HsaINT0138839 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000056586 | RC3H2
Description
ring finger and CCCH-type domains 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21461]
Coordinates
chr9:122883204-122890545:-
Coord C1 exon
chr9:122890312-122890545
Coord A exon
chr9:122883380-122890311
Coord C2 exon
chr9:122883204-122883379
Length
6932 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TGTTCCTTTAATATTTTTAGCTA
3' ss Score
6.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTAGCTAGCTTGAACCAGAGTGCACTGAGCCGTCCAATGCAAAGGAAACTGGTGACACTTGTAAACTGTCAACTGGTGGAGGAAGAAGGTCGTGTAAGAGCCATGCGAGCAGCTCGTTCCCTTGGAGAAAGAACTGTAACAGAACTGATATTACAGCACCAGAACCCTCAGCAGTTGTCTGCCAATCTATGGGCCGCTGTCAGGGCTCGAGGATGCCAGTTTTTAGGGCCAG
Seq A exon
GTAAGATAGGTTACTATCTTACCTTTTTTATTAGCTATTGGGGCTTGAGGATGCCAATTTCTGGAGCTCGGTGAATCCTGAGACTCAACCCGTCTTTATATGTACAAATCTTGATATAATTAAAGATAAATTTGTTTTTGTTGTTGTTGTTATTGCTGTTTTGTTTTGTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAGTCTTGGCTCACTGCAGCCTCGACATCCATGCTCAAGCAATTCTCCTGACTCAGCCCCCTAAGTAGCTGGGACTACAGGCACACGCCATCATACCCGGCTAATTTTTCTATTTTTTGTACAGACAGGGTTCCACCATGTTGGCCAGACTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCCCAGCCTCCCAAAGTTCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCAGCCAATATAAATCCGTTTTTATTAATCTTAATTTATATGATAGACAGTGCTTTTGTGTTTTAAAACAAAATTTCTCATTTAAGCTTCAATTGCCATCAAGATAGGCAATATAGCTACAGTTTTACAAATTAGAAAACCAAGTTAGAGGCCTAAGATTGAACACGTAATAAGCCAAAGAAAGGTAAGCTTTTTTTTTGGTCTGAAAAAAAATGTTTAAACTCTTGATCGTTTTTAGGGGATAATTATTTATGATTAGTGTTATCTATGTTCTGTCTTAAAAAATCTTCACCTATACCAAGGTAATGAAGTTCCCTCCTGTGTTTTCTTCTTGAAGGTTTATTGTTTGAACTTTGTGATTTAGAACTACAGTTCGGGTAGAATTTATTTTTGGAAAGGAAACTTTTAATAAGTGATGTTGGGACAACTAGATCAAAATGCGGAAAAAGCAAAATTAGATGCATTTCTTATTCTCTATAAACTATATAAATTACAAACGTCAGAAATCCTTATTAAAAATAAAAATATACTGGTAATAAAAACCAATAAAAGAATATATTTCTTTATAACCTGTGAGTAGGGAACATTTTTCTAACTTTAACTCAAAATCTAGAAACAATAAGGGAAGAAACTGATATTTGACTATATAATTTTGTGTTTAATTTACATCACAAAAAAATTATAAGCAAATGAAAAAGAAGACCAACTGGGGAAAATATTTATAAATTACGTAACAAACATACACAGAGGACTAATATAACTAATATATAAGGTATGTCTAAAAATTCAGAAGAAAAAGACCAACAACCAACTGAAAAATTGACAAAAGATGCAAGAAATACCATTTCTCACCTATCAGATTGGCAGAATCTTAAAGTCTGAAAATATATTCTGTTGGCAAGGGTGTGAGGTACTCTCATCCAGTAGTCATGGGCATGCAAAGTGGTACAGACTTTTAAAGAAAGGAATTTGGCAACATCTGAAAATATTACCTCTGTGTTTACCCTTTGGTCTAGCAATCCCACTTCTAGGAATCTATCCCAAAGAGACAACAGAAGGTACAGAATGCATACAGTTATAAAAGCACTATTTGTAATAGCAAACATCTGGAAACAACCTGAATGCCTATGCGTAATAAGGTACTAGTATAATAAACTGTGGTATATCCTTCCAGTGTAGTACTATGCAGCTGTCGAAAGAAATGAGGAAGAAGTATATATTCTGCTAGGGTGTGACCTCCAGATACGTTGGTAAGTTAAAAAATAAAAGCAAGGTCCAGAATAATTTGCTCAGTATAGTACTTTCTAAGTAAGAGAAGGAGGGAGAAAATCCACTTATTCATTTAAATTTTCCAAAAGAAACAATGGCAAAAAAATAGAAGACTAATACCAGTATGTAGAAGAACGAGGAATCAAGGGAAAGCAGACAGGGACAGAAGCTAGACTTTGCCAACTCTATCTTGTTTTGTACTTTGGAACCACATAAATATTTTATGTAATTATAAAACAACTTTAAATATTTTTTAAATTTAATTAAAAATGATCAAAATAATACCTAAAAATAAAGCTAAAACAAGTTGGTAGCATATTCATTTGAGAATGAATTATTTCAGGTTACTTTAGAACACAGTGTTTTGACTTTTATATCCCTAGTGGAATATATAATAAATCCTAAATTATATTTGTTTGTCATATTGTTCATAATTCTGGTCTTGTTATTTAGAAACTTAAACAGACACACAGTTGGATAAAACAAGCAAGCAAATAATTATGTTAATGCCACCAGAACCAAGACTTTCAGCATTTAAAAAAAAAGATACAAGGCCAGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACTAACCTGGCCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATAGAAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGTCAGGCACCTATAATCTCAGCTACTCGCGAAGCTGAGGCACGAGAATTGCCCTAACCTCGGGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTTCACTTTAGCCTGGGTGAAAGAGCAAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATACAAGTATAAAATCAAAGATTTAAGTAAAACTCCTGCAGTCTTAAATTTGAATTGGCAATATTAGTACGGACTCAATTGTTTTTCTAAAAAATGCCAGTGTCCAAGGTCTGTCCACTGAAAATGCTTAGAAGTGATGAATAACCATAACACCCAGATTATGGGCTTTCATATATACCATTTCCCACTAAAAGGAGGCAGGGCTCTTTGGGTAAATGCCTTACTCCAGTCTAGGGTAGGAAGTCTTGTGCTGGGCGGGGAGCAGGGAAGCAAAAAAGCTTATAATCCCAGTACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCAGTTGACCCCCAGAGAAAGAGAGGAGGGAGAGACAATTTTGTTGAAAGGACAAAAGTTGAACATGAAGGAGCTCCTACTAGATGTAAGTGGGGCAATTTAAACATCATAATGAATGACTCCAAAGGATTGAAACACAATATGTACAAACAATTTCAGGGAGAGTTCTTATATATTGAGGAAAGTTTCCTCTTTTAGCTGAATTCAAACTAATAATACATTTAGAAAATGATACAATTAGAAAAATCACAATTTTACATCCCCAAATGTATTAATGGGCTTCAGCAAGAATTATTTGTGGCTGTTAAACCCATTAGACGAGAGGTTACTGGGGAAATTTATAGCAGATGGATAAAGTCTGAACCCACTGATAAATCTTAGCATTACTAAAAGTGAGGCAAATTTTCCATTATACAAAGTTTTAAGATATTTTAAAAATCTACTTTTATATAGAATTTAAGAATGTTACCTTTAGATATTTCCTGATGTTTACTTTAAGAAGCACTAGACTAGGTGTCACATCTCTTTTGTTCTACAGCTCAGAAACAAAAATACAACCTAACTTAAAAGTGGGTAAATAACTTGAATAGACATTTCTCCAAAGAAGAGACACGATGACTAACAAGCACATGAAAAAACCCTGAGTGTATTTAGTTATTAGGGAGATGCAAATCAAAATCACAGGGACATACTTGTTTATACCCACTTGGCCATTATTTTATTTCATTGTTTTAGAGACAGGGTCTTGCTCCATTGCTCAGGTTGGAGTGCAGTGGCACGCTTATAGCCCACTGTAACTTCGGAACTTCTGGCTTCAAGTGATCCTCCCATCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGAGTGGCCATAATTTTTAAAATGGAACATAACCAATGTTGATGAGAACGTGGAGAATGTGGGCACGTAAAATGGTGTGCTGCTTTGGAAAACAATTTGTCAGTTCCTTAAAAAGTTAAACAATTACCATATGACCCAGCAGTTTTATTCCTAGGTATATACCCAAAAGAATAGAAAACAGGTATTCAAACTAATACTTGTATACAAATGTTTATTGCAGCGTTATTCACAATAGTCAAAAGGTGGAAACAATCCGAATGTCCATCAAGTGATAAATGGATAAACAAAATGTAATGTATCCATAAATAGGCTATTCCTCAGCCATAAAAGGAATAAATACTGATACATGCTGCATGTGGATGAGCTTCAAAAAAACTACGTTAGGTTGGGCACGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATAACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGGAAAACTCTGTCTCTACTGAAAATAGAAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTATTCGGGAGGCTGAGGCACAAGAATCGTTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCGAAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTTTGTCTCAAAACAAAACAAAACAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAACACGTTAAATGAAAGAAACCAGACAGCCAGCTAGTGTTGCCAGGGGCTGTGTATAGAGTGTATGAACAGTGACTGCTTAATGGTGATGAGTTTCCTTTGGGGTGATGAAAATGTCTTAAATTAGACAAAGTTGATGGTTGTACACATTGTGAATGTAGTAAATACCACTGAATTATGTGGTTAAAATGGTTAATTTTATCTCAATTTTTAAAAAAGTCCTTGCCAGCAGAGAAACCCTGGGAGGCAAAAAAAGAAAAAATTTAAAGAATTTTAAAAGTCCTTGGTTCTATTAGATTGGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTTGCCATTATAGTTCCAATTTTGTTGGTAACTAGATACGTTACCTTGGTTTAATCACTTAACTTCTCTGGACCTCAGTAGCCTCACTTAGAAAAAAGGTTTGTATTTTGAATCTAGATAATCTTTCAGCTCTTAAGCTCTATTGTTTTGATTAATAACCATGTATTTGTAATTTATAATTCTGAAATAATTTCGTATTTACTGAAAAGTTGTAAGAATAATGCAGAGAATTTTTTA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Seq C2 exon
CTATGCAAGAAGAGGCCTTGAAGCTGGTGTTACTGGCATTAGAAGATGGTTCTGCCCTCTCAAGGAAAGTTCTGGTACTTTTTGTTGTGCAGAGACTAGAACCAAGATTTCCTCAGGCATCAAAAACAAGTATTGGTCATGTTGTGCAACTACTGTATCGAGCTTCTTGTTTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056586:ENST00000373670:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development