GgaINT0036706 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004273 | RGPS1_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr8:6693134-6713114:-
Coord C1 exon
chr8:6712979-6713114
Coord A exon
chr8:6693266-6712978
Coord C2 exon
chr8:6693134-6693265
Length
19713 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACTG
5' ss Score
7.67
3' ss Seq
TGACTTTTTGCTGTTTGTAGGAA
3' ss Score
9.43
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTTTACGGGCCGTGTAGGACACCAAGGGAACTGGCGTTAGAACCGTGCCTGTGGTCAAGCTGGTATCATCCTGTATTCTGCCAAGCAGAAGGAGGACATCTCCAACCAGAGATGGAGCGAGACATCAGTCAGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATGATCATTCAGTTGCCTTGGAGATGAACCTTCTGCTGTAAATGTAGGGCTGGACATTAATGTTGTGGGCAGTATGGACCTAATGAACGGACAGTCAAGCAGTGTTAATATTGCAGCTACTGCTTCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004273:ENSGALT00000006794:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.158
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]