HsaINT0177912 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000156687 | UNC5D
Description
unc-5 netrin receptor D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18634]
Coordinates
chr8:35686545-35705961:+
Coord C1 exon
chr8:35686545-35686709
Coord A exon
chr8:35686710-35705928
Coord C2 exon
chr8:35705929-35705961
Length
19219 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAACA
5' ss Score
6.25
3' ss Seq
TCTTTCTTTCTTTCTTTTAGATA
3' ss Score
12.68
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAAAAAACCTCTTCATGAAATAAAACCCCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000156687:ENST00000453357:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.027 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009014=TSP_1=PD(1.9=1.8),PF0009014=TSP_1=WD(100=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains