HsaINT0169660 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000186452 | TMPRSS12
Description
transmembrane (C-terminal) protease, serine 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:28779]
Coordinates
chr12:51237625-51252836:+
Coord C1 exon
chr12:51237625-51237820
Coord A exon
chr12:51237821-51252567
Coord C2 exon
chr12:51252568-51252836
Length
14747 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACGT
5' ss Score
8.17
3' ss Seq
GAATGTTTACTTTCTTTCAGCGA
3' ss Score
7.87
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGTGGAACAGCACCGCTTAAGGATGTGTTGCAAGGGTCTCGGATTATAGGGGGCACCGAAGCACAAGCTGGCGCATGGCCGTGGGTGGTGAGCCTGCAGATTAAATATGGCCGTGTTCTTGTTCATGTATGTGGGGGAACCCTAGTGAGAGAGAGGTGGGTCCTCACAGCTGCCCACTGCACTAAAGACGCTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CGATCCTTTAATGTGGACAGCTGTGATTGGAACTAATAATATACATGGACGCTATCCTCATACCAAGAAGATAAAAATTAAAGCAATCATTATTCATCCAAACTTCATTTTGGAATCTTATGTAAATGATATTGCACTTTTTCACTTAAAAAAAGCAGTGAGGTATAATGACTATATTCAGCCTATTTGCCTACCTTTTGATGTTTTCCAAATCCTGGACGGAAACACAAAGTGTTTTATAAGTGGCTGGGGAAGAACAAAAGAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000186452-TMPRSS12:NM_182559:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=PU(21.2=75.8)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=FE(38.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)