MmuINT0131394 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026594 | Ralgps2
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925505]
Coordinates
chr1:158837770-158869518:-
Coord C1 exon
chr1:158869483-158869518
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
31573 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
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Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATGATGCATTTGTGGCCTTGGACATGAAGTAATCAGACCTCTGTTGCTGTTACTGTAGGCTCAGGGGCTGATGAGGAAAGCATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAGTGTTACTATCGCAGCCACTGTTTCCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026594-Ralgps2:NM_001159966:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=PU(3.6=36.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: