RnoINT0141904 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005472 | Sp4
Description
Sp4 transcription factor [Source:RGD Symbol;Acc:3741]
Coordinates
chr6:146152740-146194664:-
Coord C1 exon
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Length
40138 bp
Sequences
Splice sites
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Seq C1 exon
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CTTTGTTTTTGTGTATTGTTAAAAAAGCAAAAACAAAACCTAACATTTTAAAGCTTTAAAATGTTTATGTGGATTTTTTCACCATTATTTTCAAAACAGAAAGCATTATAATGCTTTTTCTTTCTGTCGCTTTTTTAG
Seq C2 exon
GTCAGCAGCAAGGACAGGATGGAGTGAAAGTCCAGCAAGCTACTATAGCTCCTGTAACGGTGGCAGTTGGAGGGATCGCTAATGCGACAATAGGTGCTGTTAGTCCTGACCAACTCACACAAGTGCATTTGCAGCAAGGCCAGCAGACCTCTGATGCCGAGGTGCAACCTGGCAAGAGGCTTCGAAGAGTTGCCTGCTCGTGTCCTAACTGTAGGGAAGGAGAAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005472:ENSRNOT00000007625:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.525 A=NA C2=0.260
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]