MmuINT1029496 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026594 | Ralgps2
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925505]
Coordinates
chr1:156907639-156939602:-
Coord C1 exon
chr1:156939489-156939602
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
31710 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCGGC
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATGATGCATTTGTGGCCTTGGACATGAAGTAATCAGACCTCTGTTGCTGTTACTGTAGGCTCAGGGGCTGATGAGGAAAGCATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAGTGTTACTATCGCAGCCACTGTTTCCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026594:ENSMUST00000172057:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.027
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=PU(3.6=36.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types