GgaINT0048929 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011120 | SLC4A10
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate transporter, member 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13811]
Coordinates
chr7:20678066-20684780:-
Coord C1 exon
chr7:20684664-20684780
Coord A exon
chr7:20680356-20684663
Coord C2 exon
chr7:20678066-20680355
Length
4308 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTTA
5' ss Score
0.84
3' ss Seq
TTTCCCTCTTCTTTTTCTAGTGC
3' ss Score
11.44
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATGATCCATCTGTGATAAACATTTCTGATGAGATGGCAAAAACTGCTGTGTGGAAGACGCTGTTGATATCCTCGGAGAATGCAAAAGATAAGGAGTCAAGCTTTCCTTCTAAAAG
Seq A exon
GTTTTAATTTTTTTTTCCTACTATGTTGTGTTTTACATATTAGATTCAAACCAATATTAGAACATTTTGCTAGGGATCAGAAAGATTTCTAGCATCTTGCAGTTTTAGTTCTTGAGGTTTCCTTTTGCTTCTGTCCAGTCAAATATTCTAAGGTCCAAACACAGATTCACTATGTGTGTTTGTTAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAAAAAACCCACCACGACACAAATATTTGCATGCAACTTAGTTATGCTACAGTGGAAAATGAAGTTGAGCATGCTTGATGCTTGTGTAATGAACCACCAGCCTACACCCGGATATTGCACAACAGCTGTTCTGTTTGTTCTGCTTGCTTTTGTTCTCCCCTCTTGAAAAAGAAGTGGTCATCACTGCCCTGGAAATAGCTATCTGAAGAGCCCAGTATTTTGATGTGATCTACTAATATTGGAGTGAAAATAATTTAAAGATTGCATCACTTCTGGTCACTTTTTTTCACGCCTACTTCAACTGTACTCAAAATACTTAAGTATCTTTTAAGTTTAATCCACAAAAAATGTAAAATGAACCAATGATATTTTGTATAGAGAAGTATAATGGGAATAAGGAAGTATAAGTGCAGTGCTATTGTAAATAAGATTTTCCAATTCTATAAATTTAAAATGTAACAGTATTTTCTACTTAATTGTTTCATATCACATTTCTGTCATAAGCTCCCCTTCCTAATCTATCTAGAAGCTGATTCCCCAAAGGTAAGACCCTGTCCCCCAAACTTTTCCTTGGTTGTATCTTCCAATTCAAAGTGGTGTTGTCTAGGAACCCAAGTGACTTGACTTTGTGTAATTTTTGGGGAGACAGAATGAAAAGAAATTTGGAATAGGAATGTGCAAACGTTTTCTTCAAATCCCTTTACCGTTATAAAATTTGAATTTTATTATATTAAAAGTAGAAACTGTAGATGTTAAATGCTAAATTGAACTTTTTGTCAGTAGCACTGGCTTTTTTTTAAAATGCAAAGTGATATTCTGCCTGATATATAAGTGATATTCTGAAGTCTCATGTTCAAAACAAGTTCCATGTTTGAAATATCTAGTCATTGTTTTATGGTGAAGAGATGCACTAAGGGAAAACAATTTGTACTGAAATACTGCTTTTTAATTTTGTCACCCCAAAATGGCATGCTGCCTTTCAGTGTTATTCCTTTCCCTAAACAGCATAAACAAGATGAACAGTGGATGACTACAGAATCTTCGTTTCAAACAACCATGGATCAGCACATTAATTTTAATGCTATTTTACTGACAGACAAAATAACGATCTAGTTCTGCTTTGTCCTCTGCCCTATGTGTGGGCTAAAACAATCCTGTCACAGTGGTATTGGTGTGGCACACAAGAGGAGGATGTACAATATGATTTTCTTACCTTACATGCCTCTGCTGCCCAGGCAGTGCAAGACTGGAGAAAGAGAAGAAACTGATGTGGGTACATTCACTGCCTGTGGGTATTCAGGAGTTGCAATTTTTCTGATAGATATTATCTTCTTTGATGATATGATAAATTATGTAGACTTGTAATTCTTTACCTGAGATTTTCAAGGATACTCTGAGCAAAGAGCAATCTACATAGGCTGCGGCTCAGACAACAGTGGTAAAAGATGGTTTTGCTTTGAGCTACTATTTTGCTGCAGTGTAACTTTCTCAAAAGCTTCTTTGGTTCAACCTAGATTTTTATTCTTTTCCTGTATCTTTGCTCACAAAACCAAGGACTCAAGTGAAAAGGATCACTGATAGATTTTAGCTATGAATGCCCTGTTGCAAATGAATAACCTTGTGAGGAATCTGAAATCCTTTTTCATGTGCTCTAGCTTGTCTCAGATTCCCAGATGGAAGTAAATTCAAAGAACTTTGAATGTGGAGGGCTTGCTTGTTATAACAGACAATATAAGACAGATCTTATGTTAGAGAGGCAACTAAAAAAAAACATTAAAGTCCTGAATGCACATATGATTACATTAAAAATAACTTTGTCCTAGGTAAGCACTGAAAAAAAGGAAAGCTTAGGATGGTAGCAGTCATAAAGATAATTTTTTTGTAAATGACCAAATACCACACAATTGCCTTCACTGAGGAGTGTCTTACCATAGGAAGGTGGGTGGGAAAACATTTTATTGTTTTGTAATTAATGGTATTTTTAGATACTGGTATAAGAAAGTATATGTGACAGTAGGAAAAGGACTACTATGTACTTCTGTAGTTGAACTTTAAAAATTATGATAGTGTGTTATTATTTCATGTAATGCCTTCTAAACTGGGGAATGATCAATTAACAATGTAGAACTATTTTCAAAATATATCAAATCTGAAAGTACTTCCCACTAATTAAATACTGAGTTGACTTGAGCAATGACAGACCGGTCAGTAATAAGCTACAGTGATCTCAGAGATTTTAGGCAGGTAGGGGTTGCAGAAACAACTCAGCCTGATCTGTGTCTGCTGTAAGCTCTGCCCTGCCCCTAGCTCTTTGAAACAATGGGGAAACAAAGGAGTATGTGACAATTCTAACATCACAGACTCTCAATGGTATTAAACATCTGAAGAGGTTACTTGCTTGAGATTTACTTAGCAGCCATCTAACCATGCAGGCAGCTGAGCTCTACCTTGATACCTTAACTGTTTGTTATTAAAGTGCCTAGGGATCTGAAAGTCTGCCTTTGAGTACAGCCTGACCTGATAGGTGCCCTGGTGCTCAATTCTATCTTCTGCCTTTGCCTATAATATTAAATCTGTCAGGCAGCAATTTCAAAACATATGGAGAAGATCTGACCATAGTTCTAGCTGTCCTAACCCACATCTGTAGGAGATGCAAATCCTAAATAGAAGGAAGATTTTCCTGGTATCAGAGGCAGCTAAAGCCTGAAAATAGTGTAGTCCTTAAAGCACACAACATATCCTCAGCGTTTGCTCTTGCTAAGCATAGGTAACTGCCAGCTGTACTGTTGCATTTTAAATTAATCCCCAGGAATTTGTTTGCATGTCCTTTGTGTGCAGGGAGTGTGTACGTACCCAGTCCTATCACTGTTCTACAGAAGGTGACAGATTTGGCAGTTGAAGTGGCAGAAGTTGGTATCCTTCAGTTATTTCCATTAACACCTCTAGAAGCAGCCATAGGCAGAGAAGTAAGCTTTGGCTGAATAGAATTGTATCCTTAAAGCAATTTTAATGTGAAGAAAAATGTCAGATGATTGTAAAATTGTTCATGATCACCTTAAGAATTTGAGAATTGATCTTGCTTTCTTTTACGCCTTGTTTAACTTAGCTTATTTCTCATTCATTCTAGTTAAGGAATTATTCCCATGAAAACTGGTAGGTTGTGCTTGATAGAGGTTTGTTCTCAGAAACATCTGTTTAGATACCCTGCCCCTCTTTGTTGAAGGCTTGATTTGCCTTTGTTGTGGCATTTCTTGTATTCTTGCTTTCTTGTAGCATGACTAAAACTCACTGTAACAACTGGGCTTGTTATTTTAATTTACATATTTATGCTGTTGTAAATTAGGACTTTCTTCACAAAAAAGAGTATCATCTGCTTTGCACATATATTGTTTTCTTGTAGGCAAATCAACAGTGTTTTAATTGGGGAAAAAAAAAAAAAAACAGAATCCAAATTTGAACTCTGCTTCTATGTGATCGAACGTTTAGGATGATCAAAAATAAAATAAAATAAAAAATCAAACCACAAGCAAATACATTATTTCTTGTACGTGTATGTGAGCAAGTATATACTAAACTGAGATCCAAGCAGGGAATATTGTCATCTCCCTGCCCCACTGCCATCTCCTGCTCGCCCTGGGGAAGACTGAAAGCCAAATATTACAGCTATAAATTGGCTTACTCTGCTTTACTTCTGAAATGTTCCTTCCAAATGTATAAGCAACAGACTATGTGTTAAAGAAATACTTACTGTAACCTCTTGTTTGTGCCATTTAAGAAAATGCCGGTATTGTCTGGGAACTGTATGTTATCACTATTTAACTAACAGTTGTATTTGCCAAAAAAAAAGTGCCTACCTGCTTGCATGCTGGCTGACTTGTCTTTCTGTACATCTTAAGTTCTCCACTCACCTCATCACTAAACTGCTGACTGATGTCTTCTGCACCATTCAACTCAGCAGCTTTCACTTTTTTCCCAGTTTGTGTTATGCAGCATGTAAAATTAATTGCAATATCAGTGCAGTATTGGTTTTCAGATCTGTATATATATAAAATATATGTATGAGAGTGCGGCTGCAACATTTTTTTTTCCCTCTTCTTTTTCTAG
Seq C2 exon
TGCTGAAATCAGACAAGAGAAGAAAGCTGACTCAGGGAAAGGTGTCGACCGAGAGACTTGTCTGTGACTTGTTCTAAACTTATTTTTTTTTTTTTTACAAATGAATGAAAGGAGTGCCACAGCCACTAAATATAACTGATTTGATCTTGTAACTTTTGTCTTTCATCTCAAACTAGCACAGGTAATGTAATGCAATATTTGTCTCTTTACCCTTTGTCTAAATGTCTACATTGTCTGCTATCTGTGCAAAAGTCTGCAGTAGCCAATGCCAAAAATCTTCATTTCCTTTGCTGGCATTGGCCATTTATCAGTATTCATATCATGAATTTAACAAGCAAAGTTTCTTTCAAATTCAACTTACCTGTTAATAGGTTTGTACTGTATTTTGCTACTTTTCCTGCTTGATAAAACTTAATCTTCACTCAAGGTGAACTTGAAACAGTTGTTCCTTTTTTTTTTTTTAATCATTTTACTGGAGGAAGTGATTTTAGGAGACCCAACTTGACTAGTTGAGATTAAAGAAGTTTTTAAAGTGAGAACTGATCTGACCCTGTGAACAAACTCACAAGTGTAATCCTTTTCTCCTCAAACTGTCATTTTGAAGTCATGGATTACTCTTGCAATGGAGATTGCAGGTCAAATTCTGTATTTGTGCAGTTTTTCTTGATTTAATACAGTGTATTTAATATTCAAATTTGTATGTAACTGGAACATAGTCATATATTATATATATATTAAAAAATCTATTATAAACATTCCATCACCTTAGTTGAAAAATACCACCACATCCTTTGATGTGAAACATTGGTACAGTATTTGTAAAAATGCAATCTGTGATTACAGTATCTTGTATTGTACGAATGTCACCGTGGTAGGCCAAATAACTGCATTACATCATTACTGAATTCATTATTTTATAGTAGGAAAATTTTATAGATGCGAACTCTAACCCCCATGAAGTTATATCACCTGCCCAATGATTTTCCTTTTCTTTCCTAAAATGCATCCACTTAAGTTGTTGTTTCTATTGTTTTGTCTCTTCTAACAAATGTAGAACTCTTTAATTCCAGAGATTGCATGTACTTAAAGGGGTATCCTGCTATTGGTTTTGTTAGAGCCACTTTAACTATTCCATAAAGTACATATTGATAAAAAGATTAAAAACAGCATTGCAAAATAAAATGTGGCTTTAAAGCCCTTTGCAAACACATTTTTCATAACCAATTTTCTTATTACCTGATCCTTCAGGCTGTTCTTTTGTGTAAAACAAGGACTGTGAGATTAGGTATTGAATTAATAGACAATGTGGAACAAAAATTTTATGGATTATTTGCAATTTACTAATTTTTAAATTTTTTTAGATAAATTTTTAAACGATTAAATGAAGACCAACTGTCACTACTGCTTTGAATCCTAAGAATGAGAATCCACACTGCTGTGATCATTATAGCAACTTAGTGACAGGGCTTTATCATTCCCTAGCATTCCAAAACATGCTAACCTTCCCATAGCCCTCATGTGAATAACTTTTCATATGCAGTACATTTAAAGTATTCCTTCTAATGTTTTTGTGAAGGGTGTGTATTTACTTTTTACTACTTCAGCCATAAACGATAACTGCATTTTGCTGCAAACCATTAGGGTTACTGTTCTAAGTTTTTCCTAGCATTATCAAAACCCACTCAAAGGCCATTTTTATGGGGGAAAACATCTAATGGACACAAAGGAGGATTTACATTTAATTGTTTGCATTTATGAATTTAAGAAAAAAAAAATGCCGATACATTAAAGTTAAATGCTTTGTTTTGTGTACTCGATGATAAATTGTAAGATTTCTATTGTTTTAAGGCTAGTATAGAAGTTCAATACTGGTTTGTCCTGAAAGCAGCCTGGTGGTGTTTTAATATGTTGCTGACTTTGTTACAGATAATATATACAAACAAAATGTATTAGTTTCACTTGACCAACTCTTAGAATATTAAGAAATCAGTGTATTCAATGGCATTCTGTATTTTGTTCAGTATTCCAGAGTGTTTTATTTTTTTTAAACAAACAGCCACTCTATTCTTGTGTGAATTTATATGCTATTCCGATGTTAATCTCAACATTCTGAATCACACACAATATAAAGAAAATGTAGTGCTATATTTACTTCTAATTTCATATTCTTGCTCAAAATTACTTAAATTCTTGGATGTAATTTATTACAAGAGTTTATGTGTACATGTGAATAGACTATTGTGTTTTTCACAATTAAGAAATGTTATGTGAAAATAAATATTTATCCTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011120:ENSGALT00000018117:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.181 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]