RnoINT0123432 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002736 | Rabgap1l
Description
RAB GTPase activating protein 1-like [Source:RGD Symbol;Acc:1304620]
Coordinates
chr13:78492385-78502304:-
Coord C1 exon
chr13:78502130-78502304
Coord A exon
chr13:78492543-78502129
Coord C2 exon
chr13:78492385-78492542
Length
9587 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTAAGT
5' ss Score
9.07
3' ss Seq
GTTCCCTGTTCATGTTTTAGGTC
3' ss Score
11.42
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCATCGACCAGTCAAGCAATGTGGAGATAGCATCTTTTCCAATTTATAAAGTCTTGTTCTGTGCGCGTGGGCATGATGGGACAACAGAGAGCAATTGCTTTGCATTTACAGAGAGTTCTCATGGTTCAGAAGAGTTTCAGATACACGTTTTCTCCTGTGAAATTAAAGAGGCA
Seq A exon
GTAAGTATGATATGATATAGCAATTTTCTTACAGGATTGAATTGGGATAATATTTTTGAACTCTTTATTTCCCTGTCATAGAAAGAGATGATGTAAACTTGGAGACTGTAGAGACCATGTTAATATTTGCAATAGCATGGAATTGAGTATAGAAAGCTAACTAAGTCTGATTTATTGTGCATAACATGATATTGTAGGTACACCGGGTGTAATAGAAAATACCATTTGGTAAATTGTCCTTCTACCGTATGGTTACTGTAGTGAATTTGTTTATGCTCAGAAATGATGAGTACTTTTGTGCCTGTTATTATTTTGCTCAAGTTCAGTGGCTATAGTCTTTGATTCTTTGCTGGGCTTGATAGTTGTATAATGTTACTTGTGAATTATACACACAGTGTTTCTTAGATCTGTTGATTTCACTGGTGATACTTGTTACCACTTACAGCCTTGAGTTCATTCTTGAGTTGGTCCAGTTTAAAATACAAATGTTCATACAGGGAACCTTTAGTCCTTTGAAGATGTCAGTAAATTATTATTTACAATTATTATTAACTTAGTAGTTATTAGCAATTATTATTAACTAGTAGTTCATTCTTTCATTGGAGTAATAGTTCAGAATCAAATACTTGCAAATACACTATTTTCTGAGTTTATTGTTTTGCCCCTTCCCACCTCAAGTTATATTAATTTAGTCCTTGAAGCATTTCAAAGGCTTTGAAAAGGTATTTTATACTCAGGAGGCAGAGGCGATGGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCCACAGAGTGAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAACACAAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATGCACGCATGCACACACACACACACACACACAAACAACAACAAAAAAAGAAAGTAGGTTTGTGTGGGCAAGTTTTTGGGTGTGCTTGCGTTTGAAACTTATTTTGTCAAAAAAATAAATAAAAGCAATTCTAGTCTTTAGTTACCATGCAGAATGAACACATAATTTTAATTATAGATGTTTTATGATCACAAAAGTGAGATCTTTCACTGAAATGTAGATCTTTGTGAGTTTAACCTCAGGTATGATTGGCTTGCTATTTCTTATGCTCTGGCAATTATTTTGCTTTGCACTAAAATGAACATGTGTGGCAACACATAATTTTTTTTCCCAGAGCTGGGGACTGAACCCAAGGCCTTGTGCTTGCTAGGCAAGTGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCTTGGCAACACATAATTTATACTGTAACTATAGAAATTCTGTGTCAGAATTCATACCTTATACAGACTTCAAGTGGCTAGTATTGGTTTTTTAGATGAAGTCAGTCTGAACTGTGTACTGACTTCTTTCTGAAAAGCTATGATTGGCAAGAGTGAGTGGGTCCGTGTGCTGTTAGTGTACCTGGCATGTGGTAGACATGAATGGAAGCCTGTTGAGACAGTACATGGGTTTTGTGAACATAGGGCTATTTCTGGTCCTCACATGCTCCACACAGATGTGGGAAACAAATTGGTAGAGTCCTGGCATTTCATGTTGACAGCTGTCACTTAATATACCTGTATGGTACGGTGTCACTGGAGCTGAACAGTAAGGAGACAAGCTCTGAAGAATTGAAGACCCACTGCTGTGAGATGAAGTGCTGCTCCAGGAGGAAATGAAAAGGGAACCTTGCTGCAAGGACTTCTGTGACTGATGGTATGTAACTCTGCTTTGGCAGTACAGTATCTATTTATTTATGAATGGAGGAGTTGTTTATTGTTTAAGACCTTTTAACAGTGGGTGACCAAAGGGGAGGGTGGAAAATTCTTGACATAAATTTGGAGATATTACTATTTATGACATTTCTAGACTGTATTGCTGGTTGTGGGAAAGTGATTTTCATGTATAAATTTTTTCCATCTTTATTAAATTGGGTATTTCTTATTTACATTTCAAATGTTATTCCCTTTCCCAGTTCCAGGTCAACATCCCCCTAACTCCTTCCCCTCCCCTTCTCTATGGGTGTTCCCCTCCCCATCCTCCCCCCATTACCGTCCTCCCCCCAATGATCTCGTTCACTGGGGATCCAGCCTTGGCAGGGCCAAGGGCTTCCCCTTCCACTGGTGCTCTTACTAGGCTACTCATTGCTACCTATGCAGTTGGAGCCCAGGGTCAGTCCATGTATAGTTTTTGGGTAGTAGCTTAGTCCCTGGAATAAATTTTTAAAAACACAATTTTAGAGTGTTTTATTGTCAGTCATTGTTGGTCAGAATATATTGTTTGAAAAATGAGTTATACGGCCATGGCCATTAAACTTTATTAAGAGGGAACATTTCTAAATGTCAGGTAACCCAGTATATATAGAGAGCTTATGTCAGGCATTATATGAAGCATCTATTTGATTGATCCTCATAACATCCCATGGTATGGATAGGATTTATTTATTTGTGTTTCTGTTTGCCTGGAACAACCATAACTTGTGCCTACTGTCTTATATTATTAATACCCTTCATTTATTTTTAAAAAGTGTTCTGGTTTAGCTGATAGTTTGTGTGCTTACCTTTTGTTTGACCCAAAAGAAAGAAAATTGACAATAGAGCTGGGCTTCAAATTGAACTATTTAGTTCAGAAAAACTATGTATTTTAAGGAAACAACTTGTTTAAATATTGTAAAAAGCAGAGGCCAGTGAGATGGCTTGGTGGATAATGGTGCTTACTCCTAAGCTAACAACTTCAGTTTGATCCCTGGCACCTACACGGTGGATCTAAAAGGTATCTACCATCTACCCATGTGTGCAAGACAGACAGATGGACAGACAGATGGATGGACTGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGTGTGGGGTGGAGTGGGGGAAGGAGAGGGACAGACAGGCAAACACACTGATACATAATATGATAAAAGATTAAATTAAAATATTGTAAAAAATAAATTTAAGCTTTTGTTTTTCATTGTATTTTGTAAGTGGATTTATTAACTGCATAGCTTACATTTCAGTTATGTTTGTGGTTTACCCTAGTCTTTTCAGAATCTTTCAATATTTTTCTCACCTCATCAAAAATATACTATAAGTATACTCAGAGTTAATCTGAAACATTTTAGTTACATTTACTGGTCATTTGGTTATTTTGTTTCCCAGGAGTTTCCTGTTTTGTGGTAAAGGGATACCTTCTTGGTCGGCATGAATAGCTTAGGGACTAAAGGACAGACATTCTTATCATTTTGTACATTCTGTAGCAACGCCATAATAACTTTATCCCCTTTCCTCTTAGAGTCCCTGGATGGTACTGGAAGGCTTTTCTACTAAAGGCAAGAAGATGTTTCTTCAAGCAGTAACAGTGTGGCTACTACCAGATGGCCCATGATGCTCTTATTTCACCATGAATCGATCTCTTCAAGTAGCAGATACCAACAGTGGGAGAGGGGAAGCCCAGCCAGTGAGGGTGATGACTCTCTTGGACACTGTGCTAACAGGGACATTTAGCTTTTTGCCCTGGGCAGACTTCTGTGGTACCCTATTGGACTGGATCTTTGTAATATATTGCAAAAATAGTTGGACAGTTCAACCAGATGTATCTTAACATTTGTAATCTTTGTACAGGGAGCACGATGTAAGCCTTCTGTTTAGGTATTGCAGACAAAGTAGTAAAGAAAGATAAGGAGATACCCATGTTTCCTGTGTCTTTGTGGATAAAAGAATACTTTAAGGAACTTAGGTTATGCTAAGGTCTGTAAAAGTAACTTTTATTCTCCTGTTGTCTCCTAGGCTTACTGCTTTGCTCTGTTAACCTAGGCCTCATCCTGGAAACTTCTAGCCCTCGCACAATCTAATCTAGGCTGAATCTTTTCAACCTCTGAGACTCACTGCTGAATAAACTCACCCCTTCCTAGATCTTTCTGAACTCTGGGTGGCTGATTCAACTCAGCTGTTCTGGCTCAGACTCCTCTCCTAACTGATTGATTCAAACTGGCTTCTCTTAGCTTCTCTGAATTGCTTTGTGTGGCCTCAAACTAACTCTCGCAGTCTATTCTGATCTTCTGGCTTCTCATTTTTCTGGCTCATTCTGTCTTCGCTTATGTCTAGCTTGTTCTCGCTCTGCAACTTGTTTCTGTTCAACTCTCCCTTTAAAAACTTCTTTCTTCCTTTTTCTCTCTGCTTACACTGCTCTCTTAAATATCTTCATTTTCCTCTCTCTTTCTCTGAGAGTTGGGCATATACCTAGTCTGTCAGATCTTTCTCTCTTTCGTCACTTTGTCTGCCACTCAATTAGACGTCACTTTAATGCTTCCTTCTACAAACTAACTTTAGCTTTATTGTTTGGGATTACAGGTGTATACTAAGGACATGTGTGTATTCCAGCCAGAGGGATTAAAGGTGTGTGCTAAGGGCTGAAATAATGCTGAAATAAACAAAATAAAAGTACAACTAGAAACACAATCTTGGGATTCACAATGTGAACACAAATATCCTGAAACAAAGTTCCTTTCACCCCCGATTTGTGTGTGTGTGTATGGTACGTACATTTGTGTCTGTGTGTGTGTATGAAGGTGTGCATGTACCTATAGTCTCCTGAGTGCTAGGATTTAAGGGCTGAAATAATGCTGAAATAAACAAAATAAAAGTACAACTAGAAACACAATCTTGGGATTCACAATGTGAACACAAATATCCTGAAACAAAGTTCCTTTCACCCCCGATTTGTGTGTGTGTGTATGGTACGTACATTTGTGTCTGTGTGTGTGTATGAAGGTGTGCATGTACCTATAGTCTCCTGAGTGCTAGGATTTACACACTATGCCTAACTTTTTTCATCTCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCCCTCCCTCCCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGGTTCTTTGTGTATCCCTTGCTGTTTTGGAACTTGATCTCTAGAGCAAGCTGGTCTGGAACTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGTTGGGATTAAAGGCATGTACCACCACTGCCTGGCCAGTATTTTTTTTTTTTCTTTTTAAAAAACCTCTTTATGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGAAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAAAGAGATCCTATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAGTAAATAAGTAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAATGAATAAATCTAAAAAAAACCTCTTTATTTTGGTTATTTTCAATGATAATACAGTCAAGTAAATTAACACACTGTTTTTCTTTTCTCATTTTTTTGATAGGGTCTAACTATAATAGCCTTTGCTGGCCTGGAATTCACTATGTAGCCCATAGAGATTTGCCTGCTTCTACCTTCCTAGTGGTAGGATTAAAGTCGAGTGCCTACCATACCCAGTTACATGCTTTTCTCATGGAGTGATATTTTAATCCACTACTTACCTTTCTTTGTTTTTAAAACATATACTTATTTATGCATATGGGTGTTTTGCTTGCATGTATGTTCGTGCAGCATGTGCATACAGTGCCTGCAGAACACAGGAGGGTATTAAATCTCCTGAAAATTGAGTACAGACAGTTGTGAGCTGCCATGTAGGTGCTGGGAGTTGAACCAAAGTCTTATGGAAGAGCAACCAGTGCTCTTAATCACTGATCCATCTCTCAAGCCCCACATTTATTTCTTGAACAAACATTTCTTGGTAATTAGTATTTCTAAAGAATAGATTGTATTAATGGATATTAATTGGAGACTGATTTTTGAAAAAGGAACTATAGGCCTGGGAGATAGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTTTACTAGAGGTCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGATGATTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATATATAATAAATAAATAAATCTTTTTTAAAAAAGGAGCTATAGATATATAAGTAAGTACCTTTGTCATTAAATAGCAACATTTGGATTTTTTAACTGTGTGATATCTGCCAATTTGGAAAATATTGAAGTAAAGAAAATAAAAGTACTAAAATTCTACAATTTAAGTACAATTCTATTTAAGATTGTAGTCTGTCACTTGTTCCAGAGGTCTGTGTAACCCCTATTCCCAGCAACACCAGTCAGATACCCTGTTTTGTGTCTAGTGTTTTCTGTAGATATTTGCTGTGAAAACAATTCTACTGTAGTATTTGTCAATAAACATTTGCCTTCTACAGAAAAATGCCTAATTTAGATTATTTTTGTGAGTATGTGCTTTAACAATGTGCTGTGTATTAAAGTATTTGCCATGTTATACATTTTTAATTTACTTTACATAATTGGTTGTATATACTCTAAGAACTAATGTTGATAATCAGTGTTTCCGAGCTTTATCTACTAATCGTTGTATCACCTTTTTTTCTGCTCACTGACTCTAAAATTCACACACAAAGTTAACTTTTTTTTTTTTGGTGAAATACTAATTTGTGAGACATGACATTTAAATCAATGTCATTAAAGTTAAATTTGAAGTGTAGGCTAACATTTCTGATTTTGGCTGACATGATTCTTGCTCAACCTAATCACACTTTATTTGTATTTGTTGGAAGTTTTCTAGTGTATCCATAGTGCCTAGATTGTTACTTTTTGCACAGATAAAGCTTAAACGTTTGTTTGATGAGTATGTTTATTGTTTTAATTGCGTAAGATTTGAGGTCTTCACTTCTTGTTAATATCAGTTACTGCTTTTACTATTTTTCTTTGTTTATTCAAGCCCTTAAAGGGATAACTAAAATATTTTATAGTTATAAATGTGCTATAAATATGGTTCTACTGTTAACATTAACTGTAGACACTTGCAGGGGTATTTCTGTAGAGCTCTTAGTATTAAAAATGTTAAGTAGTTGATTTAAGAATTCACTTTGTATTGGAAAAGTAGTTTAGGGTAAGCAAATAATTGGTGGAAGTGTACTATTAAGAGTTTGAGGACAACTTGTTTCACAATGTAGGATGCTTTTATTTATGTGCAAGAAAAAGTTAATTCCAGAATATATGAATAGAACAAAATTGGAAAAATGAAATGATGTATTAATTTGAAGTGACAAATTGCATTGTTTGGTAAGTGCTGAGGTCAATTGCAGCATCCTGTGTATGATCAAGGTGCCCTAAGCTGCAATTACAGACCAACAGGGCCACAGTTTTTCCCTTTGGAGTACTTTTGTTTTAAGCAAATTTAAAAAACTGTTTTGTAGATTAATATGTTCATTGAAATTGAGACATTTGTTAATATTCAGTAAAATCTTACTTGCATTTCCCAGTGTGAGTATTGAGTTAAACAGTAGAACCTTTGTTTAACTCCTCCCCCCTCACCATGTTCTTCTTCAACCAACGTGTTGATGGACTGAGAGGTTTGAAGTCTTTGCTATTTCTAGTGCATAGTTTGTAATGTTAGTTCTGACACTTACTTTGATCCAGGGGCAAGAATAGCTTTTAGAAAGTGTAGTATTTATAGTTCTTTGTCACTTTAGGGAAAAAAATTGAACCATAAATAAGTACAAGAATAGAAATATAATTTCATAGCCTCTAGAATATATGCTATTAGCATATATTCAAACATCTTCACTATTCATCCTGAAAATCTTTTATGCTCCAAAACATTGAGTGAAAGCATGGAGAGCTCTTCAGACCTTCCTAGATAAAATGCTGTGTGATGAAAGGCTGTTAACGTCAGTGTTATGGCCAAGCTCTAGCTTGTTGAAGCTGAGGGTGTTCTAAAGAGAAACCAGGGACTTCAGTTAACACCTTTTCTATGATTATCCATTGGGAAGATACAGATACTACACTCATTTTATAAGTATTTTTGGATCCTCTCATTGCAATGTTTTATAGCCTAGAGACACTTAAAAATGAATGTAGTTTCTTTTGTGAACTTAAATTAGTTTGGTCGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACCCAGGTTTCTTTACCTAAACCTAGTCTTCAACTTGTGACAAACTGTCTCAGTGGTTTCTAATGTTGGCAGTACAGGTGTGAGCCACCATATTTGGTTTTAAAAAATATTCATTTGCTTGTCCCTGCATCTGTGCATATGCTTGTAGGAGGCTTCAGATGTCAGAAGTGGTGTTGAAGTGGGAATAATAATAAAATAGATATATTTAAGAAAAGAAGCAAGACGAGAATATTTGGAAGATGTCTATGAAGTAATTCTTAGTGAGGCTGGTGTGTTCAGTGGAGCACACTGAGCGTGTCTACGTTGTCTGGGTACTCACGTAACATCCATTCACCGAGTCTGAGTCGAGCGAGCCACCGATAACAGATAACGGATCACAACGCAGCTTCCTTTAAAAGTCCTTAGCTTAGAGCTCCAGACGACACCCAGATACGTTCCTGTTTTGCAGCAAGTGTCACACGTATCTGCTGGCCTGCTAATAAGGTTATACAGACTCTAAAGTGGGGTGGTAGGCATCAGCTGAGTCACTCACCTCCAGAGCTGCCTCTGGGGCTGTGAGAAGAGATGAGCATTGATTTATGGTAGCAAACAGTGTCTACTTTCCCTCACAGAGCAGTCCTTCATGTATATGGCGCCCAAAAGACCCCTGCTGCTTATGTTGGGAAGAAGTTGCTTCGATAAATAATGGAATAAAACAATGTGATACATTTTCCCTGACAAGTGATAATGTGTAGTACAGTTAAGCAGTTTCTTTGAAGGGAATATTGCACTGTCTTAGTCATCATCTGAGAAAACCCTTTCAAAGAAAATATTTCCTAGTAATGAAATGATCTCTGGTTCTTGAGTTTTTTTTTTTTTCATGCCTATTTACATTTTGTTAGTGAGAGGGGTTCTTAATCACAGTTAACAGCGCCAACTTACTGTCCTTCCTGAGTGGACCTGGGCCTGCTGCTGTCCTTTAGATCCTAGCCGCAGCCCTTTAATACTAGTTCTTTTCTGGTCTCTGGGGTTTATACTGGTAGTGTTTACTGTGACTCTTATCCGTGTAGGTGTGAAACCCATCAGACTTGAATTTAACCCTGTGAATTCATGCACTATTGTTGACTTCATATAGTTAATTAGTGTATATTTTGAGGAATACTTAAGGAATATTTTTCTTGGATTTCCACGCTAGTGATAGTCTTCATATATAATAATTTAGAACTAGGATGATCTGTACTAAAAATATGCAGTTAATTACCCACCACTTTTTAGTGCATAACTAATGAAACTGTTAGTATATACTGACCAATGGTCGATTGATGCTCACACTATATTTTCTTTCTCTAAACTTTTGGTATGGAAAGTTATAGACTTGAAAAATGGGAGAGAAGGCTATCATGATTCATTTAGTGCTTTGGTCTAATTTTAGTTCCCTGTTCATGTTTTAG
Seq C2 exon
GTCAGCAGAATTTTATATAGTTTCTGTACTGCATTCAAACGTTCTTCCAGACAAGTGTCTGATGTTAAAGACTCGATCATCCCGACTCCTGACAGTGACGTGTTTACCTTCAGTGTCTCCTTGGAGGTCAAAGAAGATGATGGAAAAGGCAACTTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002736:ENSRNOT00000003671:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.068
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064018=PID=FE(46.4=100)
A:
NA
C2:
PF0064018=PID=PD(13.6=32.1),PF124733=DUF3694=PU(1.5=3.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]