GgaINT0036706 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004273 | RALGPS2
Description
Ras-specific guanine nucleotide-releasing factor RalGPS1 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5ZJK0]
Coordinates
chr8:6368126-6388106:-
Coord C1 exon
chr8:6387971-6388106
Coord A exon
chr8:6368258-6387970
Coord C2 exon
chr8:6368126-6368257
Length
19713 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACTG
5' ss Score
7.67
3' ss Seq
TGACTTTTTGCTGTTTGTAGGAA
3' ss Score
9.43
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTTTACGGGCCGTGTAGGACACCAAGGGAACTGGCGTTAGAACCGTGCCTGTGGTCAAGCTGGTATCATCCTGTATTCTGCCAAGCAGAAGGAGGACATCTCCAACCAGAGATGGAGCGAGACATCAGTCAGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATGATCATTCAGTTGCCTTGGAGATGAACCTTCTGCTGTAAATGTAGGGCTGGACATTAATGTTGTGGGCAGTATGGACCTAATGAACGGACAGTCAAGCAGTGTTAATATTGCAGCTACTGCTTCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004273:ENSGALT00000006794:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.158
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]