HsaINT0151647 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000004864 | SLC25A13
Description
solute carrier family 25, member 13 (citrin) [Source:HGNC Symbol;Acc:10983]
Coordinates
chr7:95751151-95761193:-
Coord C1 exon
chr7:95761055-95761193
Coord A exon
chr7:95751310-95761054
Coord C2 exon
chr7:95751151-95751309
Length
9745 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
GTGTTGTGTCTCTCCTGCAGGTA
3' ss Score
13.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGCCAAAGCATGCTTTCTGCGGGACATTCCTTTCTCGGCCATCTACTTTCCGTGCTATGCTCATGTGAAGGCTTCCTTTGCAAATGAAGATGGGCAGGTTAGCCCAGGAAGCCTGCTCTTAGCTGGTGCCATAGCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATGCCTGCAGCATCTTTAGTGACCCCTGCTGATGTTATCAAGACGAGATTACAGGTGGCTGCCCGGGCTGGCCAAACCACTTACAGCGGAGTGATAGACTGCTTTAGAAAGATACTGCGTGAAGAAGGACCAAAAGCTCTGTGGAAGGGAGCTGGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000004864-SLC25A13:NM_014251:15
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0015322=Mito_carr=PD(32.6=63.8),PF0015322=Mito_carr=PU(15.6=31.9)
A:
NA
C2:
PF0015322=Mito_carr=FE(55.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)