HsaINT0153334 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144290 | SLC4A10
Description
solute carrier family 4 member 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13811]
Coordinates
chr2:161977722-161985282:+
Coord C1 exon
chr2:161977722-161977760
Coord A exon
chr2:161977761-161983178
Coord C2 exon
chr2:161983179-161985282
Length
5418 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TCCTTTTTTTCCTTCTGTAGCAT
3' ss Score
10.42
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCCCTTCCTAATCACTCTAGAAGCTGATTCCCCAAAG
Seq A exon
GTAAGACCCTCTCCCTCAAATCTATTCCTTGGTTGCATTTCCTTATGTTAAATGGTGTCTTCTAGAAACCTGGTCAGTCTATGTCCTCTGTGTGAGTTTTGGGGAGGCAAAAGGCATGGAGAGTGTTGGGCTCAGATCCAGTAGCAGACTGAGTTTGATGATATATCTGTAACAACTCAGCTCTTTAAGTTAGTCTGAAACTTGAATAAACTTTATTCCTTCCTTGATTTATACAGATGCATCATGTATAAATCAACAAGTTTCACAGAACTGTAGTTAGTAATGGCATCAAATTTCTGGATAGGGAAAATTAAATTTGTCCCTGTAAGAAATTGAAAAGCTTGCCTGGTGTGGTGACTCATGCTTGTAATCCCAGCATTTTGGGATGCCAAGGTGAGCGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACAAGCTTCGTCAACATGGTGAAACCTTTTCTGTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCGGATGCCTGTAATCCCAGCTACTTTGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAAGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGAGAGACTCTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAAGAAAGAAAGAAATTGCAAAGCTGAGAGCCTCCATTATGTACCACCATGCCTCCAGACTGGCAAGCCGTATCTCACTTCATGAGACATCACTGGAAACATGGGCAAGAGAAAGAGGCTACATTAGACTTAGAGAATATATCTCTTATTGCTGGTTTTTGTCACCCCAAAATGGCATGCTGCTTCAGTGTCATCTCTATACCAAACAGTATAAACAAGACGAGACAAACAGCAAGTGCATAGAATCTTCATCCCCGAAGCTGGGAATTAGTTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTCTCTCTCTCAACCACCTTTAATATTTACTACAAATGAAGATAATATATTAATAAATTACTCAATGGGCTCCCTCTCAAAGACTTTTGGTTGGTATTTTCTGTCTTAATAGGACTTTAAAACTTTCATGTATTTCTTTGCTTGGCTCAGGACAAAGTAACATTTTATTCTAAAACATGCTTTAACTTCCTTTCTCAAAGATCCTTGCTACAGTCTGATAAATATTTCTCATAGTAATTCTCTGTTTTGCTAGTACTTTTGAAGAAAATCAGAATTATGAGAAGGGCAGTTTCTCAAGCCCATTGAAATGTGTACTTGTCACATGAAAAATACGACATTTCTCTGATTTTTTAGAAAATGTTAAATCCAGGTTTATGAGCTCAAAATAAAATGCCCTTGATGGTCAATGTGTTGAGAATTTGAAACAAACCTGTAAAAAATTTTCTTCCTGTATTATATGGATTCAAAGTCCAAACTTTTCCTCTATTTTTCTTTGGTTCAAGCAAAAGTCTTGTGACGTGATATTTTAGCTACTCCTTAAAGTCAAGTGATACTTTTCACCAGAAAAATCTTTTTGTTTTAAAAATATATATCCAGATGACTTCACATAGTGGGTTGACTCTAGTGAACAATATAATGTGCTTTAAAGCAGGTCCAATTTTCAATAGACTATCCTTTATATTTAGATATAACCACTTGTTTCTTATTCTTTAAATGTACTTTCACTGACGTGAGGTTCAGACTATTGTGGAATGAAAGTTTATCCAGCTTTCCTTACCTTTTGATGTGATCGCATTTGTGGTTTTCCATGTGAGAAACATCTTTTGGTTGGTAGTTAATCTCTTTTATCCTCATTACAGTAGAAACTCTGGCAGAAAGTGTATGACTTACAGAATTCTAAAACTACTGATACTAATAAGGCTCCCAAAGCCACTTCCTTTTTGTGGTATCTGTTAAAGGCTTTAAAGCATCATGACCAGGAACTGTGAAAATTTAGTACGTGGTAGAGTATCCATTGGCAAAAAGAGACCCAAAGAGCAGGTTACTAAGGTCTGAGTCCTGAGCTGGCACCCATGCAGCCTTTGACACCCCCCATTCTGAGTTATTTTCCATCCTGTGCTGTAATGTGTCAGAGAAGCCTAGAAACCCTTTTTTCATGGAATTTTGAATAGAAATTATATTTTCTCAATTATATCATTCACTTTTTGTTGTCAAAAATATTTTATCTCGTTTAACTGACAGTAGAATCTAAGAACTAACGGCAAATTCTGTCTTATCTGGAGGATGTCTAATTTTGATCCTGATGTCATACATGCATGTGACAAGAGCCTCTGCAGCTTATTAAATGGGCTGGTGAAAATAGGGCTCATTAACGACCACATTGCATCAGAATAGGTTAGCAACTGCTACGTTTTTTAAACTGATGCCCAAGATCAGTGTGTCTGGAGGTCCTTGGCAATGTTAGGAAAAGCAGCACTTAGCTTTGCCTTGGTGACAGAGGCTAGTCTCTGGGACTATCCGCTCTACCCCCCAACACCCACCCCTGCACTCCCCCACCACCTTTTTCTATCCCAGATTCTTTCTTTGCTCTGATTGCCTAGGCTTAGGCTCTCTCATGACTTCTTGGAAATATTATTCATAAAAACAACTTTAGCCTGGGCGTGGTGGCTCAGGCCTATAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGAGCAGATCACTTGAGCTCGGGAGCTCAAGATCGGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGTTGGGTATGGTAACGCACACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTCAACCTGCGACGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAACACTCTGTCTCAAAAAAAACAACCACTATTTTAGTGACATTAAAAAGTAATAGTTTCATAGTTTACTTAGCATCATGACAGTACCAGGTCACTTTTTGCCCTCTTGAAATATTACTTCCTTATATTTTAAATTTTAACTCCTCAGGGACAGGGACACTCTTATCTATCTTGTACTCCTAGGTCATTATGGAGTTCCTGGCATATAATAGATATGCAACATATGTTTATTACAATGACAGATAACAGATGCATAATACATGTTTGTTACAATGAAAGCTTAAAATTGATTGGCCTCCACAAAAGCGAACTTAACAAGTAATTCCGAACAATGGATCCTAGAGGTCTTGAGCTGGTTATAAAATTTCTGCTTCATAGTTTGCTGAAATCTAATCTGATACCAAAACTATGGTTATGATGAAGAGGGAAAAAAACCCAGACATTTAATAGGTTATTGTTTTGTAACCAAACAACCAAAGCAGAGTCAGGAGGAAGCACATCTATGGATCAAGTTGATATTATGAATCTTTTTATTTATGACTTGGTGACTAATAGTGCCACTTGGCACACATTCATTTATCAAAAGGTTATGGAACACCTCCCACGTTTCAAAGTATTGTGCACACAGTAATTGCACATGTGTAGAGACCAGTATATCTCTGTCCTACAATCTCCTACATATAGGATCTGTTATTCTATCTTTCAAAAAATAAGAGTTCATTGGAATTGGGAATACCAGCCTCAGAATTCTGGAATTCTCACTACAAGAGAGCCTAGAGGCCATCTAGTCCAAAACCAATTTTACAGATGAAGAAACCAAGTCTCAGAGAGATTAAATAACTAGTCCAAGGTCATGCAGCTCATTCTGAGTTTCTGAAAACTGAACCTAGATCTTCCAACACCAAGCCCAGTGCTGCCCTTTTTCATTGACTTTGTTTGGCAAAAGAGACTGGAAGGCAGGTAGAGCTTAAGGAAAAGTTAATTTGGAAAGCAGGAGAGCATACACTTGTCATATAAAAGGAACTTAAAGTAGAAGAAAGTGAGTCATACAGATAGAGGAGTTAAAAATACGAGTTAGGGCTCTCAACACATCATGTGCACACTGTCATCTTTTCTCATGGAAGGAGAAAAGAAAAGGGAGGAAAGTTGCTTTGCTCTGACCTGTAAGTAGTATGTGCTGAGAAGTGTGGCAGGCACAAACCCGGGCGCCATAGACACGCGCTCACACCAGCTCTCAGAGCTGGCAGCGTGCCACAGATGGCAGAAGCTCCGGCACTTCTTACCTGATGGTGCCGGGTGGTGGTGACAACTGAGAAGGGCTGTTTCTAGCTTGAATTGGAGGAAAAACAATTTAAAAAACACACTCTTAGAATGTGTCTAAGTTATTGACCACTTAGAAAGTTGTACAGGAGGCCCCATAGAAAAATGGAGTTTTATTACTTTATTACTTGGAGAAGAGTTATAAAACCAAGGGTGCGGTCCATTGTCAAGTGTTTCATAAATTTATATTAAGGGCCGAAGTTAACAGTAAAAATGTATGGATACTTACAGCCCAGGGCCTCAGTAGCTGGCTATGGGCTGCCCTTTGTGTCAGCAGTGGGGAGGGTCACATAGAAGCCTCAGATGAGGAGGGTTTTGCTGTGTGCTGCAAGTATCAGGGAGAAAGCATTTCTGCCCTCTCTGGAACATGGTGTGAACTTCATCCCTGTAATGATATTGTTTGAATTTTCCATGAAAAATTGTCAGCATGAGAGTAAGAAAAGTGTACGATGGGAAAATATTGAACCAAACAGACAAAAATGGTAGAGTCACATGACCAGTTTACTCATTGGTAAAGTTAATGAGAGGGTGAGATTAAACAGAAATTGGTAAAGTTAATGAGAGGGTGAGATTAAACAGAGGGTGAGATTAAACTTGGGAATGAGTTTGTCTGAGGAGTGAGGTGAAGCATCATTCCTCTGATGCACAGGGTAAGGGTTTGTCTGTAAAGAGATAGCACAGGTGTCTGGAGAGCAGCGTGCATGGTAACCTGTCCTCCAGGCCAGTGGAGCTGTCTGTCTAACCTGGCCAAGGTACAGTCTTCATCAAAGGTCAGGATCCAGTCCATGCACAAGGGAGGAGCCATT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Seq C2 exon
CATTGAAAGCCGAAAAGAGAAGAAAGCTGACTCAGGGAAAGGTGTTGACAGGGAGACTTGTCTATGACTCGATCTTCAATTTATTTTTTACATATATATGAGAAGAGTGTCACAATTATTAATAAAACTGCTTTGATCATGTATTGTAAATTCTGTCCCTCAACCCAAATCCACCTTCATACTGTAAGTAGTGCAATACTTGTTTCATTTCTGTGTTTAAACTTCTGAGCAGTGAGACATCCCTGTGAGCAGATACAATAGCCAATGCAAGAATCTGTGTGTTCCTTGCTGTACGTTAGACATTTGTAAACTGGATTCTGATTGTCAGTTTTATGAGAGCAATAGCTTCCTTAAAGAGATAAGTCATATTTACCTAGTTTGTATTTTCCTACTTTAGTGACCTGAAGATGCCTGATAATTTCATTCAGAAGAATTTTTGAAAGGTAGTCTTACTTCTTTTTAGTTTTTATAGCTTAGCATTAGTGACTTATTTCAAAAGACCCAAATCAAAAAGTTAGTTTGAAAGCATTTTTTAATAATTGTATTTATGCATTTCCTTGATTTAATATGATAAATTTAATACTTAACAATTTATATGTAACTAAAACTTAAAGTCATTTGAAAAATATATAGAAACCTATTTACAACTTGTTAAGGACAATCAGACATAATGCAGAGTTAAGTAGTATTTGCTTAAAATTCAAGTTGTGACTAATGATCAAATACTAGGCTTGTACGAAATGCTTTAGAAAAACTTTGTAACAGTTTTGTGGGATTTTTCAATATAAACCTTTATCAGAAATATACTAAGTTTGTCTCCCACTGACAACAGATGTTTTCCAAATAAACATATTCTATACATACTTGTGGAATGCCACATGGTGAATCATTGTATATGAAATTCCACTCCTGTACAGTTACTCTGCAGCTAATGGTCATGCACTGCTTAATGCTGGTCCTGAATCATGTTCTCATGTTAGACCAACAGCTCTCCAATTGTCATTTTTTTTCTGCAGAGTTTTTTTTTTCCACTTTTAAATTAAATGCATGTTGTGGAAAAACAGTCTTTTAAAATGAAATTTCAGATTCCATTTGAGAAGGTTCTGTAGATATTTCAGTCCATATAAAATAATACATCTTTACTAAACTTATATAAGGGGAGAGAAAGTTATGAAGTTTTGGACATTACTAAAAGTACAGTATTTGATTTCACTTTCAATGAATGTGAAGTTAATAAAACTAAATCTCATAATGCTCTTGGTTCCTAAGAATGAGTAGTAATCATCAACTTTATAATACTCCAATATTCCGTTTTATAATAATTCAGAGCCCTGTGGCTTTTACACACCGTTAATTATGTACTCTGTTGGAAGTGCACATGAAAAGTGAAGAAAAGTTCCTCTTGTGATTAAACTAATGGGAGGAAATAAATCAACAAAGTCTCCATTAAGTTCTACATTTTGAGACCTTTTAAAAATTCCCCTCACAATTCTTTAAGGAGCCCCCCTTTTTATGGAACATGAGCCTAAAAATTATAGAAAGAAGAATTTTAAGTTAATAAAGTTTGTATTTATAAATGCTGAAAAAATACAGAAACTTTCTGTTCCAAATGTGTTGCCTTTGTGTATTTTATAATACAGATACTACATTGTAAACATTTCCATTGTTTTATGATTTAGCCAGTGATTCCCCAAAGCAGCCTCTTAGTGTTTTAATATATTAATAACTGTTTTGTTAAAAATGATCATAGTGAATTTAAATCTTCACATGATCACCTATTTGAATAAGCAATCATATCCAATGAAATTCTGTATTTCTGAGTATTTTTATAGTCATTTTGTTCTTGTGTGAATTTTAAAGCTATCCCTATGTTAATCCTAATATTTTGAAATCATATAAAATATAATAAAAATGTAGTATTATATATTTACTTCTAATTTCAGATTCCTGGTCAAAATTACTAAATATCTTGAATGTAATTTAGTGCCAAGTTTAAATAATGTGTAAATGTGACTAGGATATTGTGTTTTTCACAATTAAGAAATGTTATGTGGAAATAAATATTTATCCTAACTTCCTTGCACATTTTAAATTGTGATACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144290:ENST00000415876:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains