BtaINT0145008 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004177 | TANC1
Description
tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29364]
Coordinates
chr2:37332412-37376549:-
Coord C1 exon
chr2:37376349-37376549
Coord A exon
chr2:37332517-37376348
Coord C2 exon
chr2:37332412-37332516
Length
43832 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
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3' ss Score
8.02
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.765 A=NA C2=0.889
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]