HsaINT0138839 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000056586 | RC3H2
Description
ring finger and CCCH-type domains 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:21461]
Coordinates
chr9:125645483-125652824:-
Coord C1 exon
chr9:125652591-125652824
Coord A exon
chr9:125645659-125652590
Coord C2 exon
chr9:125645483-125645658
Length
6932 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TGTTCCTTTAATATTTTTAGCTA
3' ss Score
6.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTAGCTAGCTTGAACCAGAGTGCACTGAGCCGTCCAATGCAAAGGAAACTGGTGACACTTGTAAACTGTCAACTGGTGGAGGAAGAAGGTCGTGTAAGAGCCATGCGAGCAGCTCGTTCCCTTGGAGAAAGAACTGTAACAGAACTGATATTACAGCACCAGAACCCTCAGCAGTTGTCTGCCAATCTATGGGCCGCTGTCAGGGCTCGAGGATGCCAGTTTTTAGGGCCAG
Seq A exon
GTAAGATAGGTTACTATCTTACCTTTTTTATTAGCTATTGGGGCTTGAGGATGCCAATTTCTGGAGCTCGGTGAATCCTGAGACTCAACCCGTCTTTATATGTACAAATCTTGATATAATTAAAGATAAATTTGTTTTTGTTGTTGTTGTTATTGCTGTTTTGTTTTGTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAGTCTTGGCTCACTGCAGCCTCGACATCCATGCTCAAGCAATTCTCCTGACTCAGCCCCCTAAGTAGCTGGGACTACAGGCACACGCCATCATACCCGGCTAATTTTTCTATTTTTTGTACAGACAGGGTTCCACCATGTTGGCCAGACTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCCCAGCCTCCCAAAGTTCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCAGCCAATATAAATCCGTTTTTATTAATCTTAATTTATATGATAGACAGTGCTTTTGTGTTTTAAAACAAAATTTCTCATTTAAGCTTCAATTGCCATCAAGATAGGCAATATAGCTACAGTTTTACAAATTAGAAAACCAAGTTAGAGGCCTAAGATTGAACACGTAATAAGCCAAAGAAAGGTAAGCTTTTTTTTTGGTCTGAAAAAAAATGTTTAAACTCTTGATCGTTTTTAGGGGATAATTATTTATGATTAGTGTTATCTATGTTCTGTCTTAAAAAATCTTCACCTATACCAAGGTAATGAAGTTCCCTCCTGTGTTTTCTTCTTGAAGGTTTATTGTTTGAACTTTGTGATTTAGAACTACAGTTCGGGTAGAATTTATTTTTGGAAAGGAAACTTTTAATAAGTGATGTTGGGACAACTAGATCAAAATGCGGAAAAAGCAAAATTAGATGCATTTCTTATTCTCTATAAACTATATAAATTACAAACGTCAGAAATCCTTATTAAAAATAAAAATATACTGGTAATAAAAACCAATAAAAGAATATATTTCTTTATAACCTGTGAGTAGGGAACATTTTTCTAACTTTAACTCAAAATCTAGAAACAATAAGGGAAGAAACTGATATTTGACTATATAATTTTGTGTTTAATTTACATCACAAAAAAATTATAAGCAAATGAAAAAGAAGACCAACTGGGGAAAATATTTATAAATTACGTAACAAACATACACAGAGGACTAATATAACTAATATATAAGGTATGTCTAAAAATTCAGAAGAAAAAGACCAACAACCAACTGAAAAATTGACAAAAGATGCAAGAAATACCATTTCTCACCTATCAGATTGGCAGAATCTTAAAGTCTGAAAATATATTCTGTTGGCAAGGGTGTGAGGTACTCTCATCCAGTAGTCATGGGCATGCAAAGTGGTACAGACTTTTAAAGAAAGGAATTTGGCAACATCTGAAAATATTACCTCTGTGTTTACCCTTTGGTCTAGCAATCCCACTTCTAGGAATCTATCCCAAAGAGACAACAGAAGGTACAGAATGCATACAGTTATAAAAGCACTATTTGTAATAGCAAACATCTGGAAACAACCTGAATGCCTATGCGTAATAAGGTACTAGTATAATAAACTGTGGTATATCCTTCCAGTGTAGTACTATGCAGCTGTCGAAAGAAATGAGGAAGAAGTATATATTCTGCTAGGGTGTGACCTCCAGATACGTTGGTAAGTTAAAAAATAAAAGCAAGGTCCAGAATAATTTGCTCAGTATAGTACTTTCTAAGTAAGAGAAGGAGGGAGAAAATCCACTTATTCATTTAAATTTTCCAAAAGAAACAATGGCAAAAAAATAGAAGACTAATACCAGTATGTAGAAGAACGAGGAATCAAGGGAAAGCAGACAGGGACAGAAGCTAGACTTTGCCAACTCTATCTTGTTTTGTACTTTGGAACCACATAAATATTTTATGTAATTATAAAACAACTTTAAATATTTTTTAAATTTAATTAAAAATGATCAAAATAATACCTAAAAATAAAGCTAAAACAAGTTGGTAGCATATTCATTTGAGAATGAATTATTTCAGGTTACTTTAGAACACAGTGTTTTGACTTTTATATCCCTAGTGGAATATATAATAAATCCTAAATTATATTTGTTTGTCATATTGTTCATAATTCTGGTCTTGTTATTTAGAAACTTAAACAGACACACAGTTGGATAAAACAAGCAAGCAAATAATTATGTTAATGCCACCAGAACCAAGACTTTCAGCATTTAAAAAAAAAGATACAAGGCCAGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACTAACCTGGCCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATAGAAