Special

HsaINT0154536 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
slit guidance ligand 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11086]
Coordinates
chr4:20491761-20510566:+
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Length
18595 bp
Sequences
Splice sites
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Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000145147:ENST00000504154:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.006 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0146213=LRRNT=WD(100=59.6),PF138551=LRR_8=PU(8.2=10.6)
A:
NA
C2:
PF138551=LRR_8=FE(39.3=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains