HsaINT0166127 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198176 | TFDP1
Description
transcription factor Dp-1 [Source:HGNC Symbol;Acc:11749]
Coordinates
chr13:114277495-114287600:+
Coord C1 exon
chr13:114277495-114277601
Coord A exon
chr13:114277602-114287434
Coord C2 exon
chr13:114287435-114287600
Length
9833 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGC
5' ss Score
8.15
3' ss Seq
TTTTCCTTTGTATTTTGAAGGAA
3' ss Score
9.77
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198176-TFDP1:NR_026580:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NA
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.389 A=NA C2=0.386
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0231915=E2F_TDP=PU(56.6=83.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)