HsaINT0157107 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000105866 | SP4
Description
Sp4 transcription factor [Source:HGNC Symbol;Acc:11209]
Coordinates
chr7:21468907-21516925:+
Coord C1 exon
chr7:21468907-21470461
Coord A exon
chr7:21470462-21516696
Coord C2 exon
chr7:21516697-21516925
Length
46235 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TTTTTTTTCTTCCTTTTTAGGTC
3' ss Score
14.78
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105866-SP4:NM_003112:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.492 A=NA C2=0.302
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF140161=DUF4232=PD(94.4=94.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)