HsaINT0157107 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000105866 | SP4
Description
Sp4 transcription factor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11209]
Coordinates
chr7:21429289-21477307:+
Coord C1 exon
chr7:21429289-21430843
Coord A exon
chr7:21430844-21477078
Coord C2 exon
chr7:21477079-21477307
Length
46235 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
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3' ss Score
14.78
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCAGCAGCAAGGACAAGATGGAGTAAAAGTCCAGCAAGCTACTATAGCTCCTGTAACTGTAGCAGTTGGAGGAATTGCTAATGCCACGATAGGTGCTGTTAGTCCTGACCAACTCACACAAGTGCATTTGCAGCAAGGCCAGCAGACTTCTGATCAAGAGGTACAACCTGGCAAGAGGCTTCGAAGAGTTGCCTGTTCCTGTCCTAATTGTAGGGAAGGAGAAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105866:ENST00000222584:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.493 A=NA C2=0.332
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains