HsaINT0166127 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198176 | TFDP1
Description
transcription factor Dp-1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11749]
Coordinates
chr13:113623180-113631744:+
Coord C1 exon
chr13:113623180-113623286
Coord A exon
chr13:113623287-113631622
Coord C2 exon
chr13:113631623-113631744
Length
8336 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGC
5' ss Score
8.15
3' ss Seq
ATTGTCTTTTTCGACTGTAGGTA
3' ss Score
10.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAATTGGTACGCCTCAGAGACCGGCAGCGTCAAACACCCTGGTGGTAGGAAGCCCACACACCCCCAGCACTCACTTTGCCTCTCAGAACCAGCCTTCCGACTCCTCACCTTGGTCTGCCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198176:ENST00000375370:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.323 A=NA C2=0.907
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains