MmuINT0147095 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026904 | Slc4a10
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter-like, member 10 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2150150]
Coordinates
chr2:62155533-62164800:+
Coord C1 exon
chr2:62155533-62155571
Coord A exon
chr2:62155572-62162781
Coord C2 exon
chr2:62162782-62164800
Length
7210 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CTTTTTGTCTTTCCCTTTAGCAA
3' ss Score
10.64
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCCCTTCCTAATCACTCTAGAAGCTGATTCCCCAAAG
Seq A exon
GTAAGATCTTTCCCTCAAACCTATTCCCTGGTTGCATTTCCTTATGTTAAGTGGTGTCTTCTGGAAACCCGGTCAGCCTGTGTCATCTGTGTGAGTTTTGGGGAGGCAAAAGGTCTGGAGAGTCTTGGACGCCCATCCAATGCCAGACTGATGTATATGGTAGTTTATGTCTACTCAGTTCTTTAAGGGACTCTGAAGGATGAGGAAACATTTTCTTCCCTTAATGTATGCAAGTGCATCACATATAAAACAACAGACCTTACAGAACCATATTCAGCAAGCAATGGTAGCAAATTCCTAGATTGGGAAAAGAAAATGTGTCCCTTTAATTGTGCAAATTGCAAATCTGGGGGCTTCCATTCCTATTGCTGTGGTAAATTCAATCTTTCAAACGTCAGGAAACACAATTGGAGCCATGGGCTAGATAGAGAGACTATGTTAGTCTTGGTGGGGGAACCTCTTATTGAAAGTTTTTGTCACCCCAAAATGGCATGCTGCTTCAATGTCTTCTCTGTAGCAAACAGAGTAACCAAGACAGCAACCACCATCACCCCAGAAGCTGGAGTGATCTTTCCTTCCTCTCTCCCTCCTTTCCCTCTCCCATTGCTTGACTAAATCCTGCTGATTGCTTTCTCTAAATTTCTTTAAAATTTAGGCCAAAGGAAGTTGGCACAAGCTTCTTCACAGATTATTTCTAAGACTTTTGAATGATGTCTTTGAACAGGCCTTCAAAACCAGCATGTAGTCCCTTGCTTGGAATGAGGGGCAGTAATGTTCATTCTAAAACATGATTTAGCATTCTTCCTTCAAAATCCTAGGTAGAGACCCTTGGAGTCATCCTCACAGCCATTGTGTTTTGTCAGAACTCCTAACAGAAATCAGAGTAATATGAGAGCAATTTGAGACCATGGACAGTAAAATTTAATATTTTTCCCATTTATTTTAAAATATGAAATCTAGATTGGTGGACTCAAAGTAAAATACCAGTCATGGGAACTAGGTGGAGAATTTGAGACAAACTTAAAGATGTTTTTCATAGTGAACTATGGGGGCCCACAGTCTAAACTTTTCCTGGTTTTTCTTTGTATTGAGAAAAGATTTTATAATGTGATACTGTATGTACTTCTTAAAGTCAATATTAGAGTCAAATAGTGCCCTTTACTGGAAAACCTAGTTGTTTTAAAAGTCTGGTTCTAAGGAGATCATTATTCATACTGACGTAGTTGTGTGTTTCTTGTTTTTTTTTTTAAACACATATTCACACTGATATAACTTCAATTATAGAATGAAAGTTAAATCTAGCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACCTATGCTTTTATTGCTCTGCCTAGTACCTTTCTGCACTATTTGATGTGATATAGTTTATATCTGTTAGTTGGTAGTGTCTTCCATCTCCCAACAGTACAAACACCGAAAGAAAGGAAGTGGCTTTGAGAAATTCTAAAATCATCGATATTAATAGCAATGATACACTTCCAAAGCAACTGCTTTCCTTCAACATCTGCTGAAGACAGTGAAATGTGACAAAGGAACTCTGTGCATTTGCTGGATGGCAGACAACCTACTTGTCAAAACCAGCAAAGACCTTCAGATGAGGTTGCTGAGAGCCCATCTCTCTTGTGACCCAAGCTGGCTCCACATAGCTTCTGGTCTACCCCTTCCCCCAGTTATTTTCCATTTTGTTCCTTTCCATATCGTCCCTCAGGAGCTTAATCACCTGTGCAGAGTAGGTTTAGAACAGCAGTGTCTTATCATTTTATCTTGCATTTTGTTTTTAGAAATATCATATATAGTTTGACCAGGAGTAGAGGCCAGGAGCTGACTGTGGTCCCAGCTCATCTTGAGGATGTCTGCTTTGGTCCTGGTAGAGCAGTGCTGTGCATACATACTAAAAACTCCTCTACAGCCTCTTATGTTATAGACTGACATTTTATTTTCATTTTATGACTGCCTTGCTGGGTAACTAACATGAAATACGTAAACTATAAAGTTCTAAGAACTAACACTTAAAGTCCAAGAAAGTCATGAGATAAAAACTGGGTGCAGGCTCTAAGAGTCACAAGTGGTTCATATCTTGCACTTGTAAGAACTCTTTCAAGCACGTTAGAAGACTCTCCTGGGGAACTCTTTATCAGTCACTCCAAAAGTCGCCCAGCTCATCCTGACATGGCAAAGACTTAAAGGCCTCAACTAAAAGCACTAAGAGAATTCTTTTCCTATTTGCTACACATTCTGTGTAAGAATGATATTTTAAAATCTCAAATAATAATAAGATATGTTTATAATCATACTAAGTTCTCTGCATGACTTGTATCCTGCAAAAGCCACCAGTGTTGAATGTATACAGTATGTGGTGATTAGAATCTGTACCTTTGTCTGAACAGGCTAGCTAGTAGGTAGCCTGGCTCTCCTGTGACTACTCAGCTTTGAATTATGTTACATGTGTGTGATTCCTATGTGTCAACTGCTGTCAATAATTCAAAGAATCATATATATATATATATATATATATATATAATTTGCAAAGTTGATCTCATGAAATATTTTAGTTCATAATTTTTCATTAACAGTGTGTGATTAATATTTTATAAACCATATTTAATTTTGTAAAATTATATGCCATCTAGCTGTTACATAATTATTTAGTTTCCTACTGTTACACACTTACTTAGACTGCCTCCAATTTTTTTATTTTGATTTTTAAAAGATTTATCATCTTCCCCCTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCTTTCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCTTCCTCATCATCATCATTAACGAGACAGGGCCTCACTATGTAGTTTTCATTGACCTGGAACTGATAAGTAGAAGAGGCTGGCCTAGAACTTGCAGAGATCTGTCTGCCTTTGATTCCTGTGTCTTGGGATCCAAGGTGTCAAAGGTGTGTGCTGCTACGCCTGGCTCAATTTGTTTTATTTTTAATTTTGTGTACGTGTCTGTGTGTAGGTATATGCTTATGAGTGCTGGTGCTCAAGGAGGTCAGAAGAGGGCATGCTAGAGTTAGAGGTGATTCTGAGCCAACTTATGTGGGTGCTGGCAACCCAACTTGGGACCTCTTCAAGAACAGTGTGTACTCTAATTCTCTCAGTCACAGAGCCAACTTTCCAGCACCTTTTTTGCTTTTATACTTATATTTGATACTATAATAATCAATTTCAATAAGATAAAACAAAAGCCAACACATTGGAATTGAAAAAACAAACCAACAGAAGGGAGGGAGCCCAGAGAAGGCACAGGAATCAGACCTCCATTTGACCACACTCAGCAATCCCATTACAAACACTTACCTGAAAGCCGTGACATTTACTCAGAGGACCTACCTGGTGCAGACCCGTGCAAGCCCTGCACAAGGTGCTTCAGTCTCTGTGAGTTCATATGAGCTTTGCTCATAATTTATTTAGATGACTTTGTTTTCTTAGTGTCCTTCATCCCGTCTGGTTCTTACACCCACCCTTTCTGCCTCTTCTACAGAATTTCCAGAGCCCTGAGGGGAGGGATTTGATAGAAGCATCCTGTTTTAGGCTGAGTGTTCCAAAGGTCTCTCTCTCTCTGCGTGATATCTGGCTGTGGGTCTCTGTATTTGTTCCTATCTGCTGCTGGTAGAAGCATCTCTGAAGATGGCTGAGCAAGGCACTGATCTGAGTATAGTAGTATGTCATTGTTAGTGAGTTTATTGTAACATTGTTTTTGTTTTATTTTGTTTTATTTGTTTCTTTATTTTATTTTTGAATACTAGTATTTTGTTTTAGACCAGGTTGCTAGGCTATTTAGTCACAGGTTTTTGGTCACCCAAGCAGTGTTGGATATAAGTTCCTTATTAACTGGTTACTTCCATCAGCTTTGTGCCACCATCCCCTAGCATATCTTGTAGATTAAAGAGTTTGTGCCCAGATTGGTGTTTGTGTTTCTCTTTTGGTAGCTTGCCGAGTACCTTCCTACACCAAAGACACTAGAATGTAAGGGTAAAAACTCTATGTAGACACCAGCTTCCTCTATAGCTTGATAGAAAAAGTTCTCTCAAAAACCACATTTAATTCACAATTAGTGAATAAGTGCAATGCTTTCTATAATGGATTCCTAAGTGTACTTCTTGCAGTGGTACCTATCAGTGCTGGGAAAAGTAGCATTCTTCAGTGTCATTAAAATATTTTTATGAATTCTTTATTCTTTGAGATTTTATACAATGTCTTTTGGTTGTCACGTTCATACCCAACCTTCCCCCAACTCCTTTCTGATATATTCCCAGATCCTTACTCTGAACTTTGTCTCCTCTTTTATTTATTAAGCCATGGACTCCTGGGTGTGGGGTCATCCACTGGAGCATGGTGGGCCATGGAGCAGGCCAGCCTCCTGCTTCTGCGTCTTTTCCCTCTCACATCTCTGCTTCCTACAGCCTCCTCCTATCGGGGAGTCTCCTTTGCATTGATTTCTTAGTCCTGAGCCTTTCCCCAGCCTCTTGGCATATACTTGTCAAAACAATATTTGAGTGCCACTGAAGAAGCTTCACCATAGTCTGCTCAGTCGCCTGCCAAAGTGGTCCTTTTCCTTTACTCTTGAAATGCCACTTTCATCTCTTTATGTTTTTCGTTATTTTATTTTTTGACATTATAATACGATTATATAATTTCCCCCATCCTTATCTTTCTTTGCAAACCCTTGTATACCTCTTCCCACTCTCTTTCAAATTCATGGCTATATTTCTATATCTTCCCAGGTCTGACAACATATGTTTATTACAGTAAGAAATAACACATATGCGATATATATTTGTTTAAGTGAAAGCTTAAAGTTGATTAGCATCTAAAAAATGGATGTAATAAGGAACCCAGAGAGAGAAAGAAAGAGAGCATTATATAGTTGGAAAATCCAAATAAAACATTTTCATAGAGGTCTTTGAGC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Seq C2 exon
CAATGAAAGCCGAAAGGAGAAGAAAGCTGACTCAGGGAAAGGCGTTGACAGGGAGACTTGTCTATGACTTGATCTTCAATTTATTTTTTACATATATATATATGAGAAGAGTGTCACAATTATTAACAAAACTGCTTTGATCATGTAATTGTAAACCCTCTCTCCCATCCCACCTTCATACTGTAAGTAGTGCAAGCCTTCATTCTATTTCTGTGTTCAGCCTCTGAGCAGGTCGACACCCTTGTAAGCAGATCCAATAGCTAATGCAAGAGTCTCCAGTGTTACTGCCGTAAGACATTCGCCAACACAGGATTCTCATTGTTGACATTAAGAGAACAAAGCTTTCTTTAAAAGATAAGTCATATTTGCCTAGTTTGTATTTTCCTACCTTAGTAACCTGAAGATGCCTGATAATTTTATTCAGAAGAATTTTGAAAGGTAGTCGTACTTTTTATTTTTTATGGCTTAGCATTCGTTACTGGTTTTGAAAGACCCAAATCAAAAAGTTACTCTGAAAGCATTTTTAATAATTGTATTTATGTATTTCCTTGACTTAATATGAAACATTTAATACTTAATAACTGTTACTTCAAGTCATTTGAGAAAGAGACCTGTTCATATCTTCTTAAAAGACATACTGCAAAGAGTCAAGTAGTGTTCACTTAGAATTCAAGTTGTAACCATGCAGTCAAAAACTAGGCTTGTATTAAATGCTTTAGAGATATTTGAAGAGTTTTGTGGGGCTTTTCATTTTAAATCTTTACCAGAAATATGCTACTGAGTTTCTCTCCCATTGACAAGGGTTGCTTCCCGAATAAGCCTATGACATACATACTTACGGAATGCCACATGGTGCAACATTGTACATTTGATGCCAGCCCTGGCAGCTGTTCTGCTGACCATGGTCATGTGCTGCTAAGTTTGGTTCCTATCATGTTGTCATGTTAGACCAACAGGTCTCCAACTGTATTTTGTTTTTTTTGCAAAGCTCTTTTCCACATTTTAACTAAATGCATGTTGTGGAAAAATAGTCTTTGAAATAAAATTTCAGATTTTGTTAGAAAAGGTTATGTAAATACTTCAGTCCATATGAAACAGTTCAACTTTATTGAAACAGGAAGGAGATTATGGATTTTTGAGTATTACTAAATATAAATTTCATTTAATTTTCAATAAATGTGCTTTAATACAAAACAAAATATCATAGGGGTCTTAGTTCCTAAAAAAGTATCAATGATTAACAACCTTATAATCTTTCAATGTCCAGGTTTAGAAAAATTCAGAGCCTTCTGGGTTTTATAAATTACATGTACTCTGTGTAAATACACATAATTAGAAAAATCCTCTTTGCTTTTAAGCTAATGAAGACGAGAGACAACAGAGCCTACATAACCTTAATATTCTGATATCTTTGAACAAAAAATTTCCTCAGAATCCTTTCAGGAGCCATTTTTTTAATGAGATATGAGCCAAAATTGTGAGAAGAATTTTCAGTTCGTAAAGTCTGTATTTATAAATGGTAAAGAAAAATGCAAAAGTGTCTTTTCCAAATGTGCTACCTTTGTGTATGTTGTAATAGCGACACTCTCTCTAAACATTCTCGCTGTCTATGACTTAGCAGGCCAATCCCCAAAGCACTCTCCTGGTGTCTCTAGAGTGTGATGTCTGTTCTGTTGAAATGACCAGTGAGTGACACTTCACATGATCACTGGTTTAAACAGGCAATCAGCCTATGAAATTCTGTATTTCTGAATATTTTTATAGTAATTTTGTTCTTGTGTGAATTTTAATGCTATCTCTATCTTAATCTTAATATTTTGAAATCACATAAAATATAAGAAAATGTAGTATTCTATATTTACTCCTAATTTCAGATTCCTGGTCAAAATTACTGAATATCTTGAATGTAATTTATTGCAATGTTTAAGTACTGTGTAAATGTGACAGGATATTGTGTTTTTCAAAACTAAGAAATGTTATGTGGAAATAAATATTTATCCTACCTACTTTTCATGCTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026904-Slc4a10:NM_033552:25
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: