Special

RnoINT0123963 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1311537]
Coordinates
chr13:74520494-74564184:-
Coord C1 exon
chr13:74564109-74564184
Coord A exon
chr13:74520637-74564108
Coord C2 exon
chr13:74520494-74520636
Length
43472 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGG
5' ss Score
6.92
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTTCCAACAGGAA
3' ss Score
13.17
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCCTGACTGCTCTGCTGGCGAGCGCGCTTCGAGCTTGCGGGCGGAACCGTGGAGGCGACAGCCGCGCTCGCACAG
Seq A exon
GTGGGGCCGTGGCGGCGGCCCGTGACGGGGAGGCGCCGGGGCAATGCGGCGAGCCGACGTGACATCACGGCGCGGGAGGGCGGGCGTCTCGAGCCCATCAAGACACCAACCCCGGTGGCGGAGGCCCCGGCCGTCTTCCCCTCAGCCCTTTTCCAGGTAGATTAGACCAGGGGCCGACACCCGCCGCTCCAGCCACACCCCCTCTCGGAGAGGCAGCGCCTTGCACCCCTCACAGAGAAGACCGAGGCTGCGGTGACCTGTGCGGGGGCCGAAACCGTCCCACAGCGGTACGCAGCGCGGGGCCTGACGGCAGCTGCCCACAAGCCGGCGCTAGGCCCTCAGAGGCCCCTGCGCGGACTGGTGTCGCGCGGGCTCCCAGCACCGCCGCGCTATCTCCACCGCCTAGCGTCCTGGAATTCCTTTGCTGTGTGGGCTTAGGCGGGCTCGTAAACACCGGGCTTGGGAGGCGATGGGGAGCTGACCTGGAAGGGAGCCCGGACCTGTGCGCTGCCGCGGCTCCCCGCCCCCCTCGAAGCGCTTTTCCTGCCGCCGTGTGCGGTGTAGACGCAGGCGGGTTTCAGGGTGCGTGGGCGTGTTTGGGAAGAAGCTGCGAGCTGATAGGAGGTACCTTAGTACGAATGTTAATTTGTTTGAGCTGGGAGGGTTGAGGGAGGTGGAAGAAAGGGGCCTGATGGTGGCTGTGGAGGAGGGGCGTTTGCAACCCAAAATCTCTCTGCAGAAAGCGCTCCACCGAAAGCATCCAGCGCCTATTGTTTAAGATCGGAGGACGAAAGCACGGGCAGCAGTTAATTGAGCCTTTCCCCGTAGGTGCTCTGCATCCCCCCCCTCCTCCCCGCCCCTTATAACGCTTAAGTGACTATAGAGCTTTGTTTCGGTGTCGCCGTTTGTTTTATGAATTGACTTTGGTCTTGTTTATGTAATGTTTACCATCCGGTGGACCCGAGGTCGTGTGTCTTTGAAGATGACCATTAGAATTTGGTAGAACTTTTCCCTTGCATGAAGGAGTACCGCAGTGCCACAGTTCGTTAACTTGCAAACTGTACAGCCTGTCCCACCCACATATGATTGTTCAGGCATCACAAGTGTAATACTGTTACTGCAGAAGTGGGATTTATAACCAAACAGAATTACTTTAATAATAATAACCTCTAGTGAACGAGTGTGGTCATGAAGCTTCAAAATGTGGAAAATTACTTGTCTTGGCCATATGTATACATTAAATGTGCTTATTAAAGTTCCCTTGAGTGATTTTAAGTGTAGTTATTTTGAGTTTAAGTTCTGGCATAGTAATTTTGAAATATTAAGATCCAGTCCATCGATCACACCATGCATTGATTTCAGAAATTTGACTTTTTCTGGAAATACTGTTCTCTGTCTTTTTTTCACCAGATTGCAGCAGAAGTTGAAAGATCTGCTTGAGTGTCAAGATCCCAGTATACTTTTCTGATAATACAGTATCAGGGGGGATACACCCAAAAATTCTGAGAGAAATAAAATTTAAAAGCTAACTGTGAACCAGACTTGTGTGGGTAATGCAATTTATATAAAAAAGGGCATAGCTTTTTTAGTTTATTAGGCCCTTACACTTAAAATTGGGGCAGTGGTTGCCTTCAGTGAAAGACGGCTTTGTTGATAATATTAATTTGATTGCAACTTGAAACTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTGGGAGACAGAGTCTCACTATGTAGCACTAACTGTCCTGGAATCCACTGCATAGACCAGACTGGCTTAAACTGACTTGAGATCTGACTCTGCCTATGGAGTGCTGGGATTAAAAGCTACTTTCAAGCTTTTGTCCAGAGGCTGGATTATTTATTCTACACACAGAGTTCTCCTGCTTACTTCTGTATCCTGATAGATGTGGAGGGGATGCTGCAGAATAGAATAAAAACACACGTGTGCAGTGATGGAGAGAGAATACGTGGGCAGGTCTGTAAGAGTAAAAGTCAGAGTGAAAACTCAATGCCTTTTGAGTTAGGATATTGTTTGCATTTTTCCTTTTGAGATCAGCTAGTGAATAAAAGCATCAAGACAGTCGTCTTAAACTGTGGGTATGTTTATACACACTAGGTATCTGGTTTCTAAACATACTCTAAATATACTCTACCTGGAGTCAGAGGGCGTGTGGTTTCTAGGTGGCTAAACAATTAATCTGTTGGCTATATGTACTTAAATGAATGTGTGCTGAGAGTCTTCTCTCGCTGTTTACTTGTTTGTAAGAGTCTTCAGAGAAGTAAACTGACACCTTCCCTCCAGGGAAACAGGGAATCTTTCTGTGAGAAATCTTACTGGGTGGGAAAAGTCTGAGGAAAAGAGATTAGTTTATGCTCTGATTAGTGAACACGGTGGCACACATTGGTGTAGATCTTTGCAGATTTCAGAGCTTTTTATGAATATGTCGTTACTTCTTAGGACTGTCAGTAATTAATTTTTACCCTAGGAAGGTTATTATCTCCATTTCCGAGGGGGACCAGCTCTCAGTGATCCCAGACCCAGACCATTCTGTTGCTAGAGTGTGATGTCCCGCCTCTGGAGTGTAGACTTTTTGGGAAGATGCACAGCTGAACACTTAGTGTACTACTAGCTTCCAGAAGTTTCCAAGAAGCTTTTAAGGGCTAATCTAGTAGTTGAGATTGCCTTGCTTTCTCTAAAGCCCTGCTTTCCTTTGATCTGGAAAACAAACACACAGAAGGTTTTGAGAACAAAGTGCATTAAAATGGATCTTGGGTTTTGGATATGAGCTTTTGTTTAACGTTTGCATCTGAGGTAGTTACTTCTGCTTGCGTTTCACATGTTTAATAGTTATTTAGTGTTCAATGAAAACATAATTCAGATAGCTTGAAATAGGTCCCCTGGAAAAGAGTGAGTTCATTGCATTACTCTAATTACTTCCTTAAGTGTGTTTTAAATTCCCATTAGTTCCTTTTTAATGAGGGAATGAAGATTGGATATGATAAGACTTCAGTATTTTTAATTAATCTATACTCTTTCCTTTTTCATGCTTTATAGTTTTGTTTTCTTTGGTTTCCATGTTTTACTCAAGAACTCATTCTAAATATTCCAGATGAGTTTTAATCATCAGGCTCCTCCTCCCTCCTCCTTTCCCTGTTCCCCTCCTCCCTTCTTAGAAAAGTACCTAACACTTAAAACAGTGTTCAATTATTGGTTAGAGATTACGGCCAGAGAGTAAAATAATTGATATTAAAAGATATGATCACTGTGTTCTTTTTTTTAAGTTAGTACTTTAATACAGTTGAAAGTTGTCCTACAAGACCTTTCATAAAAACTTAGGTGCCTTGCCTCATCTCTTTATGACCTCCTTCCAAGGTCCTGCTTGATATTATCAGCCTTTCTTTCGATATTTTGTATCTTGTTTTCTTTCTTCTGGCATGAGTGCATGGCTCTGTAGTTTTATTTTTCAACTTTAGATTTTTTTAAAGAGTATTTATCTATTTATATGAGTACACTGTCACTCTCTTCAGACACAAGAAGAGGACATGGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTAGAATAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCACCTTTAGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTCCAGTGGCTTTGCTCTAGGACTCCTGTGGTACCTTGAACTGGTGTATTCCCTGTATTGTGATGTCATGCTTTTGATTACAGGTTCGTTGTTTACATCATCATGGCTCTGTAAATATGTTTAATAGTTGAACATTGCAGTGTACTGTGAATACATTGCTTGGCGTTAGGCTGTTTTCTTCTGTGATTTTACTTACTTTGTTATTTGTCCTTACCTTTTTCTAGAGTCTGTCCAAATCTACAAACACAGAGGTGATAGGTATTCAAACTTTTTAAAAATTGGGAAGGGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGAAGCACAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCTGAAAAAAAGAAAAAAAAATTGGGAAGGGGCCTCCTAAGCCCTCTGTTCTCACTCAGATCTGCAGTGCTCCTCTGCACTGAAGCTGCACAGCTGAATGGCACTTCTGACAGGTGTCCTGTTTGACTGCATTGGAGCCAGTGCTCTCTAGAGTCATGTCTGCTCCCACCCCATCCCCGCCCCCAAACGCCCTTTCAGTTTATTTTCTTGTTTGAATGAGTTGCATCTTTTGTTGACTTTTAGATGTCTCACACTTATAATTCTAACACTTGAAAGCTGAGGCAAGAGGATTTCTGGGAGTTCCAGGCTGGTCTGGGCCAAAGTGTGAGAGAGACTGTTTTATAACAAAGTTATGCATGGCAAGACGAACCTTTTGAATTGTTTATGTTGCTGAAAATACTTTGTTCCAACTTGATCACTGTCTGGGCTAGATTCTGAATTAAGATGATAAATTTTCCTTGAAATTGAAGGGAGCACTGTGAAGTAGAAGGGAGCATTGTGAAGTAGAAGGGGTTGCTGTATGATTTTTCTACCTTCAAAAGTTGTTGAAAAGTCTTAGTATCATTCAGAGTTTTCTTCCTTTACATGTGACATGGCCTTAAGATTTTTTTCCTTTGTCATTAGTATGTCTGATGTATTTTACGTGTCCTCATGTCTTCATTTTTTTCTGCACAGAATGTGGGGGGTTGTGTAGCCAGTGTGCTTTAAGGAGCTGGAGTGTGAGCAGTGGTTTGTTCACTAACCCCTAGTTTGCTCTTCTGTAGTGGGAAAGCAGCTGCAGGTGGCTTGCAGGTGGCAAGCTTGTGGTTTGCAGGCCTTGATCTAGCTTTGCATGTGTTTTACCAGCAGAGCATGCTGCTATAGAAATGGAAGAGAAGGTAGAACATGGACAGAGGCATGGTGGTAATCACTTTAAGTACTCTCTTGAGTGCTTCTGTTCACTGTATGGGAA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Seq C2 exon
GAATGATGTATTTGTGGCCTTGGAACATCGAAGGTAATCAGACCTCTGTTGCTGTTAACATAGGCTCAGGGACTGATGAGGAAAGCATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAGTGTTAATATCGGGGCTACAGTTTCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004736:ENSRNOT00000036200:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.303
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]