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGTCAGGCACCTATAATCTCAGCTACTCGCGAAGCTGAGGCACGAGAATTGCCCTAACCTCGGGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTTCACTTTAGCCTGGGTGAAAGAGCAAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATACAAGTATAAAATCAAAGATTTAAGTAAAACTCCTGCAGTCTTAAATTTGAATTGGCAATATTAGTACGGACTCAATTGTTTTTCTAAAAAATGCCAGTGTCCAAGGTCTGTCCACTGAAAATGCTTAGAAGTGATGAATAACCATAACACCCAGATTATGGGCTTTCATATATACCATTTCCCACTAAAAGGAGGCAGGGCTCTTTGGGTAAATGCCTTACTCCAGTCTAGGGTAGGAAGTCTTGTGCTGGGCGGGGAGCAGGGAAGCAAAAAAGCTTATAATCCCAGTACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCAGTTGACCCCCAGAGAAAGAGAGGAGGGAGAGACAATTTTGTTGAAAGGACAAAAGTTGAACATGAAGGAGCTCCTACTAGATGTAAGTGGGGCAATTTAAACATCATAATGAATGACTCCAAAGGATTGAAACACAATATGTACAAACAATTTCAGGGAGAGTTCTTATATATTGAGGAAAGTTTCCTCTTTTAGCTGAATTCAAACTAATAATACATTTAGAAAATGATACAATTAGAAAAATCACAATTTTACATCCCCAAATGTATTAATGGGCTTCAGCAAGAATTATTTGTGGCTGTTAAACCCATTAGACGAGAGGTTACTGGGGAAATTTATAGCAGATGGATAAAGTCTGAACCCACTGATAAATCTTAGCATTACTAAAAGTGAGGCAAATTTTCCATTATACAAAGTTTTAAGATATTTTAAAAATCTACTTTTATATAGAATTTAAGAATGTTACCTTTAGATATTTCCTGATGTTTACTTTAAGAAGCACTAGACTAGGTGTCACATCTCTTTTGTTCTACAGCTCAGAAACAAAAATACAACCTAACTTAAAAGTGGGTAAATAACTTGAATAGACATTTCTCCAAAGAAGAGACACGATGACTAACAAGCACATGAAAAAACCCTGAGTGTATTTAGTTATTAGGGAGATGCAAATCAAAATCACAGGGACATACTTGTTTATACCCACTTGGCCATTATTTTATTTCATTGTTTTAGAGACAGGGTCTTGCTCCATTGCTCAGGTTGGAGTGCAGTGGCACGCTTATAGCCCACTGTAACTTCGGAACTTCTGGCTTCAAGTGATCCTCCCATCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGAGTGGCCATAATTTTTAAAATGGAACATAACCAATGTTGATGAGAACGTGGAGAATGTGGGCACGTAAAATGGTGTGCTGCTTTGGAAAACAATTTGTCAGTTCCTTAAAAAGTTAAACAATTACCATATGACCCAGCAGTTTTATTCCTAGGTATATACCCAAAAGAATAGAAAACAGGTATTCAAACTAATACTTGTATACAAATGTTTATTGCAGCGTTATTCACAATAGTCAAAAGGTGGAAACAATCCGAATGTCCATCAAGTGATAAATGGATAAACAAAATGTAATGTATCCATAAATAGGCTATTCCTCAGCCATAAAAGGAATAAATACTGATACATGCTGCATGTGGATGAGCTTCAAAAAAACTACGTTAGGTTGGGCACGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATAACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGGAAAACTCTGTCTCTACTGAAAATAGAAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTATTCGGGAGGCTGAGGCACAAGAATCGTTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCGAAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTTTGTCTCAAAACAAAACAAAACAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAACACGTTAAATGAAAGAAACCAGACAGCCAGCTAGTGTTGCCAGGGGCTGTGTATAGAGTGTATGAACAGTGACTGCTTAATGGTGATGAGTTTCCTTTGGGGTGATGAAAATGTCTTAAATTAGACAAAGTTGATGGTTGTACACATTGTGAATGTAGTAAATACCACTGAATTATGTGGTTAAAATGGTTAATTTTATCTCAATTTTTAAAAAAGTCCTTGCCAGCAGAGAAACCCTGGGAGGCAAAAAAAGAAAAAATTTAAAGAATTTTAAAAGTCCTTGGTTCTATTAGATTGGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTTGCCATTATAGTTCCAATTTTGTTGGTAACTAGATACGTTACCTTGGTTTAATCACTTAACTTCTCTGGACCTCAGTAGCCTCACTTAGAAAAAAGGTTTGTATTTTGAATCTAGATAATCTTTCAGCTCTTAAGCTCTATTGTTTTGATTAATAACCATGTATTTGTAATTTATAATTCTGAAATAATTTCGTATTTACTGAAAAGTTGTAAGAATAATGCAGAGAATTTTTTA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Seq C2 exon
CTATGCAAGAAGAGGCCTTGAAGCTGGTGTTACTGGCATTAGAAGATGGTTCTGCCCTCTCAAGGAAAGTTCTGGTACTTTTTGTTGTGCAGAGACTAGAACCAAGATTTCCTCAGGCATCAAAAACAAGTATTGGTCATGTTGTGCAACTACTGTATCGAGCTTCTTGTTTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056586-RC3H2:NM_018835:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)