RnoINT0139632 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003840 | Slit2
Description
slit guidance ligand 2 [Source:RGD Symbol;Acc:69310]
Coordinates
chr14:66935464-66955378:-
Coord C1 exon
chr14:66955240-66955378
Coord A exon
chr14:66935536-66955239
Coord C2 exon
chr14:66935464-66935535
Length
19704 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTATGT
5' ss Score
5.87
3' ss Seq
TGTTTCTTTTTTCATCGCAGACG
3' ss Score
10.31
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACGTTTGGAACAGAACTCCATAAGGGTCATCCCTCCAGGAGCATTCTCACCATACAAAAAGCTTCGACGACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003840:ENSRNOT00000005477:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0146213=LRRNT=WD(100=59.6),PF138551=LRR_8=PU(8.2=10.6)
A:
NA
C2:
PF138551=LRR_8=FE(39.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]