTCTGGAAAAGTTTCTTGTAAAGCCCCAGCTCTTAGAGCCAGGCCAGCAACCTATAATATACAAATGGTAGCCATTAGAAACCGGGTCCACCCAACATGGCAATTCCCAGGGCCTTCTTGCCCTTGCCCCACATGTTCCTGGCAACATGGCTGCCCACACATATCCTTGCGTGTGGAGAGCATCATGGTGCCCTGCATTTGCATATGAAAAGCTAGGGTGGGAGGGCCAGCTTTTTCCACCTGCTACGTGAATTGCATGCCTAGTCAAACCCATCCCATGAGCCCTATGCAAATCAGACATCACGTCCTCCAGCCTCTGCATATATACCTGGTTAGTATGCATGGCAGGTGGTGTTCTGTCTCTTGGCTTTGGAGCCCCTCTCCCTCTGTCTCTGTATGGGGAGCCGCTTTTTTTTTGCCCTTGTTTCTTGCCTATTAAACTCCCTGCTCCTTAAAACAAAACTAAATATACACTGAAGTTAAATGTATAAAAATCAGACAGTAGACTTTATATTTCATTTAGGAGTAGGAAGTGGAGAATACCCAGAGAACTAAAAGTAGTTTAAAGTCTCTATTTACACTTGACCTTGTAGGCATAGTCTTCAATGACATATTTCTAGCATATTCTTTGGTTCTGTTTTCCTCTATAAACACTTGAATTATTGGGCTAAATCCAGTAACTATCCAGCTGAGGCTGAACCTTTCTGTTTTTAGCTTATCTAATGATTCCCTCTCATCCATCCCCAAGCACATTCAACTTAATATTTGCTGGAGTACAGGCTGTATGTTCTCTCTTGTATTTCTGGCACCTAGACTAATACTTGGTATGCAGAAGGTGCTCAAATAATATTTGTTGAATGAATGAGTTTATTGTCTTAATTATATAAGTTTTGAGGCCTACAGTTCTTATTAGCATCAATCTTTTGCTGCTTTTTTAATTTTTACTCATATAAGATTAAAATGGGGATAGCATGGTAAAATAATGAAGAAATTTTGGGAACATTATGATATAAATATGGTGCTACTGCAGAAGTTGAACTTTAGACTGGCAGGTAGGATTTCTGTATAGTTGTTAAAAGTTAAAACTGTTAATTTGGCATTGAGAAGGCACTTTAGGGTAATCATTGGTTAATGGGTATAAATGTGGCATTCGGAAGTTTTTGAATGTGTTAGACTGTGTGTGCTTGTACAAGAAAAAGTGGCAGAATATGTGAATAAAACAAAGGAAAACAGAAGACCTCATACTTTAACAGACTCTTCTGTTATAGGGAGTATTCCTGTTTCAAGCAAGTTACAAATATTGTATTCCTAGACTAATACAGTTCAAGAAGTACTTTGAATTCACTTTATCTAAAGTGAGGGATTTATTAATGTTCACAGCATTCTTCTTATCTGTACTTCCCAATGTGACACATTGAAAATATTTTTTTAACCCTTCACATTTCACCTTGTTTTCTTTGTCAACCTATGCGTGGGCTGAGAGATTTGGAGAATCTTTGGTGCTTCAAGCTCACAAGTTTGTGATGATCTGATGCTTCTTTTGGAACCAAGAAGTAGAATAACTTCTGGAGAAGTGTTGGATTTAGAGTACTTCTTCACTTTAAGGAAAGAATATGAGCTATACACACAAATACACACACATATGTATATACATATATATGTATATATGTATGTATAAAAGTAGTCACTAGAGTGGCCTAATACCAATAGAATAGATAAGAATAAGACCATTTCAGCATTCATTCTGGGAACCCAACACTTATAGCACAACAACATTGAGTAAAAATACTGGTAGCTCTTTATGTTACTGACTGTATTGCTAAAGCCAGTATTTGCCTTATTCTATGGTTCTGTATCTAGCCCCTGAGGCTGAGGGAAGTGAAGAGAGAACTTGGAGACTTGGCCAAAACCTTGTTTGTGAGAGTGTGTTGGGAAGATTCAGATACCAATATCATTTTAGTAAATTATCTTAGGATACATTCAATTTCTTGTATATTTTGAAGCCTAGAAATATCTATAAATAAATACAGTTTATTTTGTGAACTTAAATTAGTTCAATATCTTTATCACCATGTTTAAATGTCAGAGTTGTGAGAAGCAAATATTTGAAAGATAGCTTTTTTTTTTTTTAAAGTAAAAGGAATTCCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCGGTGGTGCAATGGCTCACTGCAACCTCCACCTGCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCGAGTAGCTAGGATTACAGGTGTGCACCACCATGCCCTGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGCTGGCCAGTCTGGTCTTGAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGGAGCCACTGTGCCCGGCCCTCTTGCCCTTCTTCATTCTTAAGATGCTCAGATCCTAGTTGCAGCTCCTAAATCATAGTTCTCTTCTGGTCTCCAGTATGTATGCTGGTGGTGCTTAGTGTTGAACTTTATCTGTATATATTTGAAAACCCTCCTCAGATTTGAACTTAAGTTTCCATGAAGTGAAATGTACCCCATTATTAATTTCAAAGTAAAAAATTCTGTTAATTTACTTCTTAAGCGATATTTCTTCAATATTTCCCTTCTTGGACTTCACATTGATGATAGTTTTTAGGTTGTAATAATTTAGAGTTTGGATGGTCTACATTTACCATCTACAGTTGTTTACTCCCTCTTTTTTTAATGCACAAGTGATGAAAATGTTGTCATGTAATATCTAAACAATGATAAATACTTAGACTATATATAAAAATATATATTCTGCCAAAGAAAATTGTCATGGAAAATTGTAGATTCAAGAGTTAGGAGAGAAGGATATCAGAATGCAATTAAAACCTTTGCCTAATGGTATTTCCTTTTTTATTCTTTTAG
Seq C2 exon
GTAAGCAGAATTTTGTACAGTTTCTGTACAGCATTCAAACGTTCTTCCAGACAAGTGTCTGATGTTAAAGACTCAGTTATTCCTACCCCCGACAGTGATGTGTTTACCTTCAGTGTCTCCTTGGAGGTAAAAGAAGACGATGGAAAAGGAAACTTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000152061:ENST00000251507:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.005 A=NA C2=0.052
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064018=PID=FE(46.4=100)
A:
NA
C2:
PF0064018=PID=PD(13.6=32.1),PF124733=DUF3694=PU(1.5=3.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development