HsaINT0137036 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000116191 | RALGPS2
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:30279]
Coordinates
chr1:178694300-178745956:+
Coord C1 exon
chr1:178694300-178694554
Coord A exon
chr1:178694555-178745816
Coord C2 exon
chr1:178745817-178745956
Length
51262 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCGGT
5' ss Score
7.53
3' ss Seq
ACTTTTTTTTTTTTTTACAGGAA
3' ss Score
12.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCCGCCCGCTTGGCGCGCGCCCCCGCCAGGTCCGCTCTCGTCCCCCACCCCTGGCGCGGACGGGGTGGTTCCAGCTCACTCTCCTCCCCCGAGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCTGCTGCGGGCGCTGAATGAGAGACGGTGACTGTTCGGGTCGACGAGTGCTACTCTAGGCGGCGGCGGCCGTGGCGGTGAAGCGTGAGGCCGGCATCGTCTTTCCGTCCTCTGAGGCGACGGCCGCGGCTGCACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATAATGTATTTGTGGCCTTGGACATGAGGCAGTCAGTCCTCTGTTGCTGTTAACATAAGGTCAGGGACTGATGAGGAAAGCATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAGTGTCAATATTGCAGCTACTGCTTCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000116191-RALGPS2:NM_152663:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.088
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=PU(4.1=42.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)