BtaINT0122045 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010718 | RALGPS2
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30279]
Coordinates
chr16:61559977-61601708:+
Coord C1 exon
chr16:61559977-61560128
Coord A exon
chr16:61560129-61601563
Coord C2 exon
chr16:61601564-61601708
Length
41435 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCGGT
5' ss Score
7.53
3' ss Seq
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3' ss Score
10.49
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATAATAATGTATTTGTGGCCTTGGACGTGATGCAGTCAGTCTTCTGTTGCTATTAAATAGCGTCAGGGACTGATGTTGTGGGAAGCATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAATGTTAATATTGCTGCTACTGCTTCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000010718:ENSBTAT00000034000:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.316
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development