MmuINT0156851 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000035168 | Tanc1
Description
tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1914110]
Coordinates
chr2:59562718-59596626:+
Coord C1 exon
chr2:59562718-59562906
Coord A exon
chr2:59562907-59596521
Coord C2 exon
chr2:59596522-59596626
Length
33615 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TCAGATCTTTCCCTCTGCAGGTC
3' ss Score
10.9
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000035168-Tanc1:NM_198294:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.938 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: