HsaINT0176805 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144357 | UBR3
Description
ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 3 (putative) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30467]
Coordinates
chr2:169914060-169923994:+
Coord C1 exon
chr2:169914060-169914146
Coord A exon
chr2:169914147-169923928
Coord C2 exon
chr2:169923929-169923994
Length
9782 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATGT
5' ss Score
9.81
3' ss Seq
ATTTTGTTTGTTTATTCCAGCCA
3' ss Score
7.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAACTCAAGAGTATACCCGAAATGTTGTTAGATATTGCCTTGAAGCTCTTCAAGACTGGTTTGATGCTATTAACTTCGTAGACGAG
Seq A exon
GTATGTATATTTTTGATGTATGTAAATTTTTTGATGTATGTAAAGACATTTAAGAAAAGTGTTAGATTTCATTTAATGTTGAAAATAATGAATACTTTTTCATAGGCGAGGGAAGGAAGTAATGAACATATTATTAGGCTTTGAAAAAGAAATCTAAAGGGGAGACTAGTTCTTTAGTTCTTTGACATTTAGGAGATTCTGGAGCGCACTAATATGTCTGCTTATTTCCTACAGAAGAGTGGCATGATTTGTTTTTCCATTATTAAGTATATGTGTCTCATTATTTCTCAGGGTGAAATAGTTTCAGTTGAATATATAAAAGTGACAATGCAAATGTGAATAGGATAGGGGAGATTAATGAAAAGGGTATCATACAACTCTATTAATTGGACAGTGTTCTGTTTGTCAGAGTAGGAAAAGATGGACTTGAACAAAGGTGATTAGTGTTAATAATGAGAAGAGCTGGCACAGGACATGGTATGTATGAATTGAACAAGTAATTGCTTTTATTCGTTGGCCAAGTTTACCATCAGAAGCTCCTTTTATTCCTCCTATGAAGTAGGGTCAGAATATGCCATATGCAAAAGAAAGACCATGTTTCAGACAGCTCACCCCCACTTTATCTGATTTCTGAACCTGGGCACACAGAACCGTTGCTGTGTGTTTGTGTGTATATGTGGAGGGCAGGCAAATTTTATCTCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTTTTTCCTTTCTGTTTAAAAAATTTTTGACACAATCACAAATTTATTGAAAAGTTGAGTGGACAAAGAACTTTCTATTCTTGAACGATTTGAGAGTTCAGTTGTTGACTTGATGCCTCACTACCCCCATGCATTTCAGTGTTTCCTACAAACAAGGATATTTTCTTATATAGCCAGAATGCAACTATAAAAATCATTAATATATTATTAACATTTAATTCTTATAACTCATTCATGTTTTACCAGTTGTCCCATGATACCTTTTATAGAAAAAGGATCTGGTTCAGAATTGCATTTTGTTATCATGTCTCTAATCTCCTTCTGGGACATTTTCCCAGTCTTTCTTTGCATTTTAGGACAGTGACTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTTCCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAACAATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTATGTGCCACCGCACCCAGCTGATTTTTTTGTATTTTTAGTAGGGACGGAGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGCCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATTCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACCAGTGTGAGCCACTGCTCCTGGCCAGGACAGTGACATTTTGAAGAATGCCTCTCAATTTGGGTTTGTTTCATGATTAGATTCAGATTATGTATCTTTTTCAGGAATATTATGGAAGTGATGTAGTCTTTTCATTGCATCCTATCTGGTAGTTTGTGATTTGTGTTCTTTACTAATGATGTTCCCTTTGATCACTTGATTAGGGTGGTACCTGCTAGACTCCTTCATCATAAAATTACCCTTTTTCTCATTTAATTAATAAAGTATTTTGTGATCCAGTTTTCAATTCATTCATTTATTTTTGTCTCTAGAGATTCATAGTTTCTATTTTATTCAATGGGTTATAAGCTATTGCTGTTACTATTTGATGCTCAGATTATTTCAGATTTGGCCAATGAGAGCCCCTTTAAGCTTAGTTTCTGCTTGTCCCATCATTTTTTGAGAACTTCCATGTTTTCTGGCCCATCAGGATGTTTCAGACTCATAGTTTCCCCACCCATTTCTGGAATCAATCATTTCTTTATGGATCCCTGGTTACTTTTAGTGTGGAACAGTATTTAGAAAAATCTAGGTGCTGCTTGTGCTCATTGCTATTGGGGTATCACTGCTCCCAGGACTTCACAGTGAACAGAGGAGTATATGTACATAAGTACATATACATATTTGCATCTATATTTTTCTGTCTATAGTGAAAGCTGTGAGTTCAAACTGATATTTTTAATTCCAGTTTAACACTGTAGGAGTTATTCTAGTTTTCTTCAACAGTGGGAAACCTGGCTTCCATTATCTTTAATATATTTACTTATCTATAAATACATATTTATGTATGACCAATCTCATATATAAATATGAGAAGCAACTCTCATCTCAGTTGCCTCTCTTTCCCCTGCATGGATGCCCTCTTTTCTCTGCTTTGACTCTGAGTCCTCATCCTATTCCCCCTTTTCCCACACGTGGACACCCTCCTCATCCTGCCTGGGCTCTGACCCCCACTTTGGACTGCCCTTCTGTGGAGAAGCCCTGTTCACCCTCTTCGTGCTTGAAACTCCCGCACCAGACTCCTCCTCTTTTTGGATGCCCTCCTCATTCTGCCTTGGCTCTGATGCCTCCTGCTCTTTGCACATGTGGATAATCTCCTTACCCAGCTTGGATTTTGATTCCCTATTCCAGGCTGGCCCCCTGTATTGTTGCCCTCCTTACCTCAGTCAGGCTTTGATTCCCCATGCCAGGTCAGTCCCCATTTGGAGGCCCTCCTCACCCAGATTGGCTCTGATGCTCTACACTGGTCTGCCCTGCTGTGTGGGTCCCCTCTGACTCTGTCCACATCTGATGCCCTATGCTAGGCCACACCCCCTATGCCTGAGCAACCCCCAACATCTCAACCCCTCAATTACCCCAGCAGTTGCCCTCCTCAGTCTGAGCTCTGACTTCCCTCTCAGTTTCCTAACCTTTAGATGCTTATTTTTACCCTGCTCCCTCTCTTTACCTCCCAGTGGCTTTAGGAATGGTTTAGGAAGGGAAGAACCCTTTGTTATCTTTAATTCTAATCCCTCCTGCCCTGAATTAATTTTTCTTTACCCCTCATTACCCCTCCCCCAACATTTGTGTCAGCTCTTAGCCTTCAACCTAGATTTTGTACATTTGGATTTTGATTCTGCCCTGACCAACTCACCTTGATTCTTTGCCTTGTCTAATTGTTGGTCTTTAGGCTTAAATTTTGTTTATGCAAATGGTAATGAGTCAGTCTTCAGAGAGAACATTGTCCAGCCTTCACGGAGCACCATCCCACTTCCAACCTGCTTCCCTCCTTCTTCACCCTGTCCAGGGTCAGTCCCTCAGCTGGAGCTTTAACTGAAGCTTTTCTCAATCCAGTTTTCTTTGGTATTTGAAACTTCAGGAATTATTGTTGAAATAGTAGCATCAGTAAGACAACAGTAAGATTGAACTGGGAGAAAATTATACACAAGAAAATGATATTTAAATTAATCATGCTTGGAATCATGAGTGTAGTGAAGGACAGTTAGAATCATGTATGACATACAGAGCAGCTGAACTCTAGGAAATAGTGTATCTGTTTTTCACACAGAAATATTTTTAGGAAGATATTGAATGTTATCAAAAATTTAAATGGATTCTTAAAAGAAGAGAAATTAAGTATAGAACTTAAAGAATCAAATAATATGTTATTTATTTATTTATTATTTTTTTCGAGATGGAGTTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGGGTGCAATGACACAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGTCTCCTGAGTAACTGGGACTACAGGCGTGTGCCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTCAGCCAGGCTGGTCTCGAACTTTTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTTCTGGGATGACAGGCACGAGCCACTGTGCTGGGTCCATGTCATGTTTTTATATGGTGCTTAAAGGTTTTATTATTCCTCCTTTTTTTGTCATTGGGAAGTGGAGATGCAGAGATATTAAATGACTTGCCTATTGTTATGTAGCAAGTTATGGTACTTCTGGGTCCACAGTCCTCATTTTGGAACTCCTTGTCTGGTAATGTTTTAACTGTATTGGTTGTTGGCAGTGGAAAGAGCTTTAACGTAGGCAGATCTGAGTGTAAATTGTGGCTCTGCCATAATTCAACTAGCTATGTGGCCTTGGACAGATTTTTTTAAGTTTAATTGTTAATATATTTTTACTTTTTTTTTTTTTTTAACACTGCTGAGCCTATTTCCTCATCTATTGAAGGTGATAATATTAACCAGTGAGGATTGACTAAGAGGCACATATTACATGTGTGATAAACATTAGTTCTTCTTCCATCCTTGTGGGTGGATGTCAGAAGTTATTATGGTAATCTAGTACAAATCAAGCAAATAATTTTTTTTTTTTTTTTTAAGACAGGGTCTCGCCATCTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACACTTGGGCTCAGGTGATTCTCCTGCCTGGGCCTCCCAAAGTGTTGAGATTACAGGTGTGAGCCATTGTGCCTGGCCAATAATATGTTTTGAACTGAAGTAAGCCAGATCAAACAATCATATAGAAACAGGAGATGGAATACATTTTCCTATAAGATAGGCCATTTAAGAGTTCTTAAAAACATGAATATCATGTAGGGCAACAATTGTGAGTTTGTAGCAGGGTGGGTTTGGCTAGAGTCCTCTGGTAAGAGGAAAGTAGAACGTGCATTCATCCAGCAAATATTTATTGAATGTTTACTATGTTGTAAACATAGGGGATACAGTGATAAAACAGTCCCTGACTTAAGGAAGTGGAAAACAAGTATATGGTTAATTTGATTCCTGTGCTTCTGTAAAGTTGTGACCAGGTGCTATGTGGGACCATAAAAGGGAGCACCTGATTTAGCCTGAAGAACCCAAGAAAAGCTTCTTAGTAGAAGTGTCAACTGAGCAAAGTCTTAAAGATACAGTAATCCAGTGGGAGAAGGGATATATAGCATTTGCGGCAGGGGGAATAGTGTATACAAAGGCACAGAAGCTTAGTAAGTTAGGGATACTACC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Seq C2 exon
CCAGCACCTAACCAAGTCACTTTTCATCTGCCACTACATCGTTACTATGCTATGTTTTTGAGTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144357:ENST00000272793:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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