HsaINT0165590 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000109927 | TECTA
Description
tectorin alpha [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11720]
Coordinates
chr11:121168677-121187994:+
Coord C1 exon
chr11:121168677-121168925
Coord A exon
chr11:121168926-121187831
Coord C2 exon
chr11:121187832-121187994
Length
18906 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
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3' ss Score
10.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTCAGAACCTCAAAGATAACACCATTGGCATCGAGGAGAATGCAGTCTCCCTGACCTGTCGCTTTCACGTCACCGTCTTTAAATTCATAGGGGATTACGACGAAGTTCACCTTCACTGTGCAGTGTCACTCTGCGACTCAGAAAAGTACTCCTGTAAAATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000109927:ENST00000392793:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010018=Zona_pellucida=FE(32.5=100)
A:
NA
C2:
PF0010018=Zona_pellucida=FE(21.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains