HsaINT0177912 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000156687 | UNC5D
Description
unc-5 homolog D (C. elegans) [Source:HGNC Symbol;Acc:18634]
Coordinates
chr8:35544063-35563479:+
Coord C1 exon
chr8:35544063-35544227
Coord A exon
chr8:35544228-35563446
Coord C2 exon
chr8:35563447-35563479
Length
19219 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAACA
5' ss Score
6.25
3' ss Seq
TCTTTCTTTCTTTCTTTTAGATA
3' ss Score
12.68
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGATGGGAGCTGGGAAGTGTGGAGCGAATGGTCCGTCTGCAGTCCAGAGTGTGAACATTTGCGGATCCGGGAGTGCACAGCACCACCCCCGAGAAATGGGGGCAAATTCTGTGAAGGTCTAAGCCAGGAATCTGAAAACTGCACAGATGGTCTTTGCATCCTAG
Seq A exon
GTAACACTTTTGCTTTAACATCTTCAGTGTTTGTTCATAATACCATTTATGCATCTCAAGAAAGTAAGCTACAGCCATTAATGTGGTTAAATAAGTTAGCAGAAAGCCAAGCTGCTAAGGGCAAAAATAAATTAGGTAAAAAGTGCAGAAAAGCAGACAAATGCATTTTTAATAGAGATGGTATAAGTGCATATATTGTATCACTGTGCATTCTGTTGATGTGTATACTTACTAATTTGATAACATTTTAAGAGTAAGAAAAAATAGTTAAGAAAATACTTCAGACTTTTAGAAGCTACCATTTTTAATTTTGGTGAAATTCTGATACTGATCACTCTGTGGTTATATTTCCCCCCAGGAATTTTGCAAACACAGTAAAGCATTTAATACATCTTTAGAGACCATGGGTTCTGTGGCAAGGAACATGTCTTATTACTGTTACCTTAAAAATAGGCCGGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGATCGCGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACAAGGTGAAACCCTGTCTCTACGAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGTGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGCCGTGAACCCAGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTATGGGGAAAGGAGAGTGATACCTGAGGAAGTGGGTGGCTTTGTATCACAGTGGTCTGGCAGAGTAGCAAGTAGAATGTTTGTTTCAAAATTCCCAAGTCTTGGCTTTATTCCTGAGATTACATTATTACCATCACCAAGGGACTGCCTGCCTGGGTTAGAAGGCATGGGAGGGTCAACTAGAGTCAAAGAGAAATAGGTTTCAATTTGGTGCTCTTCCTTATTTACTTTGTGTTCTTTGGGCAAGTTGCTTAACCTCTTATCTTCTCTGACTATAGTTACCAAATATGATACCCACTTTTTAGTATTGTCAAGGCTAAATGATAAAATAACATATTTGAATGTTGTATGGCACAGAGTAGGTGCACACTTGATAGGGATCTCTTCTCCACTCACCCACTTAGATGAGTCAAGGTGTATTGATTTTGCTGGGGTCTTTAAAAAACACGAGGTCAGGTGATCGAGACCATCCTGGCTAAAACGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCAGGCACCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGTTGAAGCAAGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATAGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGCCTCAAAAACAAAAAAAAACAAAACAACAACAACAAAAAAAAACACACACAAGACTGAGCACTTACTTCTCTAGAACTGGTCGCCTTCTCGGAAATTTCTCTGGGAAATATCCAGCAAAAAAAAAAAAAAGATACCATAGCTTACAAGTTTGTGATTTTCTCAGGGAGATGCATCACATTTTCTTTGGGAAGATGACAGTATGTAGGAAATATCTAAGTTGGGTTTATTCTTCTGCTTCAGTATGACTGAATACCCTTGAAGGCAGGCACCTGCTACCTGTTGTATTTTCAGACTAATTCTGTATGGTTCATACATTGGTTAAAATGATTAGTACATTGAAATGAGCACTTCCTGATAGCCTATAGTGCCTTTATTTGCTAGTACAAGCACTGATTACCCTGCATGCATCAGATACAATGCAGGGAGCTGTAATGGAAGACCACCTACCCACCAGTTGTAGTTTGGGTATGCTCTCCAATAAATGCACACCAACCATCTGCTGCCTTCAGAAAGCTTTCCCGCTTCCTAAATGTAAGGAATCTCAACACAAGCTCAATAGAAGGATATTTAAAGAAATGTGCTTCTCACCTCTCTTGAATACCACCAGATTTTTCTAATACACACATTTGAGGTGTGACTGTTTTCATTTCCACTACAGGAAAATACAAGGAGAACACTTAGAAAACTACACATGGCCAGTGTCCATAGGACGAGTTCATTTAATAAGCCAATAAATTGTTTAAAGCAACTACCTGAACTATGACCATGAGTGGCTTCAAGGAAAGAACTAAGCTTTTTGAATTTTACAAGTACATATACATCTGGTCAATTTTATGTGTCAACCTGACTGAGCCATGGGATGTCCAGATATTTGGCCATGATTATAAATTAGTACAGTTGGGCAGTGAATTTTATGTCTTCTAAAGAACCATGACAATATAACTATTTGGCTACTGGTTGAAATTTTTATAGTCATAGTAATAACCTTCACTAACAACCACAGGTTGTACTTGCACTTGGGGAAAATCAATGGATATCAGGCTTCAATCTTAATTGACTAAGACTTAATCTGAGAATTACTGATTGGAGACAGATAATGGTTATCTCTTAATGTAAGAAAGAATTGTTATCCAACACACAAATATTATTTTTTTGCATTTGCATTGTAATAGTTTGTCATTTACCAATTGAATAAGAGTTCTGTTTAAGGCTGAAAGAACTTAATCAGCACTGAGAGTGTACTGGCAAGCCTCGATCCTAACTCTGATATCTGAGATGCTGTATTAGTCAGGGTTCTCCAGAGAAACAGAACCAATAGGATATGCACACACATAGAGGAAGAGTGCAATGGAGAGATATTTAAAGATATTTATTATGAAAATTGGCTCATGTGATTCTGAAGCCCAGCAAGTCCAAAATCTGCAAAGCCAATGTCCCAGTTCAAGCCCAAAAGTTGGTAGGCTGCTATGGAACCAGGAACATCTGATGGCCCAGTTGGAAGGCTGTCAGGCAGGAAGAGCCAGTGTTCTAGTTGGAAGGCTGTCAAGAAGGAGCATTCTCTCTTACTCAGGGGAGGGTCAATCTTTTGTTCTATTTAGGTCTTCAACTGATTGGATGAGGCCCACCCACATTATGGAGGGCCGTCTGCTTTTTTTTTCAGTCTGTGAATTTAAATGTTAATCTCATCCAAAAACACCCTCACAGAACTATCTAGAATAATATATGACTTGATATCTGGGCACCCCATGGCCCAGTCAAGTTGGCACATAAAATTAACCATCATGGATGCATATGTGCTTTTGTGAAATTAAAACAGCTCAATCCATTCCTATAGTGGAAATAACATAGCTAGGAAGATAGGCTTGGAATGTGTAAAAAGATCTCTGTTAAATACCCCCATGAGTTGAAAATGCTACATAAGCCTTTTCTTTCTATTCAATCTATTAATTTCTTCCATTTCCTTTTTCACTTCAGCATGTTTTTTCTAGCCTTCATTGTATGCATATTAGTATATTTGTCAAATATTATCAGAGGCTTTTGATGGCTATAGTGATGAAGAGTTTTGAAGGAGAAAGGGTGAAGTCTATGAGATTATTGATGTAATTGAGATATATTTGCATATCAGTGGGAAACGGGTGTGTTTGTAAAAGCCCAACTCCAGGATGTATTCTGTCCTTTTAGATAGAAAGTGACTACCTATATCAACAAAAATGAGTAACACCAGACATGGTGGCTCATACCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCCAGGGCAGGAGAATCACTTGAGTCCAAGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGCAAGACCCTGTCTCTACAAAAAATAAAAATTAAAAAAATATAAGCCAGACATGGTGGCTTATGCCTGTAGTCCCAGCTGCTCTGGAAGCTGAGGTGTGAGGATGAAGCTGCAGTGAGCCATGATCGTGCTATTGCAGCCCAGCTGAGGCAACAGAGTGAGATCCTGTCTCAAAGAATAAATAAATAAAGATAACACTTCACTATCTCTTCAGGAAGCAATGGACAGTAATCCAATTAAATGATGCCAGCATCACTCTGAGGCTCTCACTGGTACTCTGTCGGAGTGCTCTTGGTGAAAATAGCTGTGCTCTGAGGATAGAGCTCCAGTGAAGGCTGGCTTTGATTAAAATAGCATTTGGCAACAGCTTTATGGAGCAGTAGCTTTGTTGAAGAATCTAGGTCATATTACAATTTGGGAATTTTCTTCATCCTAATTTTCTTCCTTGACACTCAACATGACCCTAAAGCAATTCCTCAATTTCCACCTTCTCGTGGAGGATTCACAATGGCATTTCTTGGCTCTTAGATGACCTACATGTCTTTGATTTTATTTAGCCTTCAACAAAACAATTGGTTTTTCTTTGTTGTCTCTGAGGGTTGCATTTCTCCTAGAGATGAAGCTGCCAGCTCTGAATGATCACTTTAATATTTGGGTGTTATTGTTGCTTGGTCAGTTGTGACTAGAACACAGAATCTTAATGTTACACTGTCACAGATGGCCACACCTAGATGCTCTCAACAAGAAAATAAATACGGCTGGCACAGTGGCTTATGCCTTTTATGCTAGCAGGTGGGGGACCCAGGAGGGAGGATCACTTGAGGCTAGGAGTTCAAGACTATCCTGGGCAACATAGCAAGACCCCGGTCTCTACAAAAGAAAAATGAAAAACTAGCCAAGTGTGGTGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGCAGAAGGATCACTTGAGCCCAGGAGATCGAGGCTGCAGTGAGCTATGATTGCTCCACTGCACTCCATCCTGGCTGACAAAGGGAGACCCTGTCACTTAAAAATCAAAAAGTAGGTAAATGCCCCAAGACTGGTAAGAAGCAGATTAGGAATTTTGGGGCAATAACAGTGAATCCACGAATCTAAATTACAAGCATAAACATGCAGTGCCTTTATACTAGAGTATTGCTTTTCCAGAGGAAAAAGGTAATGATGTGGTATGACTGTCAAGAAGCAAGAACTTGTTGATCCATGTTTTCTGAGCTTGAACACCAGAATCA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Seq C2 exon
ATAAAAAACCTCTTCATGAAATAAAACCCCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000156687-UNC5D:NM_080872:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.033 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009014=TSP_1=PD(1.9=1.8),PF0009014=TSP_1=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)