MmuINT0148335 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031558 | Slit2
Description
slit homolog 2 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1315205]
Coordinates
chr5:48192193-48210827:+
Coord C1 exon
chr5:48192193-48192331
Coord A exon
chr5:48192332-48210755
Coord C2 exon
chr5:48210756-48210827
Length
18424 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTATGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0146213=LRRNT=WD(100=59.6),PF138551=LRR_8=PU(8.2=10.6)
A:
NA
C2:
PF138551=LRR_8=FE(39.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types