HsaINT0163619 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000115183 | TANC1
Description
tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:29364]
Coordinates
chr2:159954149-159992809:+
Coord C1 exon
chr2:159954149-159954346
Coord A exon
chr2:159954347-159992704
Coord C2 exon
chr2:159992705-159992809
Length
38358 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
TCAGATCTTTCCCACTACAGGTC
3' ss Score
8.39
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCCCGTCAGGAAGCCCAAGTATGTGGAAAGCCCCAGAGTGCCTGGAGATGCAGTTATAATGCCATTCAGAGAAGTAGCCAAGCCAACAGAGCCTGATGAGCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115183-TANC1:NM_033394:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.934 A=NA C2=0.950
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)