HsaINT0167061 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000156299 | TIAM1
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11805]
Coordinates
chr21:31195224-31203012:-
Coord C1 exon
chr21:31202908-31203012
Coord A exon
chr21:31195306-31202907
Coord C2 exon
chr21:31195224-31195305
Length
7602 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAATG
5' ss Score
5.67
3' ss Seq
TTCCCCTTTGTAACTTTCAGCTG
3' ss Score
9.49
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACATCAACTGGATCATTCTGCTCATTACCTGCGCCTGAAATTTCTAATAGAAAACAAAATGCAGCTCTATGTTCCACAGCCCGAGGAAGACATCTATGAGCTG
Seq A exon
GTAATGTTATGACTGTTGTCCAAGCACACTTTATGGGAGATTATCTTCAAATTATGAGTGTTCTCGTGTTAATTGTAGTTGGTGGAGTGGAACGAGTTCAAAAATAAATGAGCTTCATTCATAGCCCTTAAGTTGGTGGAGATGGCCCTACTTAGCTCAGTATTCCAGAGTGGAATGATCACCTTTGTTTACGCACGAAGCAGTGCAGTGCTATCATGACAAATCAAAATCTAGAGCTATCTCTTAGATAGAACTTTAGTCATTATTATAATACTAGCTTTCCTTGCATTGGCAATCTTTTATTTTATTGTATTTTAGTATTTTTATTTTGTTGTTTAGAGACAGGATCTCACTCTGTCACCGAGGCTGGATGGAGTACAGTGGTGTGATCATAGCTCACCTCAACCTTGAACTACTGGGCTTAAGTGGTCCTCCTGTGCCAGCCTCCTGAGTAACTGGAACCACAGGCACGCAGCTCCATGGCTGACGAACTTTTATTTTTTAATTTTTTTTTTTTTTGTAGAGACAGGATCCTGCTTTGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGTCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCACGGCCAGTCTTTTATTTTAATTGGTGACTTAAAAATCAGCTGGTTGTTGTTACAGAAAACAGTGCTAATTCTAATTTTGTGTGACATCCGTAGCCATGTTGAAACTGCTGGATCAAATCTTGTTGGGTGAAAAAAGCTGCCATCTATGTCCTAGTCTTTTGGAACTGTATTTATATAGCTTCTCGGGGACATTTACATATATTTGAGTTTGAACATACTTATGGGACTGGGGTTCTGAATCAGACCTGCTTACTAATCATATGGAACTAGCCAAGAAAAAAAAATGAAATGCTAATACTTAATTTCTAGGATTTTACAAAGATTAGAGATAATATGCTTACTTGGTAAATTACAATGGTTGTTATTGCAGTAAGCCCAGTGACAAGCTCTTTGCTCTTTAGCAAAGTGGTGCGTTTGTCAGTTCCAGGAAAGAAACATTTTGGGAGCAAGGCGCCTCTATTTTGGAGTTCCTGTGCTCTCTCTGTTCTTAGTCATTCCTCTGGGGGCTCTGACTGCTTGCCATGGATGTGTGAATAACAGTGACTTCAGAGAGGGTTTCACCACAGAAAGCGGAACTGAACATTTAAACCCAAGTATTATTCTCTTTTTGGAAAAGGGAAGCATGATTTAAAAATGAGTAGGAAATTGTGTTTTTAGTCAACTTTATTGAGGTATACTTTACATTTAAGGAAACTCTTGCCAACTTTAAGGACACAATCCAATGAGTTTTGACAAATGTATACAGTCTTGTTTCCACTGCTGTGATCATGCTTTGGAACATTTCTGTTATCTGAAAAGTTACCTTGTGCCCCTTTAAGGGCTTTTAAGGAAATGTAAGAGAGCGTGTGCTTTTGTAACACTTATAGCACGTTATGCAATAGAAGATTATCAAAATAATGAGCCCTTTTCCAACTATCACTTAAATCAGTAACTGTTCTGTGTTCAGTACATTTAACAGAGAGGGCTGATGTATTCTTTTTCTGGCCTGGGGAAAAGGCCAGTCTTGGTGCTGCTGTATGAGTAAAGGAAAGAAAACCCTTTTTTCTTACTTAAAAAAGGGAAGTGCTTTCCTGCTAACACTAGAAGAGTTATTAGATTATATATTTTGCATCTTGGGGTTAATGAGTATTTTGCATCCTGAATTATAGGGATCATGCCTAACCAGGTTCCATGTTCCTCATATTTTTCACATAAGAGGTATAGGTACTTCAGACATAGTTTTTGAAATTGTATGGACTCATTATTTTTAAGCCTTGCCCATTGTGTGGTCTCTTTAGTCTGTTTGGATCTACAATTTTTGTATGCAGATAGCTATATATGTATTTTAAAAGAATCTTAAGTACAGGGAGACCATGGTATTATTTCTTGGCCTGTTGCAGAAGGTCTCCAGCCCATAGATCTGTAAGGATGCAAATGCCACAGTCTTGCAAAACCTCTGTTTCAACCAAGGTTCTTAATTATTTTGTCCTTTGGATACTTTTGGTAGCCTGGTGGAGCCTCCAGACCCCTTCTCAGAATGATATTTTCAATCGCGTAAAATAGAATACATAGGCTTACCTGTGCCCTAAATATATTGAAATAGTTCTCAAAAATATTTTTTGAATTATTGGTAATATATGTTCTTATTTATTAGCTTATTAAATTATAAGGCTTAATAGGTAGACATAGACCTAATAGCTAGACCATTAAATTACAAGACCTAGCAGTAGATCTAATAGCTACCACTGTTCTGAGGTAACGATGAGCATAAATAATATTTTGAGACACTAGCAGCAGCTAAAACATGATATGAAAATAACTGTGATTTCCATTCGTGACGGAGTCACAGGCACTGCTACTATTACTATGTTTGTTGCCTACATTCATTTAGGATAAAAGGAAATGCTGATTTTCAGTTTAAGGTTTGTAAATATAAAGATATCACTTTTTTTTTTTTCTGTGATGAAGTTTTGTTCTGTTGCCCAGTCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTTGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGAATAGAGTTGCCCACCACCACACCCAGCTATCATCTAGCAAATATTTATTTAGCATTTGTATGCCTGGCACTACTCTAGCTGTTCTAGGCACTGGGGATACACCAAAACAATTCTGCTTCTGGTGGAACCTGTATTCAAGTTTGCAGAAACAAGTAAAAATACATGTGAATGTGTAATATGTCAGGGAATGTTCAAAGCCTGGAGAGACAAGAAGTTGGGGCAAGTAGAGAGAGGGAGATGGCACATCTGCAGTGGGTCTTGTTGCTATTTTATTTTATTTATTTTTTGTGTGTTTTTTTTTTTTTTTAATGTGATGTTCGAACAGGGTGAGTGAGTGAAGAGAGGGAGTGGAATCATAGAGGTATTTTGCAGACAAGTGTTCTAGGCTGGCCAGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGCAGGTGGATCCCCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCTTGGCCAACATGCTGAAACTCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAACCAGGCATGGTGGCACACGCCTATGGTTCCAGCTATTCAGGAAGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTACAGGGAGCCAATATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGGCAAAGCCAGATTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATGTTCTAGGCTGAGAGAACAAAGCTGGCTAAGGCCTGGGCAGGGGGAGGGTGGCCATGGTGGAGGTGGCTTACCTGGTGTTTGAGGAGGATTGGCGGAGAGGGCACGAAAGAGGGGATGCAGGAGATGGTGGGGGGGAGGGAAAAAGGATAGGCCATGTAGAGCCTAAGTGCCATAGGAAACCCCAGAGAGAAAGGGCATTGTCGGCTTTGAAAGGCTCACTATGGCAGATGAGTGGGCCCATAGGGCATGAGAAGATGAGCAGCCAGGGCCCATAGAAGGCTGTAGAGAGTCATCGTCAGGCAAGAGCGTGACGGTGGCTCAGACCAAGCCACCCAAAGGAGACAGAGAAAGAAATGATCCTGATTTTGTGAGAACTCAAGAGCCCTAGGTAAGCAATTTTTTTCTTAAAATCTGGTGATCTTCTCATCCAGTTTTTGAAAACAGGGAAAGTTGCAACATTATTGATTTAATAAAAGAAAGGGAAGATGTGAGCTATTTCATCATTAAGTGCATTTATGTATAAAACTACTGAATTTCCAGATTTCTAGTTCCAGATATCGTGGTTGCATTGAAAATATATTTTAAAGTACAAACGCTTCTTGAGATATAGTTTTAGTTTTGTTCACTAAACCTGGCTTTAGTCCAACCAGCCTAAGGATGTTGTGGCCAGCGGGCCTGTCTTATGATACTGAGTTGTTGTCTGAGACCAGCAAAAGACACAGTGATATTCACACTAATTTCAAAGAAAACTAGGAAGTAGTATTATGAAAATATAGGAAAGATTATGCACAAAGCTCTAGTCCCACTAGATCCTGTGGAAATGATTAAAACAAACAGTTATATACTGCCACCTGGAGGAAGGGTTTGGCTCTTAAAGTTTTAAAAAATAAAAGTAAGGCTCCTGATAAGTTGAAGTGAACGTAGTTGATAACATTTCCTTGAGCATTTTGTGGTGTTAGGTTATACATTGTAAACCTTATTGAATTTAGTATTTAGAGTTTTGGTGGCTATTTTCTGAATGAAAAAGTAGTATAACTGATTTCTTCTCATTTGTAAATGTATCAGTATGAAACATTTCTAAAGTATAACACTGAAACCACATTCAGTCATGCCCTTGACACGTTGCATTTGGTGGAAATTGCATTAAATTGAGGTGTTTAAAAGGATCCAAGCTGTCCTGTCCACGTTCCTATCCCCCACACTCCTTGGCATTCTATTATAGCAAACGCTTTCTCAGGCTCCTGAGTCACAAGTATTATGCTGACCTTTCAAATGCCCCAAGCAAATAAAGAGAAGAAACTGGCCACTCTTTTCTACCTGCCTGAATAAAATCGTTTCTGGACGAATGGCTGTGTGGTCAGGGATACGGGCAAGTTTAGATAATCATCAAGACTTCTCTTTAGTGCTAACGGCCACGTTTTTTGTTATTGACCTTGGCTCAAAATTGGTTTTCATTTTAAGATAGAGTAATAATTTTAAAAATCTATATGAGCATTTGACACATCTATTTGTTTGTGAGTTTTTATTATAAATTTTGGATTTGAACCTTTGACTGACCTAAGAGGGTAGGTTCCCTTTGCGTTCATACCCTGTGTTCCAGTGAAGGCTGATCTGGGAGGCATC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Seq C2 exon
CTGTACAAAGAAATTGAAATCTGTCCAAAAGTCACTCAGAGCATCCACATTGAGAAGTCAGATACAGCTGCTGATACTTACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000156299:ENST00000286827:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.039 A=NA C2=0.007
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0219610=RBD=FE(50.0=100)
A:
NA
C2:
PF0219610=RBD=FE(36.5=100),PF0059519=PDZ=PU(17.3=50.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains