GgaINT0046901 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012570 | TANC1
Description
NA
Coordinates
chr7:38126389-38134947:+
Coord C1 exon
chr7:38126389-38126592
Coord A exon
chr7:38126593-38134845
Coord C2 exon
chr7:38134846-38134947
Length
8253 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TCAGCTATTTTCCTTTACAGGTC
3' ss Score
11.05
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGGGACTCCTGCCCAGAGAATGCCTTGCAGAGTGTTGCAGCATCTGGCCACGGTGCAGATCTTCCCACTGGCAATCAGCATATCCCGGGGGATGCTTACAGGATGAACTTGGCTAAAGGAGTCTCAATGTCATTGCCATCTTCACCTCTGCTGCCACGCCAGTCTTATTTGATGCAGTCGCGATCAAACAAAAAGTCCCCAG
Seq A exon
GTAAAATGAAATTGATGAGCAGCTAAAATCTTCGTAATATTTTGACTCAATTTCTGACACAATGTAAAAGTAACACTTTTTGACATTTTGTATTTTACGTGATCTTTTTCAGTAAGAAAATGAACAGTGAAGGCTTTTTTGCATGTTCTCATGTAAAGAAGATAATTGGTTAAATGGACTATGTTCTTTCATACGGCAAATAATTATTCTAATTGCTTTAGCAAATACTTTTATTGAAATGTCTGAATATGTTTAAAACTGATAGTTTATGGTTAGTATTTCAGTTAGGCAGAGAAAGCAGCTACAAAACTGTACATGTTATTAACAGCATTGTTACTGATGATTGCTTTAAGGGAATACTTGCTTCAGAGTGTTGCTTATGTTTTACAGCTGATTTATTTTGTTTCTATCTAGTAATATAAAATATTAATAGATAAATTGCTGTTGAAGTGATTTTCAGTCAGTGTCCTTAGCAATGACCGCATACTTATGTGTGTGCCTTACTAAATAAGGTACTCCATCTGGTTCCCTTTTATCAGCATTCTGTGCATATAAATCATTCCAACACTATAACATCAGTTGACTTGATTCAGGTCAAAGCTTGAGTGTCAGGTGAAATTGTCCATGTTACTGTGCAAACACTCAGCAGTTTTGAAGTTCTTTGTTGTAAAGCTTACGAGGTTTAAGAAGAGGACTGACAAAAGTGGTTTTTGGTTGGCACTTAGAAAGACCTTGATGAACAACCCATCTTGCAGGAAATTAAAGAAAAATTATTACCCAAAGAATTACTAGAGGATAGCAAATACAAGTATTCTTATTTTGACTATCAATATTTTCAGTCTAGGCAAAAATCTGAGGCACAGAAAGTATTTTCTGGTCTTGTCTGTTGCTGCAAGTGTGACTTATGTAATAAACAGCTATACAAGGACTTCATGTTTTAATGTGGAGGGAAACGTGTTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCAAAGACTTAAGTGAACCGTGGGATCTAACTCCTTGTTCTGTTACTGTTGGGAAAACTGAACTGCATTTGAGATGGTATCTAACCAACCTTGCAGCTCAGTTTCCTTTAGTGACACACTTTTATAAGCATAGTAGAGACTGCTGTTTCTCTTGCAGAAAATGTTTAACAGTTCCTGAATTTCAAATGAGAAGCCATATTCACATCTTCAAAATCATTTCATTGTGATAAATAGACAAAAACAAAACAAAAAAAACCATACACAGGCGAGGGAGAAGATTCCCTATGAAGTGCTTTGAATACATTGGCATTTCTGTGCCAATTTTGGATGAATGCCTAGCTAGATACCTAGCCAGTAGAAACGTTCTGTGCTATTCCTTTGCATTTCAACAAATTGAAGCTGATGGAAAATGACTGAGTACAAATAATCAAGCTAGTATCCATAAGTAATACAAAAATGAGAAGGATGCTAGCTGTACTAATTGCAAAGCATTCTGTTCAGTATCATATTAAGAACTTTACTGTGAGAGTGATGGAGCACTGGAGCAGATTGCCCAGTGAGACTGGCATATTTGAAGATATTCAAATCCCATCTTGAGGCCTACCTGTGCTATGTAGTGCAGGGAGGCTGCTTTAGCAGGATTGGACTCAATGATCTCTAGAGGTCCCTTCCAACCCTCGCAATTCTGTGGTATGATCAGCGTCTTGAAGCTTTTGTCATGTATTATGGATGAAAGCAGCAAGAAATGCAAGGAGAGTTAAAGAAGCATCGTGAAGTTCAGATGTGATGAAGCTGTTCTAATGAAACTACTACTCAGTGAGGTATATTTTGCATAAACATGTTACTACTTCTAAACATCTTTGAAAATATCAAAGGCAGTAAACCAAAGGAAGAAAATTGTCCATTGAAATATTGTTTTACCTTTGTTTCTTTCTGTAGTTCTAATTCTTCTTATAACCCAGGCGTGCTGATGGTCTTACGTAAATAACATGATATACTTGTCTAACTTATTTCCTTGGGTTGAAATTGTGTTTACTATCAGCTAGAGTGAAACAATACGCCATGTATTCAGAGATAATAATTGAAGAGTGTTTCACTAAATACTATCCATTTTTTAATTAAGATTTTTTCCTAAGTCTTTATTGAGCCCATTACCTACCAAATTTTGGTTAGTAAATTAAAATCAATCATGTTTTCCTAGCAGTAAGTTTCAGAGTTGTACATTCAAAAATAGAAGTTGTAGTTAACCAATAGTTACTTGCACTTAAAACATGTTTATGAGGGTTTCATACTGAGAACATTTCTACTGCTCTAGCAAATGTGTCCTTTTATCTTGTCCTGCATCTGTTTGTTGATTTAAAAATAAGTACTTAATTATGCTTACATCATCAGTGGGGAAAAAAATACTTTTTCTTGATTAAATTATTTTAAAATATTGTGTAGAATAACACTGTGCAATGTAAATTGATTAACAATTAGCTTTTACTGTTTTTCCTTTCCTTTCTGTTTCTGCACATTTCCAAGTAGGTGTTAACCTGTGACTTTGGAAGGATATTTCTTAATTATTTTTCTTTGGTTGTCTTCTCTACTGCCTGAGCAGGAAGCTTTACTATCTCTTGTCACTTCTTCAAATGTATCAGCATTTTGAGTTGGATATAGGCAAAACTTTTCTTTCCATAGTTGCTTCATCCACTCACAATGTGGTTATCTGGTTATCTCTGCTGAAAAAATAGTATCTCTGTTCCACCAAAAGTGATTCAGTTAATGATGGAGGTATGTTTTAAACTTAATTTCCTACCTTTCTAGGAAGTTGCACATTCATAGGTAGTGTTTAAAAGAAAGCAGTATTAGTTTAAAAGAAAGCAGTATAGTTAAAGAAAGTTCTTTAACTATATCCTGTTAAGCAGACGGTACTGAAGATATTTTGAACATCTTAGTAGATTTTGGTAATATGCTACACCATGTAGTGGGGGGGTGGAGGGGCAGAAAAAAAAAAGCCACAGAAAAACAGAAAGCACAGTTCATAAAATGGCATTCAAGGGGCATACATATCCAAACAGGAACAGTTTAATGTATGATTTTAAGTTACATAAAAATAATTCTTTCCTCATTGCTGTCAGGCATATTATCCTTAATCAGGTGCACATTTGCTAATTTTAAAAGGTTATTTTACCTTCTAGATTGTTTCCATTTTCTTTTAGTTATCTAATATGCAACAGTTGGAAAATAGTTTACACTTTAAATGAGTTTCCCTTTGAATGTTGTATACCTTCAGGTAGCTCTTGACTCCAGATTCAGACAATAGAATGCTTTTGCCAGAATGTATTAGCTGCACTTGTGCTGTGGGTAGAATGTTGATTTTGTTCTGACCCTTTAGATTAAGAAGATTTTGCTTCATCATAGGCATATCTGTTCCATGAATAATGTAATCATCAGTTCTCCAGTTTGGAGACCTTAGTATTTAGTAAGTTTAGAGGTATTTGTTCAGAACAGGTTTGAAAGCTGCTAGTCTAGGGATCCCCTGGACATGGCTTTAATGTCTTTTTGAAACTGCCATTCTGATCACTGGCAAGGCACTTTTCTTTCCCTTTCTCTTATGTACTACCAATCTAGGTAGGGATTCAGGATTGAGCCTGAACTGATCTCTCTGAAATTATTCCTCATGTGTTAGGAGATTGGTTTGTTATAGACAGGTGTGTTGATGAATGTGCACAACTGACAGAGGTACCTCTGCTGCAGCGCATGCACGGTAATAACTGCCTTTTTTTCCAGTCAGTCTGCAAGTAGTTCAGCCCCTAGAACCTCATTATCCATGGGCAGGCAAAACCACAGGAGAATAAGCTGAGCTTCTGAACTGGAACACAAAAGGCTCTACAATCCTGTTTGCACAATCTGCTGTGAGTGACACTGTGTTTTAATTATTTGCATAGGAGGTGGGGAAGCTTTTTCTTTGAAGAGCTTGGAAGAGTACCAGTGCTTCTGGATCTGGTTCAATCCTCAACTGTAACTATAAAAGGAGGGAAAAGAGAAACTATATCTTAACTTACTAAAGAGCCAAAAAATATTGGCAGAATTAAAGCTACTGGTTTGTTGGAGTCAAAATCTTCCTTAATGAAAGAGTTGATGAGGTGGAAAAAGGAGCAGAAAAAGAAATTCTTCTAAGGAAGAATTTTTCAGCATGAGGTCTCTGTCTGGGAAGGGGATCAGTAAGTCACAGTAAGACAATCAGTTCCACCTCCGTGTTGGGAAGGATCCTCCTGGAAGCAATATAAATGTACATGGAAAACAGGGAGCTGATACAGGAGAACCAGCATGGCTTCACCAAGGGCAAATCCTGCATGACCAACCTAGTGGCCTTTTACGATGGTGCCTCTGCATCAATGGATGAGGGAAGAACGACCAATGTCATCTGTCTGGACTTCAGTAAGGCCTTTTATATGGTACCCCACAACGTTCTCAGAAAGCAGGATCAGCTCATGGCATTACCTAGTCTGATCTTGAAAACTTTCAATGGTGAGACTACACAGCCTGCCTGAGTAACAAGTTTCAGTGCCTGACAGGGAAGTGCTCCAGTCCCTAAATGTTTTGGTTGTTCTCCAGTAGCAGTAGGAGCTCTTGCTGTCAGATTCTCTTTCCAGTTTTACCTTTGAGTGAACTTTGGCTTTCATAGCATTGTCCCTACGTGCCCAGCAGTATTTCTAAATTCCTCCATTTCTCCTGCTACCAGCTCCTGTGTACCACCTTTTTGTACTGAAGCCGAGTTGTGAGCCAAGCCAAACTCCTGTTTGTTGCAGTATCAGGGTGGACTGGTTTTGTGCTTGGAGGAGGCCGTTATTGAAGACCTACCAATATCCTGAGCTCTTTCAACCTTGAATAAGCTTGAGGCAGCTCTCTTGAAATTCAGACTTTGTAGTCTGCCATTTTGCTTTCCTCACTCCTGTCATTCTTGTAACCCACTATGTGATTGATGATGAGTACAACCAAGGCTGCCTTTGGTTATCACATCCCAAACCTGTGCTGGAAGAGCTGTTATGCATCATCCTTGGTAGATCCATCTAATTCATGTATTATGTACATGTAACCTTGACACCCTCTAGAAGTCTAGATTGCTTGTGTCTTGTCACAGTGCCCTTCCAGCAGACTTCAGGAAGATTAATATATCCCTTAAAATTCTGCTGCCATTTTATGATTTCCTTTACTTGTCCTAGGATATGTAATGTTATGTAGCACTTAATAATGAAGCTTCTCTCATTTGAATTTGACAGAATTAAACTTGGAGGTTCCTTGTTTAAACAAATAAAAGTAGAAAACATAGTATGTGATATTGTAACTGTAAGTCTGGATTCTGTGGAAGTTAAACAAGAAATGGTCATCATGAAACATGATGGGATCTGTGCTGTTTTTGAGACTATTTATTATTATGATGCTTCTTTTGAAAAGGAGTAATACAGAAACACACAAGATGAAAAAGTAGGATGCTACCTGTAGAATGATTTTCTCCCGAACTATGTCACTGCTGTGGCCTAATGGTATTAAAATCAGAATGTCAGGTATATTTTCAAGTGAGGACACTTCCTTTCCTACTCTTAGGATGATGATACATGCTAGTGAGAACCTGAGATTTTAGCTCTATAGTATAACCAGAGCTTGTATTTAAATGAGGAAAAAATCATTATCTATTGCTAAAGCTGGGGAAATCTCCTGAAACACCTCAATTTTTGTATTTTGCCAAGTCTAGCAATTTACTATGTTTGAGGGACTTCTAGACAATATTTTGTTTCTTCTGGATGAATCAGTACCTCTAGCTCACCAAAACCTTAAAGAAGTTCAAGTGGCTTTATTAGACAGTTTACAAAAAAATTGCCATAGTCCTTGTGTCTTGTCTTAAAGTTTAAGACAGGAATTTGGGTTTAGTACCTTCAGTTTTCAGTACCATGAATGATGATATTCCCAGTCACCATTCAGTTTAAATATCTTGATTTTCCGTTGGGTAACTTTGAAGATTGCTGGTATATGCTTTTCCAAACCTCTCTCAGTGTTGCAAACGTTTTTATTGTTATAAAATTCTATTGACGTATCTTTTCAGGATGTAGATATATGTATATATATATCGTGGTATTTCAGTTCAGTGGCATAATGTGCATTAATACCGGTAAGGTCAAAATTTCTACATTGTGTTTATTGTGCGAATGTTGAAGAAGTTGTACCAGTATACTTTTTCTGGCGAGCCTTTAGAGGGCAGCATCGTTCCCTTTCAGTTTGACTTGGCTGACAAGAAACACTGTTCTGCACTTAACGTTTACTACAGCTGCTACTAAACCATATTTAGGAAGGAATGGGTTCATAAAAGCCTGAAAACAAAGTACAACGCTGCAAAATTAGGTGAATCAACTTATTTTTTTTTTAAGTGTGTCTGTGATTATACAGCTCTTTAATACTAGAAGTTGGCATGTTTGAATATAATATGTTCGTGAACTAGGAATGCTATGTTTTCATGGAAGCAAATACCATTACTAGCCACTCTTTAATTTGTTTTTTGAACTAACTTTCACCTTTCCTTAAAATCAGAGCATGCATCAGTATCTGGATAAACTACCGAATATAAAGCTTCTTGAGTTTGAGTTATGTAGTGTGCTAATGTTCCAGGCTTTGTTAAGGCACATGCAAGGTGAGTTGGTGATCTGAGACAGCCAGCACGGCTTCTGCAAGGGCACTTAGTGACTGACCGCTCATGGCCTTCTGTGGTGGAGTGATGACATCAGCAGACAAAGGAGGGGCAACTGATGTCTTTTACTTGGACTTCTGCAAAATCTTTCATATGGTCCCTCACCACTTTCTTATCTCTAAATTGCAGAGAGATGGATTTGTTGAATGGTAGACTGTTCCGTGGATAAGGAATTGGTTGGACGGTCCCAGGCAGAGAGTTGTAGTCAGTGACTGTATGTCCATTTGGAGGCTAATGACAAGTCGTATCCCCCAGGGGTCTGTCTTGGAATCAGTATTTAACAAGGTCTTTTCCAACCTTGTTGATTCTATGATCTTTATCAGTGATATAATCAGTGGGATCAAGTACACTCTCAGCAAGTTTGCAGATGACATTAAGCTAAGTTTTGCATTTGATGCAACAAAAGAAGAGGATGTCATCTGCACAGTCCTGGACTGGCTTGAAGAGTGGGCCCGCATGTGAACCGAGTAAGGTTCAGCAAGGCCAAGTGTGAAGTATTGCACCTGGGTCAGGGCAATCCCAGCTATGTGTACAGACGGGGAAAAGAGCTTACTGAGAGCAGCTCTACAGAGAAGGACCTGGGGGTCTAGGAGGACAAAAAGCTGGACAGCAGCGTGCTCTTCCTGGGCTGCATCAGCAGAGGGGTGGCAGTGGGGAGTGGGAGGGAATTGTCTTCCTCTTCTCTGCCCTCTGGAGGCCTCATCTGGAGAACTGCCTCCAGGCTTGGGGCCCCCAGCAAAAGAAGGATGTGGAGTTGTGGAGTGGGTCCAGAGGAGTGCCACCAGGGTGCTCAGAGGGCTGAAGCACCTCTGCTATGAAGACAGGCTGAGTTGGGCTTGTTCAGTCCGGAGGAGAGAAGGTTCCAGGGAGACCTCATTGCAGCTTCCCAATACTTGAGGGAAGTTTATAATCAGGAGGGAGCCCAACTTTTTACGTGGTTTTAAATTAACGGAGGGGAGATTTAGGTTAGATATTAGGAGGAAATTCTTTATTCAGAGGGTGATGAGGCCCTGGTATTGCTTCCCAGAGCAGCGTGGGTGCCCCATCCTTGCAGGCACCAAAGGACATGGATGGGGCCTGGGGCAGCCAGCCCATGGCAGGGGTGGGGCTGGCAGGTCCTTTCCAACCCAAGCTATTCTATGATGCTGTGATTCTGTGAATTACTTGTAGTATTTTTCTTTTAGAGGTGCTAATAACAAAATTATCTTCCTGCTTTACTGGAAAATGAGAGCTCTGTAAAGAGGAGGCCTGCTGGAAGTACAAGTTTGAACATAAAAAAAAAAAAAAACACTCTTTACATATATATAGGAAAGCCTGAGGACTGTTGGAGTAAGCAGACTGCTTTGCATTCCAAAAAGCACAAGCAGAGCATTTATTTCTCACAAGCCTGAAACTGCAGCAGCTCTTGAGTTCTTACAGTAGCAGCTGTGTGTCCACGAACTAGTTCCTCTACATTATTTGTGTCTCTGAGGAGACACACTTTACATTTGAAGTTTGTGGTACATCTGGAAAAAATTAGATACATTCAGCTATTTTCCTTTACAG
Seq C2 exon
GTCCGATCAGGAAGGCCAAGTATGTGGAAAGTCCTAGAGTGCCAGGTGAGGCAATTCTACTGCTGAGAAAACAATCAGGGCAAGAAGAACCCATTCAAAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012570:ENSGALT00000020527:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.942 A=NA C2=0.843
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]