HsaINT0180016 @ hg19
Intron Retention
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Description
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Seq C2 exon
GTCGAATGAGTGATTTGAGTGTAATTGGTCATCCAATAGATTCAGAATCTAAAGAAGATGAACCTTGTAGTGAAGAAACAGATCCAGTGCATGATCTAATGGCTGAAATTTTACCTGAATTCCCTGACATAATTGAAATAGACCTATACCACAGTGAAGAAAATGAAGAAGAAGAAGAAGAGTGTGCAAATGCTACTGATGTGACAACCACCCCATCTGTGCAGTACATAAATGGGAAGCATCTCGTTACCACTGTGCCCAAGGACCCAGAAGCTGCAGAAGCTAGGCGTGGCCAGTTTGAAAGTGTTGCACCTTCTCAGAATTTCTCGGACAGCTCTGAAAGTGATACTCATCCATTTGTAATAGCCAAAACGGAATTGTCTACTGCTGTGCAACCTAATGAATCTACAGAAACAACTGAGTCTCTTGAAGTTACATGGAAGCCTGAGACTTACCCTGAAACATCAGAACATTTTTCAGGTGGTGAGCCTGATGTTTTCCCCACAGTCCCATTCCATGAGGAATTTGAAAGTGGAACAGCCAAAAAAGGGGCAGAATCAGTCACAGAGAGAGATACTGAAGTTGGTCATCAGGCACATGAACATACTGAACCTGTATCTCTGTTTCCTGAAGAGTCTTCAGGAGAGATTGCCATTGACCAAGAATCTCAGAAAATAGCCTTTGCAAGGGCTACAGAAGTAACATTTGGTGAAGAGGTAGAAAAAAGTACTTCTGTCACATACACTCCCACTATAGTTCCAAGTTCTGCATCAGCATATGTTTCAGAGGAAGAAGCAGTTACCCTAATAGGAAATCCTTGGCCAGATGACCTGTTGTCTACCAAAGAAAGCTGGGTAGAAGCAACTCCTAGACAAGTTGTAGAGCTCTCAGGGAGTTCTTCGATTCCAATTACAGAAGGCTCTGGAGAAGCAGAAGAAGATGAAGATACAATGTTCACCATGGTAACTGATTTATCACAGAGAAATACTACTGATACACTCATTACTTTAGACACTAGCAGGATAATCACAGAAAGCTTTTTTGAGGTTCCTGCAACCACCATTTATCCAGTTTCTGAACAACCTTCTGCAAAAGTGGTGCCTACCAAGTTTGTAAGTGAAACAGACACTTCTGAGTGGATTTCCAGTACCACTGTTGAGGAAAAGAAAAGGAAGGAGGAGGAGGGAACTACAGGTACGGCTTCTACATTTGAGGTATATTCATCTACACAGAGATCGGATCAATTAATTTTACCCTTTGAATTAGAAAGTCCAAATGTAGCTACATCTAGTGATTCAGGTACCAGGAAAAGTTTTATGTCCTTGACAACACCAACACAGTCTGAAAGGGAAATGACAGATTCTACTCCTGTCTTTACAGAAACAAATACATTAGAAAATTTGGGGGCACAGACCACTGAGCACAGCAGTATCCATCAACCTGGGGTTCAGGAAGGGCTGACCACTCTCCCACGTAGTCCTGCCTCTGTCTTTATGGAGCAGGGCTCTGGAGAAGCTGCTGCCGACCCAGAAACCACCACTGTTTCTTCATTTTCATTAAACGTAGAGTATGCAATTCAAGCCGAAAAGGAAGTAGCTGGCACTTTGTCTCCGCATGTGGAAACTACATTCTCCACTGAGCCAACAGGACTGGTTTTGAGTACAGTAATGGACAGAGTAGTTGCTGAAAATATAACCCAAACATCCAGGGAAATAGTGATTTCAGAGCGATTAGGAGAACCAAATTATGGGGCAGAAATAAGGGGCTTTTCCACAGGTTTTCCTTTGGAGGAAGATTTCAGTGGTGACTTTAGAGAATACTCAACAGTGTCTCATCCCATAGCAAAAGAAGAAACGGTAATGATGGAAGGCTCTGGAGATGCAGCATTTAGGGACACCCAGACTTCACCATCTACAGTACCTACTTCAGTTCACATCAGTCACATATCTGACTCAGAAGGACCCAGTAGCACCATGGTCAGCACTTCAGCCTTCCCCTGGGAAGAGTTTACATCCTCAGCTGAGGGCTCAGGTGAGCAACTGGTCACAGTCAGCAGCTCTGTTGTTCCAGTGCTTCCCAGTGCTGTGCAAAAGTTTTCTGGTACAGCTTCCTCCATTATCGACGAAGGATTGGGAGAAGTGGGTACTGTCAATGAAATTGATAGAAGATCCACCATTTTACCAACAGCAGAAGTGGAAGGTACGAAAGCTCCAGTAGAGAAGGAGGAAGTAAAGGTCAGTGGCACAGTTTCAACAAACTTTCCCCAAACTATAGAGCCAGCCAAATTATGGTCTAGGCAAGAAGTCAACCCTGTAAGACAAGAAATTGAAAGTGAAACAACATCAGAGGAACAAATTCAAGAAGAAAAGTCATTTGAATCCCCTCAAAACTCTCCTGCAACAGAACAAACAATCTTTGATTCACAGACATTTACTGAAACTGAACTCAAAACCACAGATTATTCTGTACTAACAACAAAGAAAACTTACAGTGATGATAAAGAAATGAAGGAGGAAGACACTTCTTTAGTTAACATGTCTACTCCAGATCCAGATGCAAATGGCTTGGAATCTTACACAACTCTCCCTGAAGCTACTGAAAAGTCACATTTTTTCTTAGCTACTGCATTAGTAACTGAATCTATACCAGCTGAACATGTAGTCACAGATTCACCAATCAAAAAGGAAGAAAGTACAAAACATTTTCCGAAAGGCATGAGACCAACAATTCAAGAGTCAGATACTGAGCTCTTATTCTCTGGACTGGGATCAGGAGAAGAAGTTTTACCTACTCTACCAACAGAGTCAGTGAATTTTACTGAAGTGGAACAAATCAATAACACATTATATCCCCACACTTCTCAAGTGGAAAGTACCTCAAGTGACAAAATTGAAGACTTTAACAGAATGGAAAATGTGGCAAAAGAAGTTGGACCACTCGTATCTCAAACAGACATCTTTGAAGGTAGTGGGTCAGTAACCAGCACAACATTAATAGAAATTTTAAGTGACACTGGAGCAGAAGGACCCACGGTGGCACCTCTCCCTTTCTCCACGGACATCGGACATCCTCAAAATCAGACTGTCAGGTGGGCAGAAGAAATCCAGACTAGTAGACCACAAACCATAACTGAACAAGACTCTAACAAGAATTCTTCAACAGCAGAAATTAACGAAACAACAACCTCATCTACTGATTTTCTGGCTAGAGCTTATGGTTTTGAAATGGCCAAAGAATTTGTTACATCAGCACCAAAACCATCTGACTTGTATTATGAACCTTCTGGAGAAGGATCTGGAGAAGTGGATATTGTTGATTCATTTCACACTTCTGCAACTACTCAGGCAACCAGACAAGAAAGCAGCACCACATTTGTTTCTGATGGGTCCCTGGAAAAACATCCTGAGGTGCCAAGCGCTAAAGCTGTTACTGCTGATGGATTCCCAACAGTTTCAGTGATGCTGCCTCTTCATTCAGAGCAGAACAAAAGCTCCCCTGATCCAACTAGCACACTGTCAAATACAGTGTCATATGAGAGGTCCACAGACGGTAGTTTCCAAGACCGTTTCAGGGAATTCGAGGATTCCACCTTAAAACCTAACAGAAAAAAACCCACTGAAAATATTATCATAGACCTGGACAAAGAGGACAAGGATTTAATATTGACAATTACAGAGAGTACCATCCTTGAAATTCTACCTGAGCTGACATCGGATAAAAATACTATCATAGATATTGATCATACTAAACCTGTGTATGAAGACATTCTTGGAATGCAAACAGATATAGATACAGAGGTACCATCAGAACCACATGACAGTAATGATGAAAGTAATGATGACAGCACTCAAGTTCAAGAGATCTATGAGGCAGCTGTCAACCTTTCTTTAACTGAGGAAACATTTGAGGGCTCTGCTGATGTTCTGGCTAGCTACACTCAGGCAACACATGATGAATCAATGACTTATGAAGATAGAAGCCAACTAGATCACATGGGCTTTCACTTCACAACTGGGATCCCTGCTCCTAGCACAGAAACAGAATTAGACGTTTTACTTCCCACGGCAACATCCCTGCCAATTCCTCGTAAGTCTGCCACAGTTATTCCAGAGATTGAAGGAATAAAAGCTGAAGCAAAAGCCCTGGATGACATGTTTGAATCAAGCACTTTGTCTGATGGTCAAGCTATTGCAGACCAAAGTGAAATAATACCAACATTGGGCCAATTTGAAAGGACTCAGGAGGAGTATGAAGACAAAAAACATGCTGGTCCTTCTTTTCAGCCAGAATTCTCTTCAGGAGCTGAGGAGGCATTAGTAGACCATACTCCCTATCTAAGTATTGCTACTACCCACCTTATGGATCAGAGTGTAACAGAGGTGCCTGATGTGATGGAAGGATCCAATCCCCCATATTACACTGATACAACATTAGCAGTTTCAACATTTGCGAAGTTGTCTTCTCAGACACCATCATCTCCCCTCACTATCTACTCAGGCAGTGAAGCCTCTGGACACACAGAGATCCCCCAGCCCAGTGCTCTGCCAGGAATAGACGTCGGCTCATCTGTAATGTCCCCACAGGATTCTTTTAAGGAAATTCATGTAAATATTGAAGCGACTTTCAAACCATCAAGTGAGGAATACCTTCACATAACTGAGCCTCCCTCTTTATCTCCTGACACAAAATTAGAACCTTCAGAAGATGATGGTAAACCTGAGTTATTAGAAGAAATGGAAGCTTCTCCCACAGAACTTATTGCTGTGGAAGGAACTGAGATTCTCCAAGATTTCCAAAACAAAACCGATGGTCAAGTTTCTGGAGAAGCAATCAAGATGTTTCCCACCATTAAAACACCTGAGGCTGGAACTGTTATTACAACTGCCGATGAAATTGAATTAGAAGGTGCTACACAGTGGCCACACTCTACTTCTGCTTCTGCCACCTATGGGGTCGAGGCAGGTGTGGTGCCTTGGCTAAGTCCACAGACTTCTGAGAGGCCCACGCTTTCTTCTTCTCCAGAAATAAACCCTGAAACTCAAGCAGCTTTAATCAGAGGGCAGGATTCCACGATAGCAGCATCAGAACAGCAAGTGGCAGCGAGAATTCTTGATTCCAATGATCAGGCAACAGTAAACCCTGTGGAATTTAATACTGAGGTTGCAACACCACCATTTTCCCTTCTGGAGACTTCTAATGAAACAGATTTCCTGATTGGCATTAATGAAGAGTCAGTGGAAGGCACGGCAATCTATTTACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000038427-VCAN:NM_004385:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.670 A=NA C2=0.780
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)